More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5005 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 261 aa  524  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  76.76 
 
 		 272 aa  377  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  79.48 
 
 		 272 aa  375  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  76.07 
 
 		 252 aa  370  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  73.48 
 
 		 235 aa  357  9.999999999999999e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  72.57 
 
 		 242 aa  356  1.9999999999999998e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  76.96 
 
 		 265 aa  350  2e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  73.25 
 
 		 236 aa  347  1e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  70.22 
 
 		 251 aa  327  9e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  52.4 
 
 		 259 aa  230  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  52.4 
 
 		 222 aa  229  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  49.76 
 
 		 224 aa  221  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  46.7 
 
 		 247 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  48.86 
 
 		 234 aa  202  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  48.86 
 
 		 234 aa  202  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  46.7 
 
 		 247 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  46.7 
 
 		 247 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  46.73 
 
 		 285 aa  202  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.33 
 
 		 251 aa  201  9e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  47.83 
 
 		 226 aa  198  7e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  45.45 
 
 		 262 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  45.41 
 
 		 259 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  44.63 
 
 		 299 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  45.71 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  46.58 
 
 		 309 aa  192  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  46.58 
 
 		 289 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  46.58 
 
 		 281 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  46.12 
 
 		 284 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  46.12 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  46.12 
 
 		 284 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  46.12 
 
 		 284 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 253 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  44.2 
 
 		 232 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.15 
 
 		 236 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.56 
 
 		 232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.67 
 
 		 230 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  47.74 
 
 		 248 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  43.54 
 
 		 248 aa  174  9e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 234 aa  169  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  39.15 
 
 		 228 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 231 aa  163  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 231 aa  142  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 255 aa  125  7e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.8 
 
 		 161 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.58 
 
 		 239 aa  90.9  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  29.44 
 
 		 247 aa  87.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  27.35 
 
 		 251 aa  85.1  9e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  27.35 
 
 		 251 aa  85.1  9e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  27.35 
 
 		 251 aa  85.1  9e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  27.35 
 
 		 251 aa  85.1  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  27.35 
 
 		 251 aa  85.1  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  26.92 
 
 		 266 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.35 
 
 		 243 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.35 
 
 		 243 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.18 
 
 		 258 aa  82.4  0.000000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 241 aa  82.4  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 258 aa  82.4  0.000000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 239 aa  81.6  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.34 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  26.76 
 
 		 239 aa  79.7  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  32.8 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 241 aa  77.8  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.86 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.86 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  28.89 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 235 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  29.05 
 
 		 228 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  28.84 
 
 		 226 aa  70.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.65 
 
 		 235 aa  68.9  0.00000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  24.73 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.49 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1379  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 245 aa  68.9  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 235 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 234 aa  68.2  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.48 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 235 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 235 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 235 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 237 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.54 
 
 		 237 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3179  hypothetical protein  32.98 
 
 		 227 aa  65.1  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 227 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 235 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 225 aa  65.1  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 235 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.89 
 
 		 225 aa  64.3  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 237 aa  63.9  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  27.66 
 
 		 226 aa  62.4  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 226 aa  62  0.000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5384  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  22.66 
 
 		 257 aa  61.2  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0141215 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>