More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5483 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 230 aa  461  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  48.87 
 
 		 224 aa  236  3e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  49.29 
 
 		 222 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  48.1 
 
 		 259 aa  203  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  47.25 
 
 		 224 aa  202  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.75 
 
 		 226 aa  198  5e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  46.67 
 
 		 234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.67 
 
 		 234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 253 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 234 aa  188  7e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.33 
 
 		 236 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.45 
 
 		 272 aa  187  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  42.15 
 
 		 228 aa  186  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.86 
 
 		 232 aa  185  6e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 272 aa  184  7e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  43.81 
 
 		 232 aa  184  8e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.4 
 
 		 232 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.67 
 
 		 261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 251 aa  183  2.0000000000000003e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 236 aa  182  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 252 aa  181  7e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 265 aa  181  7e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 235 aa  181  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  41.47 
 
 		 247 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  41.01 
 
 		 247 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  41.01 
 
 		 247 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  41.55 
 
 		 248 aa  174  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  41.9 
 
 		 248 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  42.38 
 
 		 284 aa  170  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 242 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  42.38 
 
 		 284 aa  170  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  42.38 
 
 		 284 aa  170  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  43 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 299 aa  169  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40 
 
 		 251 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  41.9 
 
 		 281 aa  168  7e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  41.9 
 
 		 289 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  41.9 
 
 		 309 aa  167  9e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  39.55 
 
 		 285 aa  167  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  40 
 
 		 259 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  40.09 
 
 		 262 aa  164  8e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 231 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.1 
 
 		 161 aa  132  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 255 aa  124  8.000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.7 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 239 aa  90.9  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 239 aa  87  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 239 aa  85.9  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  29.27 
 
 		 247 aa  85.5  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.23 
 
 		 239 aa  85.5  7e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 258 aa  83.6  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.52 
 
 		 258 aa  83.6  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 241 aa  82.8  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 241 aa  81.6  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  27.73 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  29.68 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  26.29 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  29.22 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.34 
 
 		 230 aa  72.8  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.34 
 
 		 230 aa  72.8  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 233 aa  71.2  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.89 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.89 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  26.85 
 
 		 266 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.68 
 
 		 225 aa  66.6  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  28.44 
 
 		 239 aa  66.2  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 237 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  26.24 
 
 		 225 aa  65.5  0.0000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 260 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.21 
 
 		 237 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 227 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  25.11 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  25.11 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  25.11 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  25.11 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  25.11 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 235 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  23.87 
 
 		 243 aa  62  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 229 aa  61.2  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  28.78 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.41 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 235 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.02 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3179  hypothetical protein  29 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  24.35 
 
 		 231 aa  58.9  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 235 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 235 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 235 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.46 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.96 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.53 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>