More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_0248 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  100 
 
 
224 aa  460  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  55.36 
 
 
224 aa  269  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  52.34 
 
 
222 aa  256  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  52.53 
 
 
234 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  52.53 
 
 
234 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  52.36 
 
 
259 aa  248  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  48.87 
 
 
230 aa  236  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.93 
 
 
236 aa  230  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  50.72 
 
 
272 aa  229  3e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.72 
 
 
272 aa  226  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.72 
 
 
252 aa  226  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.48 
 
 
251 aa  226  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.92 
 
 
265 aa  224  6e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  49.76 
 
 
235 aa  222  4e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.76 
 
 
261 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  48.85 
 
 
248 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  49.31 
 
 
248 aa  217  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.41 
 
 
234 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  47.39 
 
 
232 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.85 
 
 
242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.97 
 
 
232 aa  211  7e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.95 
 
 
232 aa  211  7.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.79 
 
 
226 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  44.39 
 
 
253 aa  209  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  41.94 
 
 
228 aa  209  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  47.87 
 
 
247 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  47.87 
 
 
247 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  47.87 
 
 
247 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  46.54 
 
 
285 aa  206  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.97 
 
 
299 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.97 
 
 
309 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  46.45 
 
 
251 aa  196  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  45.97 
 
 
281 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.97 
 
 
289 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  46.45 
 
 
262 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  46.45 
 
 
259 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.5 
 
 
304 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  45.5 
 
 
284 aa  194  9e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.5 
 
 
284 aa  194  9e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.5 
 
 
284 aa  194  9e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.62 
 
 
236 aa  192  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
231 aa  169  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.58 
 
 
231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.86 
 
 
161 aa  140  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.38 
 
 
255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
239 aa  106  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
239 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
239 aa  101  9e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
239 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.04 
 
 
239 aa  100  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
239 aa  96.3  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  30.09 
 
 
247 aa  95.1  8e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
241 aa  95.1  8e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
241 aa  90.5  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  28.17 
 
 
239 aa  89.4  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.09 
 
 
237 aa  85.9  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  30.19 
 
 
266 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.3 
 
 
237 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.7 
 
 
225 aa  82.8  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  25.7 
 
 
226 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
233 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.23 
 
 
243 aa  82.4  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  28.57 
 
 
251 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 
251 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 
251 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  28.57 
 
 
251 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 
251 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.23 
 
 
243 aa  82.4  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  28.18 
 
 
239 aa  81.6  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  27.57 
 
 
228 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  27.57 
 
 
228 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.65 
 
 
227 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
234 aa  75.1  0.0000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.12 
 
 
258 aa  74.3  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.12 
 
 
258 aa  74.3  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  27.46 
 
 
231 aa  74.3  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
227 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.98 
 
 
225 aa  71.2  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.24 
 
 
230 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.24 
 
 
230 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30.24 
 
 
224 aa  70.9  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.98 
 
 
225 aa  70.5  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
222 aa  68.6  0.00000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.7 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
232 aa  67  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.32 
 
 
235 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.51 
 
 
227 aa  65.9  0.0000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.58 
 
 
222 aa  65.5  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
260 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  25.45 
 
 
229 aa  64.3  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.17 
 
 
224 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.35 
 
 
224 aa  63.5  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.27 
 
 
229 aa  64.3  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.91 
 
 
230 aa  63.5  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1379  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
245 aa  63.9  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231738  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.04 
 
 
235 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  26.48 
 
 
225 aa  63.9  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
235 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
235 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.97 
 
 
235 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>