267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3433 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 251 aa  505  9.999999999999999e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  73.8 
 
 		 252 aa  352  2.9999999999999997e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  72.17 
 
 		 272 aa  339  2.9999999999999998e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  72.17 
 
 		 272 aa  339  2.9999999999999998e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  69.78 
 
 		 235 aa  337  7e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  71.11 
 
 		 236 aa  333  2e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  70.22 
 
 		 261 aa  327  8e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  67.1 
 
 		 242 aa  313  9.999999999999999e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  69.1 
 
 		 265 aa  309  2.9999999999999997e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  49.07 
 
 		 222 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  50.48 
 
 		 224 aa  226  3e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  47.73 
 
 		 259 aa  223  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  46.9 
 
 		 234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.9 
 
 		 234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.79 
 
 		 226 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  44.5 
 
 		 247 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  44.5 
 
 		 247 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  44.5 
 
 		 247 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.9 
 
 		 236 aa  193  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  43.81 
 
 		 251 aa  188  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  43.81 
 
 		 262 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  44.29 
 
 		 285 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  43.81 
 
 		 259 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  45.07 
 
 		 224 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.17 
 
 		 248 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.23 
 
 		 230 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  42.16 
 
 		 248 aa  181  7e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  43 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  40.62 
 
 		 228 aa  180  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  42.51 
 
 		 309 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  42.51 
 
 		 289 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  42.51 
 
 		 281 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  42.03 
 
 		 304 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  42.03 
 
 		 284 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  42.03 
 
 		 284 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  42.03 
 
 		 284 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  42.58 
 
 		 232 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 234 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 253 aa  175  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.06 
 
 		 232 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.74 
 
 		 232 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 231 aa  156  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 231 aa  146  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 255 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.12 
 
 		 161 aa  113  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 239 aa  86.3  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.79 
 
 		 239 aa  86.3  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 258 aa  85.9  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.74 
 
 		 258 aa  85.9  6e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  30 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  28.32 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 241 aa  76.6  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.51 
 
 		 243 aa  75.5  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.51 
 
 		 243 aa  75.5  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  30.37 
 
 		 228 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  26.13 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.88 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1379  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 241 aa  69.7  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 227 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  24.22 
 
 		 266 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  25.11 
 
 		 251 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  25.11 
 
 		 251 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  25.11 
 
 		 251 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  25.11 
 
 		 251 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  25.11 
 
 		 251 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  25.82 
 
 		 247 aa  68.2  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.96 
 
 		 237 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  24.35 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.23 
 
 		 230 aa  65.5  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.23 
 
 		 230 aa  65.5  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 235 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 227 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.43 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.9 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  27.23 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.57 
 
 		 234 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 235 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.18 
 
 		 226 aa  62.4  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 235 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.08 
 
 		 227 aa  58.9  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 260 aa  58.5  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 225 aa  58.5  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 239 aa  57.8  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.77 
 
 		 243 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.67 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1360  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>