283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0441 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0441  cyclic nucleotide-binding  100 
 
 
148 aa  292  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0380  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  90.54 
 
 
148 aa  270  7e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0279  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  74.15 
 
 
149 aa  221  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0285  cyclic nucleotide-binding protein  70.95 
 
 
149 aa  215  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.512507  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  61.49 
 
 
149 aa  180  5.0000000000000004e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  58.11 
 
 
160 aa  171  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0178  cyclic nucleotide-binding protein  63.04 
 
 
138 aa  166  8e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220978  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  40.15 
 
 
151 aa  96.3  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.15 
 
 
151 aa  95.5  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  38.93 
 
 
155 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  36.92 
 
 
155 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  39.17 
 
 
150 aa  84.7  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  38.52 
 
 
151 aa  82.8  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  37.78 
 
 
161 aa  82.8  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4104  cyclic nucleotide-binding protein  36.92 
 
 
163 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.374225 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  35.86 
 
 
147 aa  81.3  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  32 
 
 
151 aa  77  0.00000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  36.07 
 
 
151 aa  75.9  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1016  cyclic nucleotide-binding protein  36.97 
 
 
149 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1664  cyclic nucleotide-binding protein  36.72 
 
 
159 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.617914 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1398  cyclic nucleotide-binding protein  32.62 
 
 
168 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144588  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0230  cyclic nucleotide-binding protein  31.78 
 
 
150 aa  70.9  0.000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253117  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  33.8 
 
 
164 aa  67.8  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  32.56 
 
 
153 aa  67.8  0.00000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  29.33 
 
 
153 aa  67.8  0.00000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.25 
 
 
155 aa  67  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  31.54 
 
 
148 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  29.71 
 
 
165 aa  64.3  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  28 
 
 
152 aa  63.9  0.0000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13760  hypothetical protein  37.23 
 
 
1065 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.217439 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  30.65 
 
 
154 aa  62.8  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  33.08 
 
 
225 aa  63.5  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  29.66 
 
 
151 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  35.11 
 
 
226 aa  62  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.87 
 
 
234 aa  62  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  31.11 
 
 
149 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.03 
 
 
224 aa  61.6  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  30.37 
 
 
149 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 
155 aa  60.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  31.97 
 
 
147 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  31.11 
 
 
194 aa  60.5  0.000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
233 aa  60.5  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  28.93 
 
 
154 aa  59.7  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  29.63 
 
 
225 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  29.37 
 
 
570 aa  59.3  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.54 
 
 
231 aa  59.3  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  31.36 
 
 
222 aa  59.3  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.48 
 
 
219 aa  58.5  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.11 
 
 
222 aa  58.5  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0098  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.25 
 
 
211 aa  58.2  0.00000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.4392599999999995e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  29.32 
 
 
449 aa  58.2  0.00000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  23.91 
 
 
230 aa  58.2  0.00000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.75 
 
 
246 aa  58.2  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  28.1 
 
 
472 aa  57.4  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1111  cyclic nucleotide-binding  29.37 
 
 
729 aa  57.4  0.00000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.804267  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  25.5 
 
 
154 aa  57  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.63 
 
 
223 aa  56.6  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  28.18 
 
 
214 aa  55.8  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
241 aa  55.5  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_11563  predicted protein  30.36 
 
 
238 aa  55.8  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.684972  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.23 
 
 
225 aa  55.1  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.83 
 
 
239 aa  55.1  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.62 
 
 
227 aa  54.7  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  27.13 
 
 
220 aa  54.7  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3195  cyclic nucleotide-binding protein  34.91 
 
 
598 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2455  cyclic nucleotide-binding protein  30.43 
 
 
594 aa  54.3  0.0000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.23 
 
 
225 aa  54.3  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.28 
 
 
242 aa  54.3  0.0000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
237 aa  54.3  0.0000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2678  cyclic nucleotide-binding protein  36.27 
 
 
1017 aa  53.9  0.0000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0916435  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.07 
 
 
222 aa  53.5  0.0000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
231 aa  52.8  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  34.09 
 
 
224 aa  52.8  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.51 
 
 
226 aa  53.5  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.9 
 
 
224 aa  52.8  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  31.01 
 
 
419 aa  52.8  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
228 aa  52.4  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  28.21 
 
 
225 aa  52.4  0.000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
226 aa  52  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  30.1 
 
 
225 aa  52  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.72 
 
 
236 aa  51.6  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
246 aa  52  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.73 
 
 
225 aa  51.6  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.67 
 
 
225 aa  51.6  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0496  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36.21 
 
 
129 aa  51.2  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04510  cyclic nucleotide-binding domain protein (AFU_orthologue; AFUA_2G03170)  29.41 
 
 
923 aa  50.8  0.000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12585  hypothetical protein  31.06 
 
 
583 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.274213  normal  0.619754 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  32.63 
 
 
266 aa  50.8  0.000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.92 
 
 
228 aa  50.8  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.2 
 
 
228 aa  50.8  0.000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.17 
 
 
226 aa  50.4  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  43.94 
 
 
228 aa  50.4  0.000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
257 aa  50.4  0.000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  31.3 
 
 
224 aa  50.4  0.000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  26.67 
 
 
225 aa  50.1  0.00001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.91 
 
 
229 aa  49.7  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4030  cyclic nucleotide-binding protein  26.92 
 
 
173 aa  49.7  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.900362 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.52 
 
 
243 aa  49.7  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  25.64 
 
 
563 aa  50.1  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.68 
 
 
226 aa  49.7  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>