127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_1135 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1135  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
158 aa  318  9.999999999999999e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0214278  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04370  cyclic nucleotide-binding protein, hydrogenase accessory protein, HoxI  49.33 
 
 
152 aa  138  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339125  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2587  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46 
 
 
163 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.658452  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0504  cyclic nucleotide-binding protein  46.67 
 
 
152 aa  134  5e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.336874  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1016  cyclic nucleotide-binding protein  47.4 
 
 
156 aa  134  7.000000000000001e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458369 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2663  cyclic nucleotide-binding protein  43.62 
 
 
156 aa  133  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490536  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1505  cyclic nucleotide-binding protein  45.27 
 
 
156 aa  125  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.331572  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4499  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  41.18 
 
 
155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1182  cyclic nucleotide-binding protein  41.1 
 
 
157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal  0.0489363 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3434  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.33 
 
 
160 aa  107  8.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.748195  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3652  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.77 
 
 
153 aa  96.3  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.0096364  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.05 
 
 
229 aa  61.2  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.6 
 
 
254 aa  60.1  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
230 aa  56.6  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  27.69 
 
 
151 aa  57  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
254 aa  55.1  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.65 
 
 
225 aa  54.7  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
229 aa  54.3  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
231 aa  53.5  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  26.09 
 
 
230 aa  52.8  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.44 
 
 
228 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
241 aa  52  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
225 aa  52  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.85 
 
 
229 aa  52  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
224 aa  51.2  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1472  CAAX amino terminal protease family  28.03 
 
 
381 aa  50.8  0.000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.407531  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.74 
 
 
227 aa  50.8  0.000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4954  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.25 
 
 
223 aa  50.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00163752  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.92 
 
 
236 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.56 
 
 
225 aa  50.1  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.13 
 
 
227 aa  49.3  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.5 
 
 
226 aa  48.9  0.00003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1532  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.38 
 
 
141 aa  48.1  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.31549 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4030  cyclic nucleotide-binding protein  28.89 
 
 
173 aa  47.4  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.900362 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.36 
 
 
227 aa  47.8  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.85 
 
 
225 aa  46.6  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0916  cAMP-dependent protein - catabolite gene activator and regulatory subunit  26.67 
 
 
152 aa  47  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 
228 aa  47  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 
151 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  17.52 
 
 
225 aa  47  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
241 aa  47  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  27.27 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0350  cyclic nucleotide-binding protein  31.68 
 
 
164 aa  46.2  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.16 
 
 
236 aa  45.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0420  cyclic nucleotide-binding protein  29.47 
 
 
255 aa  45.4  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.554509  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.15 
 
 
229 aa  45.8  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1691  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
232 aa  45.1  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00272653  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.3 
 
 
227 aa  45.1  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  28.45 
 
 
161 aa  45.1  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.98 
 
 
230 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2796  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
250 aa  44.7  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.92 
 
 
218 aa  44.7  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  27.73 
 
 
225 aa  44.7  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.83 
 
 
224 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2391  cyclic nucleotide-binding protein  29.84 
 
 
164 aa  44.3  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  27.27 
 
 
228 aa  44.3  0.0007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.83 
 
 
224 aa  44.3  0.0007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3466  regulator of Biofilm formation Fnr Family  29.81 
 
 
235 aa  44.3  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  26.09 
 
 
224 aa  43.9  0.0008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.51 
 
 
227 aa  43.9  0.0008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.64 
 
 
243 aa  43.9  0.0008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.84 
 
 
224 aa  43.9  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3025  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.81 
 
 
179 aa  43.9  0.0009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339332  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0590  cyclic nucleotide-binding protein  37.5 
 
 
801 aa  43.9  0.0009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120802  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.81 
 
 
227 aa  43.9  0.0009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.19 
 
 
224 aa  43.9  0.0009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.64 
 
 
225 aa  43.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.96 
 
 
224 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.25 
 
 
236 aa  43.9  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.96 
 
 
224 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.96 
 
 
224 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3570  putative glutaminase  29.79 
 
 
620 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.615084 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  26.96 
 
 
224 aa  43.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.85 
 
 
242 aa  43.9  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.86 
 
 
257 aa  43.5  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3897  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
227 aa  43.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.280734  normal  0.887061 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02457  hypothetical protein  27 
 
 
626 aa  43.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0306  cyclic nucleotide-binding protein  19.05 
 
 
166 aa  43.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.2 
 
 
228 aa  43.5  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.96 
 
 
238 aa  43.5  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0230  cyclic nucleotide-binding protein  32.38 
 
 
150 aa  43.5  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253117  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2556  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
198 aa  43.9  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2616  cyclic nucleotide-binding protein  27.83 
 
 
219 aa  42.7  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.09 
 
 
224 aa  42.7  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.19 
 
 
225 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0787  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.99 
 
 
170 aa  42.7  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.19 
 
 
225 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20 
 
 
239 aa  42.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1179  cyclic nucleotide-binding protein  28.09 
 
 
213 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1522  cyclic nucleotide-binding  24.14 
 
 
241 aa  42.4  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.500349  normal  0.967279 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0978  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.13 
 
 
635 aa  42  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.082367  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1527  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.23 
 
 
167 aa  42  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000128576  hitchhiker  0.00383137 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0657  cyclic nucleotide-binding protein  27.93 
 
 
246 aa  42.4  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.418671  normal  0.417958 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0595  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
228 aa  42.4  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.130469  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.87 
 
 
228 aa  42  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5778  cyclic nucleotide-binding protein  30.65 
 
 
353 aa  42.4  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.714206 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  24.19 
 
 
495 aa  42.4  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0772  cyclic nucleotide-binding protein  21.38 
 
 
164 aa  42  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  23.18 
 
 
222 aa  41.6  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
230 aa  42  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>