More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3110 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3110  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
222 aa  450  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3179  hypothetical protein  32.23 
 
 
227 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  31.19 
 
 
228 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  31.65 
 
 
228 aa  105  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  29.44 
 
 
251 aa  91.7  7e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  29.44 
 
 
251 aa  91.7  7e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  29.44 
 
 
251 aa  91.7  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  29.44 
 
 
251 aa  91.7  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  29.44 
 
 
251 aa  91.7  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.77 
 
 
235 aa  91.3  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.3 
 
 
235 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.3 
 
 
235 aa  89.4  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
227 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  28.97 
 
 
266 aa  87  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2515  cyclic nucleotide-binding  27.6 
 
 
231 aa  85.5  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.513928  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.3 
 
 
235 aa  85.5  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.3 
 
 
235 aa  85.5  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.1 
 
 
237 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.89 
 
 
237 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
235 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  25.91 
 
 
228 aa  79  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
278 aa  77  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0827  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
234 aa  77.4  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0664388  normal  0.45478 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.44 
 
 
235 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.66 
 
 
234 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.96 
 
 
227 aa  73.6  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.49 
 
 
229 aa  72.8  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
227 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
227 aa  72.4  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
233 aa  71.6  0.000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2120  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
245 aa  71.2  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
223 aa  70.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.48 
 
 
239 aa  70.1  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1859  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.98 
 
 
220 aa  70.1  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.96 
 
 
229 aa  68.6  0.00000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  25.91 
 
 
260 aa  68.6  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.34 
 
 
255 aa  68.6  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.35 
 
 
239 aa  67  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23 
 
 
227 aa  66.2  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  21.99 
 
 
243 aa  65.9  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.64 
 
 
231 aa  65.5  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.04 
 
 
230 aa  65.1  0.0000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.48 
 
 
241 aa  64.7  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1204  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 
242 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1111  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 
242 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.700786  normal  0.531022 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.66 
 
 
229 aa  63.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1283  putative fumarate and nitrate reduction regulatory transcription regulator protein  27.27 
 
 
242 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0516193  normal  0.32826 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.08 
 
 
237 aa  63.9  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  22.7 
 
 
352 aa  63.9  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.11 
 
 
243 aa  63.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.74 
 
 
230 aa  63.2  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.34 
 
 
237 aa  63.2  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2471  transcription factor Fnr  24.24 
 
 
269 aa  63.2  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.366844  normal  0.0435693 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.23 
 
 
241 aa  62.8  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 
230 aa  62.4  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 
230 aa  62.4  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.02 
 
 
227 aa  62.4  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.63 
 
 
231 aa  62  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
234 aa  62  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.09 
 
 
243 aa  62  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.09 
 
 
243 aa  62  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.19 
 
 
239 aa  61.6  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  23.33 
 
 
229 aa  62  0.000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2034  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  26.32 
 
 
232 aa  61.6  0.000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0212  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.02 
 
 
254 aa  61.2  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.65 
 
 
239 aa  61.2  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.09 
 
 
210 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.09 
 
 
210 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  24.65 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  26.09 
 
 
210 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0460  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.15 
 
 
256 aa  60.8  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.44 
 
 
224 aa  60.8  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2762  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.5 
 
 
234 aa  60.5  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0303  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.5 
 
 
228 aa  60.1  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  26.09 
 
 
210 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3348  cyclic nucleotide-binding  24.54 
 
 
254 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.181039  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  26.09 
 
 
210 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  26.09 
 
 
210 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3673  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.54 
 
 
254 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43296  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.41 
 
 
227 aa  60.8  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  26.09 
 
 
210 aa  60.5  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  26.09 
 
 
210 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.6 
 
 
236 aa  60.5  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  26.09 
 
 
210 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  26.09 
 
 
210 aa  60.1  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.38 
 
 
231 aa  59.7  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.84 
 
 
226 aa  59.7  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4779  cAMP-regulatory protein  25.53 
 
 
214 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.345439 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  26.09 
 
 
210 aa  59.7  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.43 
 
 
227 aa  59.7  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  23.87 
 
 
225 aa  60.1  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  25.41 
 
 
214 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  25.54 
 
 
210 aa  59.7  0.00000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.15 
 
 
231 aa  59.7  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2772  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.87 
 
 
245 aa  59.3  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00275745 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  26.09 
 
 
210 aa  59.7  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  25.54 
 
 
210 aa  59.3  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  25.54 
 
 
210 aa  59.3  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  25.54 
 
 
210 aa  59.3  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.47 
 
 
229 aa  59.3  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>