More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2394 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 255 aa  513  1e-144  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  61.68 
 
 		 231 aa  259  2e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.64 
 
 		 234 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  38.64 
 
 		 234 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  38.14 
 
 		 285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  34.84 
 
 		 228 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  40.28 
 
 		 247 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  40.28 
 
 		 247 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  39.81 
 
 		 247 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  36.67 
 
 		 222 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  37.99 
 
 		 262 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  37.5 
 
 		 259 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 224 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  37.38 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  34.06 
 
 		 259 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.6 
 
 		 251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  37.33 
 
 		 232 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.06 
 
 		 261 aa  125  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.53 
 
 		 230 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.24 
 
 		 272 aa  124  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.75 
 
 		 236 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.52 
 
 		 226 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 252 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 272 aa  123  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 242 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 235 aa  122  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 253 aa  122  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.78 
 
 		 232 aa  122  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.32 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.32 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  40.32 
 
 		 281 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.63 
 
 		 232 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.78 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.25 
 
 		 299 aa  119  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.78 
 
 		 284 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  39.78 
 
 		 284 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.78 
 
 		 284 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 265 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 236 aa  119  6e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 251 aa  118  7.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 231 aa  115  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  35.65 
 
 		 248 aa  115  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.72 
 
 		 248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.55 
 
 		 161 aa  89.7  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  29.58 
 
 		 251 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  29.58 
 
 		 251 aa  88.6  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  29.58 
 
 		 251 aa  88.6  8e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  29.58 
 
 		 251 aa  88.6  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  29.58 
 
 		 251 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  31.34 
 
 		 266 aa  88.6  9e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 235 aa  85.1  9e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.34 
 
 		 224 aa  83.6  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.49 
 
 		 230 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.49 
 
 		 230 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  31.29 
 
 		 247 aa  72.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 230 aa  72  0.000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  28.33 
 
 		 229 aa  71.6  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  25.91 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 229 aa  71.2  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 225 aa  71.2  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.46 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 227 aa  68.6  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 237 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.18 
 
 		 239 aa  68.6  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 237 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3110  cyclic nucleotide-binding protein  26.34 
 
 		 222 aa  68.6  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.31 
 
 		 230 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.99 
 
 		 243 aa  67  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.99 
 
 		 243 aa  67  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 239 aa  67  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  28.5 
 
 		 228 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  28.02 
 
 		 228 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3690  cyclic nucleotide-binding protein  33.53 
 
 		 224 aa  66.6  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.142322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  24.75 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 232 aa  64.7  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.88 
 
 		 225 aa  64.7  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.41 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0313  cyclic nucleotide-binding protein  25.7 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30.05 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0890  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.19 
 
 		 235 aa  62.8  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  31.1 
 
 		 225 aa  62.8  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0916  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.19 
 
 		 235 aa  62.8  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.18169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.7 
 
 		 226 aa  62.4  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>