More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1092 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 234 aa  474  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  58.33 
 
 		 251 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  58.33 
 
 		 251 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  58.33 
 
 		 251 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  58.33 
 
 		 251 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  58.33 
 
 		 251 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  57.02 
 
 		 266 aa  256  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 235 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  55.26 
 
 		 235 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  56.41 
 
 		 235 aa  248  6e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  56.58 
 
 		 235 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  56.58 
 
 		 235 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  54.82 
 
 		 235 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 235 aa  238  5e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 227 aa  209  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.77 
 
 		 237 aa  208  6e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  48.37 
 
 		 237 aa  205  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 227 aa  203  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 228 aa  202  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  49.32 
 
 		 228 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  45.5 
 
 		 239 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.43 
 
 		 243 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.43 
 
 		 243 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.09 
 
 		 239 aa  171  9e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 233 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 237 aa  162  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  39.35 
 
 		 229 aa  161  8.000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 260 aa  157  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 230 aa  142  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0313  cyclic nucleotide-binding protein  35.02 
 
 		 234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0243  cyclic nucleotide-binding  34.55 
 
 		 236 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 239 aa  123  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.34 
 
 		 224 aa  112  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.63 
 
 		 224 aa  108  8.000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.88 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 234 aa  106  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 226 aa  102  5e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.73 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.97 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.73 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  27.6 
 
 		 239 aa  99.8  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  29.91 
 
 		 226 aa  99.4  4e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 225 aa  99.4  5e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.48 
 
 		 224 aa  98.6  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.44 
 
 		 225 aa  98.6  7e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.91 
 
 		 236 aa  98.2  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.31 
 
 		 225 aa  97.8  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  28.16 
 
 		 226 aa  97.8  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.73 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  28.51 
 
 		 247 aa  96.3  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0827  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 234 aa  95.9  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0664388  normal  0.45478 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 239 aa  95.1  9e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 		 239 aa  94.4  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  28.71 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.91 
 
 		 220 aa  94.7  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  29.36 
 
 		 225 aa  94.7  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.22 
 
 		 226 aa  94.4  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 239 aa  93.2  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 239 aa  93.2  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 239 aa  92.4  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 226 aa  92.4  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  28.57 
 
 		 226 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.31 
 
 		 228 aa  91.3  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 224 aa  90.1  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 		 229 aa  90.9  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 241 aa  90.1  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.37 
 
 		 225 aa  90.9  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 		 225 aa  90.1  3e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 258 aa  90.1  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.05 
 
 		 258 aa  90.1  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  29.77 
 
 		 225 aa  89.7  4e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  27.19 
 
 		 231 aa  89.7  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 225 aa  89  6e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  27.85 
 
 		 225 aa  89  7e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 227 aa  88.6  7e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 226 aa  88.6  8e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.72 
 
 		 242 aa  87  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 231 aa  87.4  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  27.78 
 
 		 228 aa  86.7  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  26.17 
 
 		 225 aa  86.3  3e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 225 aa  86.3  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  30.19 
 
 		 225 aa  85.9  5e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 226 aa  85.5  6e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  27.96 
 
 		 224 aa  84.7  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4557  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.877029  hitchhiker  0.000201157 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  28.34 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.96 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 228 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.96 
 
 		 232 aa  82  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.48 
 
 		 224 aa  81.6  0.000000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 224 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.259996 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>