More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3942 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  100 
 
 
154 aa  312  9.999999999999999e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  50 
 
 
154 aa  155  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  48.32 
 
 
155 aa  153  9e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  47.65 
 
 
155 aa  151  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  49.32 
 
 
154 aa  150  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  38.36 
 
 
147 aa  106  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  36.49 
 
 
148 aa  105  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  36.49 
 
 
151 aa  105  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  38.52 
 
 
149 aa  100  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  37.04 
 
 
149 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  35.92 
 
 
194 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  35.57 
 
 
147 aa  91.3  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  34.65 
 
 
563 aa  82.4  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  28.28 
 
 
153 aa  79.7  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  28.28 
 
 
153 aa  80.1  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  29.41 
 
 
570 aa  79.7  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  33.1 
 
 
164 aa  78.6  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  27.59 
 
 
152 aa  77.8  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 
171 aa  77  0.00000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  32.43 
 
 
161 aa  75.5  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4104  cyclic nucleotide-binding protein  32.21 
 
 
163 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.374225 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  30.77 
 
 
151 aa  73.2  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 
151 aa  73.6  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.61 
 
 
225 aa  68.2  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1016  cyclic nucleotide-binding protein  32.68 
 
 
149 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.58 
 
 
225 aa  67.8  0.00000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
225 aa  67  0.00000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  30.3 
 
 
425 aa  65.5  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.3 
 
 
425 aa  65.5  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  26.24 
 
 
151 aa  65.5  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.57 
 
 
220 aa  64.7  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  29.23 
 
 
286 aa  64.7  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0496  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.25 
 
 
129 aa  64.3  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0380  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.32 
 
 
148 aa  64.7  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  27.89 
 
 
151 aa  64.7  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  25.34 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4030  cyclic nucleotide-binding protein  28.1 
 
 
173 aa  63.5  0.0000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.900362 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
222 aa  63.5  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.37 
 
 
242 aa  63.2  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0441  cyclic nucleotide-binding  30.65 
 
 
148 aa  62.8  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3166  cyclic nucleotide-binding protein  31.51 
 
 
482 aa  63.2  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363184  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.33 
 
 
228 aa  63.5  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  37.5 
 
 
577 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  34.4 
 
 
225 aa  62.4  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  29.45 
 
 
243 aa  62.8  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3443  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 
229 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0279  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.87 
 
 
149 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  31.3 
 
 
225 aa  62  0.000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.85 
 
 
219 aa  62  0.000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000181532  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
224 aa  62  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.99 
 
 
1075 aa  62  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  25.93 
 
 
160 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  31.78 
 
 
224 aa  61.6  0.000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  28.77 
 
 
155 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.61 
 
 
231 aa  60.8  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  28.17 
 
 
160 aa  60.5  0.000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3195  cyclic nucleotide-binding protein  36 
 
 
598 aa  60.5  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.82 
 
 
224 aa  60.1  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  30.89 
 
 
150 aa  59.7  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.62 
 
 
225 aa  60.1  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
219 aa  59.3  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
225 aa  59.3  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  29.73 
 
 
275 aa  59.3  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3398  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.15 
 
 
230 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
224 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.82 
 
 
224 aa  59.3  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.47 
 
 
223 aa  58.5  0.00000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 
503 aa  58.5  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
224 aa  58.5  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  28.67 
 
 
155 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  26.87 
 
 
495 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  29.32 
 
 
226 aa  58.2  0.00000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  22.97 
 
 
222 aa  58.2  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2587  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.78 
 
 
163 aa  58.2  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.658452  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.06 
 
 
228 aa  57.8  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4598  cyclic nucleotide-binding protein  30.88 
 
 
581 aa  57.8  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0649502  normal  0.461096 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2556  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.37 
 
 
198 aa  57.4  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.02 
 
 
146 aa  57.4  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0736  MscS Mechanosensitive ion channel  28.35 
 
 
484 aa  57.4  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0765  MscS Mechanosensitive ion channel  28.35 
 
 
484 aa  57.4  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  33.09 
 
 
413 aa  57.4  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4499  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.83 
 
 
155 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.17 
 
 
149 aa  57  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  29.91 
 
 
472 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  29.41 
 
 
407 aa  56.6  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1664  cyclic nucleotide-binding protein  26.49 
 
 
159 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.617914 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  26.14 
 
 
637 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
224 aa  56.2  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
224 aa  56.2  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  30.09 
 
 
224 aa  55.5  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  31.54 
 
 
228 aa  55.8  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2199  cyclic nucleotide-binding protein  26.35 
 
 
357 aa  56.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  28.37 
 
 
225 aa  55.8  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  22.46 
 
 
141 aa  56.2  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.95 
 
 
225 aa  55.5  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  30.23 
 
 
225 aa  55.8  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  28.91 
 
 
214 aa  55.1  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
224 aa  55.5  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
234 aa  55.1  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1398  cyclic nucleotide-binding protein  32.39 
 
 
168 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144588  normal  0.108065 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>