More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3055 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 151 aa  300  3.0000000000000004e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  52.67 
 
 		 151 aa  162  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  53.68 
 
 		 151 aa  157  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  49.67 
 
 		 151 aa  157  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  48.34 
 
 		 153 aa  135  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  48.34 
 
 		 153 aa  135  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  44 
 
 		 151 aa  127  6e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  46 
 
 		 152 aa  126  8.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  39.02 
 
 		 150 aa  87  7e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  42.62 
 
 		 160 aa  86.3  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0285  cyclic nucleotide-binding protein  41.8 
 
 		 149 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.512507  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  34.93 
 
 		 161 aa  85.1  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0279  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 149 aa  84.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1398  cyclic nucleotide-binding protein  39.74 
 
 		 168 aa  84  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144588  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0441  cyclic nucleotide-binding  38.52 
 
 		 148 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  34.27 
 
 		 155 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4104  cyclic nucleotide-binding protein  36.3 
 
 		 163 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.374225 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  41.8 
 
 		 149 aa  81.6  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1016  cyclic nucleotide-binding protein  38.13 
 
 		 149 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  34.27 
 
 		 155 aa  81.6  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  32.45 
 
 		 164 aa  80.5  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0380  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.02 
 
 		 148 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1664  cyclic nucleotide-binding protein  32.39 
 
 		 159 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.617914 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  33.33 
 
 		 154 aa  76.3  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0178  cyclic nucleotide-binding protein  42.16 
 
 		 138 aa  75.1  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.26 
 
 		 155 aa  72.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  33.07 
 
 		 155 aa  71.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  31.2 
 
 		 147 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  31.03 
 
 		 147 aa  70.1  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  31.25 
 
 		 149 aa  67.8  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  31.25 
 
 		 194 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  29.84 
 
 		 148 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  30.47 
 
 		 149 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  28.23 
 
 		 154 aa  65.5  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  32.23 
 
 		 226 aa  65.9  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  29.84 
 
 		 151 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  25.34 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.99 
 
 		 225 aa  63.5  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.89 
 
 		 231 aa  61.6  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 225 aa  60.5  0.000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.88 
 
 		 230 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.57 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.93 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0230  cyclic nucleotide-binding protein  29.79 
 
 		 150 aa  59.3  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253117  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  27.97 
 
 		 171 aa  58.5  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.31 
 
 		 224 aa  58.2  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 219 aa  58.2  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 225 aa  57.4  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  26.9 
 
 		 225 aa  57  0.00000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1513  cyclic nucleotide-binding protein  27.69 
 
 		 308 aa  56.6  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00604424  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.69 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.52 
 
 		 225 aa  55.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12585  hypothetical protein  35.2 
 
 		 583 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.274213  normal  0.619754 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.52 
 
 		 225 aa  55.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 263 aa  55.1  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.17 
 
 		 225 aa  55.5  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.46 
 
 		 242 aa  53.9  0.0000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 238 aa  53.9  0.0000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30 
 
 		 224 aa  53.9  0.0000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 252 aa  53.5  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 241 aa  53.1  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  25.85 
 
 		 222 aa  53.1  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  27.94 
 
 		 226 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  23.29 
 
 		 225 aa  52.8  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 230 aa  52.8  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.89 
 
 		 228 aa  52.8  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  26.62 
 
 		 449 aa  52.4  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 228 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 246 aa  52.4  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 243 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  26.89 
 
 		 225 aa  52.8  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 		 224 aa  52.4  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.11 
 
 		 223 aa  52  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 229 aa  51.6  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  31.62 
 
 		 215 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0161  cyclic nucleotide-binding protein  36.36 
 
 		 583 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102095  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 241 aa  52  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 236 aa  51.6  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.66 
 
 		 1075 aa  51.6  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2668  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.03 
 
 		 225 aa  51.6  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0967754  hitchhiker  0.000000348595 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 241 aa  51.2  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  25.98 
 
 		 230 aa  50.8  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4086  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.74 
 
 		 209 aa  50.8  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0944516 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.36 
 
 		 234 aa  50.8  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 226 aa  50.8  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1737  cyclic nucleotide-binding protein  30.3 
 
 		 584 aa  50.8  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  26.44 
 
 		 224 aa  50.8  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.74 
 
 		 226 aa  50.8  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0590  cyclic nucleotide-binding protein  34.82 
 
 		 801 aa  50.4  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 228 aa  50.4  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.94 
 
 		 237 aa  50.4  0.000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  30.19 
 
 		 245 aa  49.7  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  23.4 
 
 		 220 aa  49.7  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.45 
 
 		 228 aa  50.1  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 254 aa  49.7  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2636  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 234 aa  50.1  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 225 aa  49.7  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1632  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 250 aa  49.7  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2535  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.57 
 
 		 228 aa  49.7  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>