260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5767 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  100 
 
 		 253 aa  518  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  79.57 
 
 		 232 aa  372  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  82.27 
 
 		 232 aa  371  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  81.36 
 
 		 232 aa  368  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  58.22 
 
 		 299 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  57.78 
 
 		 284 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  57.78 
 
 		 284 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  57.78 
 
 		 284 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  57.78 
 
 		 304 aa  268  8e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  58.82 
 
 		 289 aa  267  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  58.82 
 
 		 309 aa  267  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  58.82 
 
 		 281 aa  267  1e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  58.82 
 
 		 247 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  58.82 
 
 		 247 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  58.82 
 
 		 247 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  51.81 
 
 		 259 aa  259  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  57.47 
 
 		 248 aa  256  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  55.95 
 
 		 262 aa  256  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  54.47 
 
 		 251 aa  256  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  57.47 
 
 		 248 aa  256  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  55.22 
 
 		 285 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  47.46 
 
 		 259 aa  229  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  48.18 
 
 		 222 aa  219  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  44.39 
 
 		 224 aa  209  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  46.6 
 
 		 234 aa  197  9e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.6 
 
 		 234 aa  197  9e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.69 
 
 		 226 aa  192  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.15 
 
 		 261 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  46.19 
 
 		 228 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  44.75 
 
 		 224 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.92 
 
 		 230 aa  189  4e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.63 
 
 		 272 aa  187  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 272 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 242 aa  183  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 235 aa  183  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 236 aa  180  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 265 aa  180  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 252 aa  179  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 251 aa  175  5e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.01 
 
 		 236 aa  168  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 231 aa  149  6e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 231 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.12 
 
 		 161 aa  125  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 255 aa  122  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  30.88 
 
 		 247 aa  95.5  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 239 aa  89.7  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 241 aa  85.1  9e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  27.78 
 
 		 239 aa  85.1  9e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.33 
 
 		 239 aa  85.1  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 239 aa  84  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.44 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 239 aa  82.8  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 241 aa  82.4  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.72 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 233 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  28.37 
 
 		 228 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.72 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.85 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.55 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.85 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  27.4 
 
 		 228 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 235 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 235 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.69 
 
 		 237 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  27.1 
 
 		 266 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  32.08 
 
 		 239 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 235 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 228 aa  70.5  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  24.31 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  25.7 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  25.7 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  25.7 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 234 aa  67.8  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.8 
 
 		 225 aa  67.8  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  25.7 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  25.7 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 227 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  24.77 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0428  Crp family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 201 aa  65.5  0.0000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0890  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.66 
 
 		 235 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0916  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.66 
 
 		 235 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.18169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 232 aa  61.6  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.79 
 
 		 235 aa  61.6  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 239 aa  62  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  24.6 
 
 		 226 aa  58.9  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.58 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1232  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.65 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  23.98 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>