294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0380 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0380  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 		 148 aa  288  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0441  cyclic nucleotide-binding  90.54 
 
 		 148 aa  270  7e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0279  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  76.87 
 
 		 149 aa  228  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0285  cyclic nucleotide-binding protein  75.68 
 
 		 149 aa  228  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.512507  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  64.86 
 
 		 149 aa  187  4e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  60.81 
 
 		 160 aa  176  8e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0178  cyclic nucleotide-binding protein  62.32 
 
 		 138 aa  168  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  40.88 
 
 		 151 aa  96.3  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.15 
 
 		 151 aa  95.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  37.04 
 
 		 161 aa  85.5  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  39.69 
 
 		 155 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  37.69 
 
 		 155 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4104  cyclic nucleotide-binding protein  38.46 
 
 		 163 aa  84  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.374225 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  39.17 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  35.17 
 
 		 147 aa  79.7  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  39.02 
 
 		 151 aa  78.6  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 151 aa  77.8  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  34.75 
 
 		 151 aa  77.4  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1016  cyclic nucleotide-binding protein  36.97 
 
 		 149 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1398  cyclic nucleotide-binding protein  34.06 
 
 		 168 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144588  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  35.92 
 
 		 164 aa  73.2  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1664  cyclic nucleotide-binding protein  36.72 
 
 		 159 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.617914 
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 153 aa  68.6  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 153 aa  68.6  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0230  cyclic nucleotide-binding protein  30.23 
 
 		 150 aa  68.2  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253117  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  32.09 
 
 		 148 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  33.59 
 
 		 152 aa  66.2  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  31.88 
 
 		 165 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  30.32 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 233 aa  62.8  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  31.34 
 
 		 151 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  35.88 
 
 		 226 aa  62  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.65 
 
 		 155 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13760  hypothetical protein  38.2 
 
 		 1065 aa  62  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.217439 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.8 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  31.85 
 
 		 225 aa  61.2  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  30.65 
 
 		 155 aa  60.5  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.17 
 
 		 234 aa  60.5  0.000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  30 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  30.3 
 
 		 449 aa  59.7  0.00000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  33.61 
 
 		 147 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  30.37 
 
 		 149 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0098  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.43 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.4392599999999995e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  31.11 
 
 		 149 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  29.75 
 
 		 154 aa  60.1  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.54 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  31.11 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  32.31 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_11563  predicted protein  37.21 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.684972  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 246 aa  58.5  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  26.61 
 
 		 230 aa  58.9  0.00000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.22 
 
 		 222 aa  58.5  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.01 
 
 		 219 aa  58.2  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1111  cyclic nucleotide-binding  30.95 
 
 		 729 aa  57.8  0.00000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.804267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 241 aa  57.4  0.00000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  57  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  27.74 
 
 		 220 aa  57  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.78 
 
 		 226 aa  56.6  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  26.17 
 
 		 154 aa  56.6  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.2 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.06 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  27.27 
 
 		 171 aa  56.6  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.68 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 		 570 aa  56.2  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.54 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  31.97 
 
 		 472 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.4 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2455  cyclic nucleotide-binding protein  31.51 
 
 		 594 aa  55.5  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  27.27 
 
 		 222 aa  55.5  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.2 
 
 		 223 aa  55.1  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3195  cyclic nucleotide-binding protein  34.91 
 
 		 598 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.62 
 
 		 227 aa  54.7  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 237 aa  54.7  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  30.08 
 
 		 419 aa  54.7  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2678  cyclic nucleotide-binding protein  37.25 
 
 		 1017 aa  54.7  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0916435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  29.46 
 
 		 407 aa  54.3  0.0000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11692  transcriptional regulator  31.73 
 
 		 244 aa  53.9  0.0000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.476097 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  27.39 
 
 		 563 aa  53.5  0.0000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.51 
 
 		 226 aa  53.5  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 222 aa  53.5  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  30.53 
 
 		 225 aa  53.5  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 263 aa  53.5  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.36 
 
 		 253 aa  52.8  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12585  hypothetical protein  32.58 
 
 		 583 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.274213  normal  0.619754 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 495 aa  52  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  30.48 
 
 		 275 aa  52.8  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 231 aa  51.6  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.9 
 
 		 224 aa  52  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  31.07 
 
 		 225 aa  52  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  33.04 
 
 		 224 aa  52  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.05 
 
 		 225 aa  51.6  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  28.21 
 
 		 225 aa  51.6  0.000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  35.96 
 
 		 266 aa  51.6  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1374  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.32 
 
 		 624 aa  51.6  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.138128  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.67 
 
 		 225 aa  51.2  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.65 
 
 		 224 aa  50.8  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.82 
 
 		 225 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.82 
 
 		 225 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>