237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3543 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  482  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  81.7 
 
 		 272 aa  396  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  80.77 
 
 		 252 aa  392  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  80.85 
 
 		 272 aa  393  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  76.6 
 
 		 235 aa  382  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  77.02 
 
 		 265 aa  363  1e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  72.77 
 
 		 242 aa  355  1.9999999999999998e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  73.25 
 
 		 261 aa  347  9e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  71.11 
 
 		 251 aa  333  2e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  50.93 
 
 		 224 aa  230  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  47.89 
 
 		 259 aa  221  9e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  47.42 
 
 		 222 aa  215  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  48.33 
 
 		 234 aa  202  4e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  48.33 
 
 		 234 aa  202  4e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  46.67 
 
 		 224 aa  195  6e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  45.89 
 
 		 247 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  45.89 
 
 		 247 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  45.89 
 
 		 247 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  44.95 
 
 		 285 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  44.04 
 
 		 251 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  44.5 
 
 		 259 aa  187  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  44.5 
 
 		 262 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.89 
 
 		 232 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.89 
 
 		 226 aa  185  7e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  46.38 
 
 		 299 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.6 
 
 		 230 aa  182  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.44 
 
 		 232 aa  181  6e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  43.75 
 
 		 232 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.41 
 
 		 309 aa  180  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 253 aa  180  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  45.41 
 
 		 281 aa  180  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.41 
 
 		 289 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  43.48 
 
 		 248 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.61 
 
 		 236 aa  179  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  44.93 
 
 		 304 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  44.93 
 
 		 284 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  44.93 
 
 		 284 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  44.93 
 
 		 284 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  41.26 
 
 		 248 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  39.09 
 
 		 228 aa  169  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 234 aa  169  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 231 aa  159  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 231 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.88 
 
 		 161 aa  126  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 255 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 239 aa  79  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.39 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.98 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.43 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.43 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 241 aa  73.2  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  27.39 
 
 		 247 aa  73.2  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.12 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  25.96 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.33 
 
 		 235 aa  67  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 241 aa  67.4  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.07 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.07 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  26.48 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  26.48 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  26.48 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  25.56 
 
 		 266 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  26.48 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  26.48 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 225 aa  62.8  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5384  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25 
 
 		 257 aa  62.4  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0141215 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.94 
 
 		 225 aa  62.4  0.000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 234 aa  62  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  22.86 
 
 		 229 aa  61.2  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  28.34 
 
 		 239 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  23.53 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  26.16 
 
 		 228 aa  58.5  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1379  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 245 aa  58.5  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 235 aa  57  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 237 aa  57  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.85 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 230 aa  56.6  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  28.11 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.54 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  27.42 
 
 		 226 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0119  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.2 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.701779  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3673  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.52 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0120  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.2 
 
 		 231 aa  55.8  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3348  cyclic nucleotide-binding  25.52 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.181039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.38 
 
 		 237 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4187  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.1 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.338954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 228 aa  55.1  0.0000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.41 
 
 		 224 aa  55.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>