143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0230 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_0230  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
150 aa  301  2.0000000000000002e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253117  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  34.53 
 
 
155 aa  84  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1664  cyclic nucleotide-binding protein  33.8 
 
 
159 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.617914 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  33.81 
 
 
155 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4104  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
163 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.374225 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  36 
 
 
151 aa  74.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  32.88 
 
 
160 aa  72.4  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.2 
 
 
151 aa  72.4  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1016  cyclic nucleotide-binding protein  35.21 
 
 
149 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  36.36 
 
 
150 aa  72.8  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0441  cyclic nucleotide-binding  31.78 
 
 
148 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  32.35 
 
 
161 aa  70.5  0.000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1398  cyclic nucleotide-binding protein  34.07 
 
 
168 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144588  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0380  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.23 
 
 
148 aa  68.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.88 
 
 
149 aa  65.9  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0285  cyclic nucleotide-binding protein  35.29 
 
 
149 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.512507  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.94 
 
 
230 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0178  cyclic nucleotide-binding protein  35.65 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220978  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0279  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.65 
 
 
149 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  32.82 
 
 
147 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  29.79 
 
 
151 aa  59.3  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
225 aa  57.8  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  27.08 
 
 
225 aa  56.6  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
228 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  31.29 
 
 
151 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2712  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.15 
 
 
507 aa  55.1  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0470198  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  29.63 
 
 
563 aa  55.5  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  32.81 
 
 
153 aa  54.7  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  32.81 
 
 
153 aa  54.7  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.91 
 
 
222 aa  55.1  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  30.88 
 
 
151 aa  53.9  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13268  transmembrane transport protein  31.78 
 
 
1048 aa  53.5  0.0000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.321047 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  33.59 
 
 
148 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  30.71 
 
 
151 aa  52.8  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  31.01 
 
 
152 aa  52.4  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
257 aa  52  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04370  cyclic nucleotide-binding protein, hydrogenase accessory protein, HoxI  35.19 
 
 
152 aa  51.6  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339125  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.73 
 
 
215 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  28.38 
 
 
164 aa  51.2  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  23.49 
 
 
171 aa  50.4  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  25.66 
 
 
419 aa  49.7  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.93 
 
 
229 aa  49.7  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  31.36 
 
 
154 aa  49.7  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  29.51 
 
 
147 aa  50.1  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1513  cyclic nucleotide-binding protein  27.73 
 
 
308 aa  48.9  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00604424  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4030  cyclic nucleotide-binding protein  29.13 
 
 
173 aa  49.3  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.900362 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  27.19 
 
 
570 aa  49.3  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  32.09 
 
 
194 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.33 
 
 
226 aa  49.3  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  32.09 
 
 
149 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.29 
 
 
223 aa  49.3  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  26.15 
 
 
154 aa  49.3  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  32.82 
 
 
149 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  28.03 
 
 
226 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.03 
 
 
220 aa  48.1  0.00004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.79 
 
 
226 aa  48.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1926  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.03 
 
 
168 aa  48.1  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1505  cyclic nucleotide-binding protein  32.65 
 
 
156 aa  48.1  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.331572  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2153  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.08 
 
 
216 aa  48.1  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0015242 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.83 
 
 
231 aa  47.8  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2885  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.74 
 
 
321 aa  47.8  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  27.93 
 
 
435 aa  47.8  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.06 
 
 
225 aa  47.4  0.00006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  25 
 
 
225 aa  47.4  0.00007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
225 aa  47.4  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  26.17 
 
 
275 aa  47  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  24.81 
 
 
472 aa  47.4  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30.71 
 
 
224 aa  47  0.00009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1814  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.51 
 
 
242 aa  46.6  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.245711 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63653  Leucine rich repeat protein, contains F-box  23.36 
 
 
868 aa  46.2  0.0001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.422768  normal  0.952681 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.93 
 
 
229 aa  47  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.17 
 
 
232 aa  45.8  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.64 
 
 
219 aa  46.2  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  28.45 
 
 
215 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.76 
 
 
230 aa  46.2  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0267635  normal  0.395563 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.46 
 
 
226 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  28.45 
 
 
215 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  28.03 
 
 
155 aa  45.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
230 aa  45.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
249 aa  45.4  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5052  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.84 
 
 
228 aa  45.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.267336 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.03 
 
 
155 aa  45.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.36 
 
 
225 aa  45.4  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.24 
 
 
225 aa  44.7  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4284  cyclic nucleotide-binding protein  33.04 
 
 
332 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4370  cyclic nucleotide-binding protein  33.04 
 
 
332 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.518531  normal  0.153807 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
218 aa  45.1  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0504  cyclic nucleotide-binding protein  31.63 
 
 
152 aa  45.1  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.336874  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8112  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.6 
 
 
229 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  25.76 
 
 
154 aa  44.7  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  23.53 
 
 
495 aa  45.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.97 
 
 
241 aa  44.3  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3546  cyclic nucleotide-binding  27.45 
 
 
124 aa  44.3  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.194157 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.3 
 
 
236 aa  44.7  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11017  hypothetical protein  31.86 
 
 
333 aa  44.3  0.0005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.210732  normal  0.341372 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_11563  predicted protein  29.23 
 
 
238 aa  44.3  0.0005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.684972  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1135  cyclic nucleotide-binding protein  32.38 
 
 
158 aa  44.3  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0214278  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1374  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.69 
 
 
624 aa  44.3  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.138128  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  25.62 
 
 
224 aa  43.9  0.0008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  28.44 
 
 
223 aa  43.9  0.0008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>