248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6150 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 226 aa  468  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  49.77 
 
 		 222 aa  233  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  47.25 
 
 		 259 aa  216  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  42.79 
 
 		 224 aa  211  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.75 
 
 		 230 aa  198  5e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  47.83 
 
 		 261 aa  198  5e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  48.31 
 
 		 272 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 251 aa  197  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  44.59 
 
 		 285 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 272 aa  196  3e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 253 aa  192  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  43.06 
 
 		 247 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  43.06 
 
 		 247 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  43.06 
 
 		 247 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 252 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  41.36 
 
 		 248 aa  188  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  41.82 
 
 		 284 aa  188  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  41.82 
 
 		 284 aa  188  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  41.82 
 
 		 284 aa  188  7e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  41.82 
 
 		 304 aa  187  8e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.86 
 
 		 265 aa  187  8e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  42.79 
 
 		 251 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  42.27 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  43.24 
 
 		 259 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 242 aa  186  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.91 
 
 		 248 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 235 aa  186  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  42.13 
 
 		 309 aa  185  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  42.13 
 
 		 281 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  42.13 
 
 		 289 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 236 aa  185  6e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  42.99 
 
 		 262 aa  184  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  41.43 
 
 		 234 aa  184  7e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.43 
 
 		 234 aa  184  7e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 224 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.96 
 
 		 232 aa  178  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  44.33 
 
 		 232 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  40 
 
 		 228 aa  178  7e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.96 
 
 		 232 aa  177  9e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 234 aa  172  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.74 
 
 		 236 aa  169  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 231 aa  148  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 231 aa  135  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 255 aa  124  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40 
 
 		 161 aa  118  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 239 aa  86.3  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.98 
 
 		 239 aa  85.9  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.68 
 
 		 237 aa  85.9  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 237 aa  85.5  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.51 
 
 		 239 aa  82.4  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 241 aa  82  0.000000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  27.44 
 
 		 239 aa  79.7  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.02 
 
 		 243 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.02 
 
 		 243 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  28.04 
 
 		 229 aa  74.3  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  21.62 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 228 aa  71.2  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.06 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  28.57 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 229 aa  69.7  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 227 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1379  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 245 aa  65.9  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 228 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3161  cyclic nucleotide-binding protein  30.57 
 
 		 230 aa  63.9  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  25.25 
 
 		 266 aa  62  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4557  Crp/FNR family transcriptional regulator  22 
 
 		 239 aa  61.6  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.877029  hitchhiker  0.000201157 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  24.58 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  24.58 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  24.58 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  24.58 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  24.58 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 236 aa  58.9  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 260 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.56 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0916  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.91 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.18169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0890  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.91 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  28.99 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 227 aa  57  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  23.94 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.25 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3643  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.621489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.84 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 235 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.69 
 
 		 235 aa  54.3  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 237 aa  54.3  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5384  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  22.17 
 
 		 257 aa  54.3  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0141215 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 234 aa  54.7  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.86 
 
 		 223 aa  53.9  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.86 
 
 		 235 aa  53.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>