193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0313 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0313  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
234 aa  472  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0243  cyclic nucleotide-binding  72.88 
 
 
236 aa  346  2e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.3 
 
 
227 aa  180  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  40.17 
 
 
251 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  40.17 
 
 
251 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  40.17 
 
 
251 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  40.17 
 
 
251 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  40.17 
 
 
251 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  38.39 
 
 
266 aa  162  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
235 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
235 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.85 
 
 
235 aa  151  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
227 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  37.95 
 
 
228 aa  145  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
235 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  37.84 
 
 
228 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
235 aa  141  8e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.02 
 
 
234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.74 
 
 
237 aa  138  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
237 aa  136  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.87 
 
 
239 aa  128  9.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.32 
 
 
243 aa  124  9e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.32 
 
 
243 aa  124  9e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  36.44 
 
 
239 aa  122  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
233 aa  119  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
260 aa  99.8  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.57 
 
 
278 aa  99.4  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.86 
 
 
237 aa  96.3  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.84 
 
 
236 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.54 
 
 
230 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  28.7 
 
 
229 aa  79  0.00000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.19 
 
 
239 aa  78.6  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  27.19 
 
 
226 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.11 
 
 
239 aa  71.6  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.44 
 
 
224 aa  70.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.3 
 
 
231 aa  68.9  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.22 
 
 
239 aa  68.9  0.00000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.11 
 
 
239 aa  68.6  0.00000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.33 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  27.95 
 
 
247 aa  67  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.48 
 
 
226 aa  67.4  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.89 
 
 
239 aa  67  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.22 
 
 
241 aa  65.9  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.18 
 
 
224 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.34 
 
 
239 aa  63.9  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  26.09 
 
 
239 aa  63.5  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
234 aa  64.3  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.7 
 
 
255 aa  63.2  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0827  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.85 
 
 
234 aa  63.5  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0664388  normal  0.45478 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  24.64 
 
 
285 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.78 
 
 
241 aa  62.8  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.64 
 
 
225 aa  61.2  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  28 
 
 
226 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.79 
 
 
225 aa  60.8  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.84 
 
 
228 aa  60.1  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  25 
 
 
224 aa  59.7  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.09 
 
 
227 aa  59.7  0.00000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0396  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.44 
 
 
232 aa  58.9  0.00000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  25.57 
 
 
222 aa  58.9  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.46 
 
 
225 aa  58.5  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2515  cyclic nucleotide-binding  24.3 
 
 
231 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.513928  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  23.7 
 
 
259 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  24.66 
 
 
226 aa  57.8  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  23.7 
 
 
262 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.24 
 
 
234 aa  57.4  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  26.72 
 
 
225 aa  57  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  22.43 
 
 
228 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.45 
 
 
230 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.67 
 
 
284 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.67 
 
 
284 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  23.67 
 
 
284 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.45 
 
 
230 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.86 
 
 
304 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0916  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.85 
 
 
235 aa  56.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.18169  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0890  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.85 
 
 
235 aa  56.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.04 
 
 
228 aa  55.5  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  23.67 
 
 
281 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  26.82 
 
 
234 aa  55.5  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.82 
 
 
234 aa  55.5  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.67 
 
 
289 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.23 
 
 
232 aa  55.1  0.0000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.86 
 
 
309 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.42 
 
 
234 aa  55.1  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3179  hypothetical protein  23.56 
 
 
227 aa  55.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  22.75 
 
 
247 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  23.94 
 
 
225 aa  53.9  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
225 aa  53.9  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  25.88 
 
 
228 aa  52.8  0.000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  27.78 
 
 
224 aa  52.8  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
251 aa  52.8  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.42 
 
 
237 aa  52.4  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.23 
 
 
232 aa  52.4  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  22.27 
 
 
247 aa  52.4  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  22.27 
 
 
247 aa  52.4  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.59 
 
 
236 aa  52.4  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0619  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.54 
 
 
229 aa  52  0.000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2817  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.54 
 
 
229 aa  52  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2695  cyclic nucleotide-binding protein  26.54 
 
 
229 aa  52  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>