211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0331 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 150 aa  290  5e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  43.45 
 
 		 152 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  40.69 
 
 		 153 aa  111  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  40.69 
 
 		 153 aa  110  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4104  cyclic nucleotide-binding protein  39.16 
 
 		 163 aa  97.1  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.374225 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  41.26 
 
 		 151 aa  95.9  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0380  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  38.89 
 
 		 148 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0441  cyclic nucleotide-binding  38.19 
 
 		 148 aa  94  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  40.58 
 
 		 155 aa  94  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  40.58 
 
 		 155 aa  93.6  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  40.14 
 
 		 160 aa  92.8  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0285  cyclic nucleotide-binding protein  37.59 
 
 		 149 aa  92.8  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.512507  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0279  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.31 
 
 		 149 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  36.62 
 
 		 151 aa  92  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.92 
 
 		 151 aa  90.9  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1398  cyclic nucleotide-binding protein  38.78 
 
 		 168 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144588  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  40.58 
 
 		 151 aa  89.4  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  39.02 
 
 		 151 aa  87.4  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1664  cyclic nucleotide-binding protein  40.48 
 
 		 159 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.617914 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  38.41 
 
 		 161 aa  86.3  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 155 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  34.67 
 
 		 155 aa  83.6  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0178  cyclic nucleotide-binding protein  37.04 
 
 		 138 aa  82.8  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  38.3 
 
 		 149 aa  82  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  36.49 
 
 		 147 aa  78.6  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  32.65 
 
 		 149 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1016  cyclic nucleotide-binding protein  37.06 
 
 		 149 aa  77  0.00000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  30.34 
 
 		 154 aa  75.5  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0230  cyclic nucleotide-binding protein  36.29 
 
 		 150 aa  73.9  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253117  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  30.61 
 
 		 154 aa  72  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  32.85 
 
 		 149 aa  70.1  0.000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  31.29 
 
 		 194 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  34.31 
 
 		 151 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  31.25 
 
 		 154 aa  68.6  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  30.61 
 
 		 147 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  32.59 
 
 		 148 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2352  cyclic nucleotide-binding protein  32.59 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674498  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  32.17 
 
 		 164 aa  61.6  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1612  cyclic nucleotide-binding protein  31.85 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1517  cyclic nucleotide-binding protein  31.85 
 
 		 154 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0629843  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0161  cyclic nucleotide-binding protein  35.4 
 
 		 583 aa  57  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102095  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 226 aa  57  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2199  cyclic nucleotide-binding protein  26.87 
 
 		 357 aa  55.5  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2490  cyclic nucleotide-binding protein  36.75 
 
 		 143 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.529165  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2535  cyclic nucleotide-binding protein  36.75 
 
 		 143 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.187626  normal  0.577012 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2527  cyclic nucleotide-binding protein  36.75 
 
 		 143 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.122265 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4598  cyclic nucleotide-binding protein  35.64 
 
 		 581 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0649502  normal  0.461096 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  33.88 
 
 		 225 aa  55.1  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1111  cyclic nucleotide-binding  34.19 
 
 		 729 aa  55.1  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.804267  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0098  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.97 
 
 		 211 aa  54.7  0.0000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.4392599999999995e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1521  cyclic nucleotide-binding protein  30.3 
 
 		 153 aa  53.9  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.000183504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0590  cyclic nucleotide-binding protein  30.65 
 
 		 801 aa  53.9  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 230 aa  53.5  0.0000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 226 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.71 
 
 		 226 aa  53.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  27.7 
 
 		 637 aa  53.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 225 aa  52.8  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 224 aa  52  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 230 aa  52.8  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.23 
 
 		 225 aa  52  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 225 aa  52.8  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  32.23 
 
 		 225 aa  52.4  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3195  cyclic nucleotide-binding protein  34.86 
 
 		 598 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  28.7 
 
 		 495 aa  51.6  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.47 
 
 		 224 aa  51.6  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 225 aa  51.2  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 222 aa  50.8  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 239 aa  50.8  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.68 
 
 		 219 aa  50.8  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  29.81 
 
 		 419 aa  50.8  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.28 
 
 		 222 aa  50.8  0.000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 254 aa  50.8  0.000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 278 aa  50.4  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1298  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  29.06 
 
 		 177 aa  50.4  0.000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000825589  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  35.11 
 
 		 266 aa  50.1  0.000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.01 
 
 		 251 aa  50.1  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  29.93 
 
 		 226 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2678  cyclic nucleotide-binding protein  38.61 
 
 		 1017 aa  49.7  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0916435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5052  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.44 
 
 		 228 aa  49.7  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.267336 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  31.31 
 
 		 577 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.59 
 
 		 220 aa  50.1  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4086  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.2 
 
 		 209 aa  48.9  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0944516 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.07 
 
 		 257 aa  49.3  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 214 aa  49.3  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 235 aa  48.9  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.68 
 
 		 253 aa  49.3  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  23.77 
 
 		 171 aa  49.3  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  26.28 
 
 		 243 aa  49.3  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 237 aa  49.3  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.43 
 
 		 225 aa  48.9  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 235 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 235 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.48 
 
 		 232 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0056  cyclic nucleotide-binding  28.3 
 
 		 739 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.6 
 
 		 243 aa  48.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0632  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.16 
 
 		 236 aa  48.1  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.649143  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1814  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.47 
 
 		 242 aa  48.1  0.00004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.245711 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 263 aa  48.1  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 225 aa  48.1  0.00004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 232 aa  48.1  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>