More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_4089 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
151 aa  303  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  96.03 
 
 
151 aa  291  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  54.67 
 
 
151 aa  167  5e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  53.68 
 
 
151 aa  157  6e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  40.85 
 
 
153 aa  110  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  40.85 
 
 
153 aa  110  9e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  38.41 
 
 
152 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  38.36 
 
 
151 aa  101  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0380  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.15 
 
 
148 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0441  cyclic nucleotide-binding  40.15 
 
 
148 aa  95.5  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0285  cyclic nucleotide-binding protein  37.93 
 
 
149 aa  93.6  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.512507  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1016  cyclic nucleotide-binding protein  43.88 
 
 
149 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0279  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36.24 
 
 
149 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  35.86 
 
 
160 aa  91.3  5e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4104  cyclic nucleotide-binding protein  37.41 
 
 
163 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.374225 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1664  cyclic nucleotide-binding protein  34.27 
 
 
159 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.617914 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1398  cyclic nucleotide-binding protein  40.29 
 
 
168 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144588  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  37.1 
 
 
150 aa  87.4  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.44 
 
 
155 aa  87  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  35.51 
 
 
155 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  35.51 
 
 
155 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  38.69 
 
 
149 aa  85.1  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  33.77 
 
 
155 aa  84  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  34.97 
 
 
161 aa  82.8  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0178  cyclic nucleotide-binding protein  34.29 
 
 
138 aa  80.5  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220978  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  30.34 
 
 
154 aa  79.7  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  33.59 
 
 
147 aa  74.7  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  34.43 
 
 
149 aa  73.9  0.0000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1513  cyclic nucleotide-binding protein  33.9 
 
 
308 aa  73.2  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00604424  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  30.77 
 
 
154 aa  73.6  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0230  cyclic nucleotide-binding protein  35.2 
 
 
150 aa  72.4  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253117  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  32.8 
 
 
148 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  34.43 
 
 
194 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  34.43 
 
 
149 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  29.37 
 
 
154 aa  70.5  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  32.8 
 
 
151 aa  70.9  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
219 aa  70.5  0.000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  32.79 
 
 
147 aa  70.1  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  30.37 
 
 
230 aa  63.9  0.0000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  31.71 
 
 
226 aa  63.9  0.0000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1691  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
232 aa  63.5  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00272653  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3443  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
229 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.79 
 
 
225 aa  62.4  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  31.62 
 
 
164 aa  62  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  32 
 
 
472 aa  61.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.59 
 
 
243 aa  60.8  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.47 
 
 
226 aa  60.8  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  26.24 
 
 
225 aa  60.8  0.000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.97 
 
 
225 aa  60.5  0.000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.23 
 
 
225 aa  60.5  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.62 
 
 
224 aa  60.5  0.000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1709  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.63 
 
 
254 aa  59.7  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0525745  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1904  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
254 aa  59.7  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0603838  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
225 aa  59.7  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.75 
 
 
231 aa  59.3  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  28.87 
 
 
224 aa  59.3  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  31.19 
 
 
266 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.32 
 
 
228 aa  58.2  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1117  patatin  33.33 
 
 
621 aa  57.8  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.75 
 
 
225 aa  57.8  0.00000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4030  cyclic nucleotide-binding protein  27.34 
 
 
173 aa  57.8  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.900362 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1374  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.64 
 
 
624 aa  57.4  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.138128  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.81 
 
 
234 aa  57.8  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  28.93 
 
 
225 aa  57.4  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1706  cyclic nucleotide-binding protein  29.91 
 
 
230 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.450772  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2752  cyclic nucleotide-binding protein  29.91 
 
 
230 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.339389  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0619  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.91 
 
 
229 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2895  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.91 
 
 
230 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.869141  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2695  cyclic nucleotide-binding protein  29.91 
 
 
229 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2817  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.91 
 
 
229 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2392  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.91 
 
 
230 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1801  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.91 
 
 
229 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 
224 aa  57.4  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  26.67 
 
 
225 aa  57  0.00000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4086  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.91 
 
 
209 aa  56.2  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0944516 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
226 aa  56.6  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
232 aa  57  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  32.26 
 
 
224 aa  55.8  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
226 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
237 aa  55.5  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
246 aa  55.5  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
228 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  27.05 
 
 
570 aa  55.8  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.9 
 
 
225 aa  55.1  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.48 
 
 
228 aa  55.1  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.39 
 
 
243 aa  55.1  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.34 
 
 
227 aa  55.1  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  30.65 
 
 
226 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3066  cyclic nucleotide-binding  30.66 
 
 
240 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.69 
 
 
230 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
246 aa  54.7  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  30.53 
 
 
419 aa  54.7  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1521  cyclic nucleotide-binding protein  30.2 
 
 
153 aa  55.1  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.000183504  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.18 
 
 
234 aa  54.7  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1454  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
252 aa  55.1  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0161  cyclic nucleotide-binding protein  32.04 
 
 
583 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102095  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2002  cyclic nucleotide-binding protein  25.68 
 
 
641 aa  54.7  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  31.96 
 
 
251 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.55 
 
 
222 aa  54.3  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
240 aa  54.3  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>