149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0504 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_0504  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
152 aa  315  2e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.336874  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04370  cyclic nucleotide-binding protein, hydrogenase accessory protein, HoxI  75 
 
 
152 aa  243  6.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339125  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2663  cyclic nucleotide-binding protein  53.69 
 
 
156 aa  181  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490536  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2587  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  51.68 
 
 
163 aa  175  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.658452  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1016  cyclic nucleotide-binding protein  49.01 
 
 
156 aa  160  8.000000000000001e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458369 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4499  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.03 
 
 
155 aa  143  9e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1135  cyclic nucleotide-binding protein  46.31 
 
 
158 aa  132  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0214278  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1505  cyclic nucleotide-binding protein  37.84 
 
 
156 aa  118  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.331572  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3434  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.42 
 
 
160 aa  109  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.748195  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1182  cyclic nucleotide-binding protein  32.87 
 
 
157 aa  97.4  7e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal  0.0489363 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3652  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.86 
 
 
153 aa  92  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.0096364  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.83 
 
 
254 aa  59.7  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1532  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.61 
 
 
141 aa  59.3  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.31549 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
225 aa  57.8  0.00000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.17 
 
 
225 aa  57.4  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.15 
 
 
241 aa  54.3  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
226 aa  54.3  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.41 
 
 
225 aa  54.3  0.0000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  29.57 
 
 
215 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.74 
 
 
225 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4460  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.86 
 
 
171 aa  52.8  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  29.57 
 
 
215 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 
224 aa  52  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1454  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
252 aa  52  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 
239 aa  52  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  25.77 
 
 
226 aa  51.2  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  25.49 
 
 
243 aa  50.8  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  26.76 
 
 
225 aa  50.8  0.000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
225 aa  50.4  0.000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  30.69 
 
 
148 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
230 aa  49.3  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
240 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0595  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.27 
 
 
228 aa  48.9  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.130469  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.45 
 
 
242 aa  49.3  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5558  cyclic nucleotide-binding protein  34.65 
 
 
470 aa  48.9  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  25.35 
 
 
225 aa  49.3  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  31.37 
 
 
224 aa  48.5  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.46 
 
 
236 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  28 
 
 
322 aa  48.1  0.00004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1579  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 
136 aa  48.5  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.92 
 
 
243 aa  48.1  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13268  transmembrane transport protein  33.33 
 
 
1048 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.321047 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.11 
 
 
231 aa  48.1  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  30.77 
 
 
223 aa  48.1  0.00004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  24.67 
 
 
220 aa  47.8  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.4 
 
 
231 aa  48.1  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.45 
 
 
224 aa  48.1  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  25.45 
 
 
224 aa  48.1  0.00005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
238 aa  47.8  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.21 
 
 
236 aa  47.4  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.55 
 
 
224 aa  47.8  0.00006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.55 
 
 
224 aa  47.8  0.00006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.55 
 
 
224 aa  47.8  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
224 aa  47.8  0.00006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0916  cAMP-dependent protein - catabolite gene activator and regulatory subunit  27.42 
 
 
152 aa  47.4  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.55 
 
 
224 aa  47  0.00009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.55 
 
 
224 aa  47  0.00009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  30.69 
 
 
149 aa  47  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4086  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.29 
 
 
209 aa  46.6  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0944516 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.83 
 
 
215 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.52 
 
 
224 aa  47  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.74 
 
 
227 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2199  cyclic nucleotide-binding protein  29.46 
 
 
357 aa  46.6  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0555  anti-sigma-factor antagonist  26.88 
 
 
601 aa  45.8  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  26.36 
 
 
224 aa  45.8  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1243  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.51 
 
 
231 aa  45.8  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00145976  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
236 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
236 aa  46.2  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.33 
 
 
226 aa  45.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.07 
 
 
228 aa  46.2  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
224 aa  45.4  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2885  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.02 
 
 
321 aa  45.4  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.08 
 
 
219 aa  45.4  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  26.42 
 
 
155 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.26 
 
 
228 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  28.24 
 
 
225 aa  45.4  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  24.19 
 
 
245 aa  44.7  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  23.24 
 
 
214 aa  45.1  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.67 
 
 
229 aa  45.1  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0230  cyclic nucleotide-binding protein  31.63 
 
 
150 aa  45.1  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253117  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.82 
 
 
220 aa  44.3  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3897  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
227 aa  44.3  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.280734  normal  0.887061 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.63 
 
 
229 aa  44.7  0.0005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  25.47 
 
 
155 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2668  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.18 
 
 
225 aa  44.3  0.0006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0967754  hitchhiker  0.000000348595 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.95 
 
 
227 aa  43.9  0.0007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7320  cyclic nucleotide-binding protein  27.38 
 
 
169 aa  44.3  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376819  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.95 
 
 
226 aa  43.9  0.0008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  29.7 
 
 
151 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2709  transcriptional activator FtrB  27.22 
 
 
232 aa  43.9  0.0009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0829617 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  24 
 
 
226 aa  43.9  0.0009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1709  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.35 
 
 
254 aa  43.5  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0525745  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1486  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.73 
 
 
240 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.05 
 
 
228 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1904  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.35 
 
 
254 aa  43.5  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0603838  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.82 
 
 
227 aa  43.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 
228 aa  43.5  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.83 
 
 
226 aa  43.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.14 
 
 
237 aa  43.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.56 
 
 
236 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>