110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0608 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 161 aa  334  2.9999999999999997e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.69 
 
 		 234 aa  174  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  51.92 
 
 		 259 aa  160  6e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  49.03 
 
 		 222 aa  155  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  44.59 
 
 		 228 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  46.5 
 
 		 234 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.5 
 
 		 234 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  42.86 
 
 		 224 aa  140  6e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  42.31 
 
 		 247 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  42.31 
 
 		 247 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  42.31 
 
 		 247 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  44.72 
 
 		 224 aa  135  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  40.51 
 
 		 285 aa  135  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  41.29 
 
 		 309 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  41.03 
 
 		 251 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  41.29 
 
 		 281 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  41.29 
 
 		 289 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.65 
 
 		 299 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.65 
 
 		 304 aa  134  8e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.65 
 
 		 284 aa  133  9e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.65 
 
 		 284 aa  133  9e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  40.65 
 
 		 284 aa  133  9e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  42.31 
 
 		 248 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.72 
 
 		 231 aa  132  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.1 
 
 		 230 aa  132  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  40.38 
 
 		 259 aa  131  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  40.38 
 
 		 262 aa  131  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  41.67 
 
 		 232 aa  131  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  41.67 
 
 		 248 aa  130  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 236 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 253 aa  125  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.8 
 
 		 261 aa  124  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.38 
 
 		 232 aa  122  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.75 
 
 		 232 aa  121  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 265 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.04 
 
 		 272 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 252 aa  118  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 272 aa  118  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.51 
 
 		 236 aa  118  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40 
 
 		 226 aa  118  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 235 aa  117  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 242 aa  116  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 251 aa  113  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 231 aa  97.4  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 255 aa  89.7  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 226 aa  57.8  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.97 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 237 aa  53.5  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.03 
 
 		 219 aa  53.9  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.46 
 
 		 243 aa  51.6  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.38 
 
 		 225 aa  51.2  0.000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 241 aa  50.4  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  23.62 
 
 		 239 aa  50.4  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  24.65 
 
 		 226 aa  49.7  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 248 aa  49.7  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 239 aa  49.3  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.34 
 
 		 227 aa  49.7  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.65 
 
 		 229 aa  49.7  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.62 
 
 		 236 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5695  cyclic nucleotide-binding protein  29.7 
 
 		 233 aa  48.5  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0746044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0432  cyclic nucleotide-binding protein  31 
 
 		 860 aa  48.1  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.47 
 
 		 231 aa  47.4  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 239 aa  46.2  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 227 aa  46.2  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  26.13 
 
 		 247 aa  46.2  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0079  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.9 
 
 		 225 aa  45.8  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.849443  normal  0.162256 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 239 aa  45.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 232 aa  45.1  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 239 aa  45.1  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 232 aa  45.1  0.0004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  22.4 
 
 		 407 aa  45.1  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 229 aa  45.1  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2504  cyclic nucleotide-binding protein  30.77 
 
 		 628 aa  45.1  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 233 aa  44.7  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.56 
 
 		 229 aa  45.1  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.81 
 
 		 227 aa  45.1  0.0005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.05 
 
 		 239 aa  44.7  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 224 aa  44.7  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 234 aa  44.7  0.0006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 228 aa  44.7  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 228 aa  44.7  0.0006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1531  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 239 aa  44.3  0.0007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.169257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3301  cyclic nucleotide-binding protein  21.05 
 
 		 229 aa  44.3  0.0007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00259627 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4893  cyclic nucleotide-binding protein  32.95 
 
 		 237 aa  44.3  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.03 
 
 		 239 aa  44.3  0.0007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1992  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 226 aa  43.9  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.103472  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.45 
 
 		 231 aa  43.9  0.0008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2448  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.66 
 
 		 238 aa  44.3  0.0008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  24.39 
 
 		 231 aa  43.9  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22 
 
 		 239 aa  43.5  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3539  cyclic nucleotide-binding protein  25.41 
 
 		 857 aa  42.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0290793  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0390  cyclic nucleotide-binding protein  20.31 
 
 		 218 aa  43.1  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000226333  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1802  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.56 
 
 		 238 aa  42.4  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2606  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.14 
 
 		 253 aa  42.7  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193309  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 247 aa  42  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.49 
 
 		 215 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.85 
 
 		 228 aa  41.6  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0327  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 233 aa  41.6  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.539351  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 234 aa  41.6  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>