More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2678 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3676  cyclic nucleotide-binding protein  49.11 
 
 		 1043 aa  915    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.88824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2678  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 1017 aa  2050    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0916435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7130  ABC transporter related  29.43 
 
 		 904 aa  385  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.444817 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5980  ABC transporter related  29.31 
 
 		 904 aa  382  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4600  ABC transporter related  29.14 
 
 		 903 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.680396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3943  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  29.26 
 
 		 906 aa  353  7e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.292729  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5606  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  27.84 
 
 		 904 aa  343  1e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4404  ABC transporter ATP-binding protein-like protein  30.72 
 
 		 943 aa  339  9.999999999999999e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.467453  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3370  putative multidrug ABC transporter, ATP-binding and permease protein  30.81 
 
 		 882 aa  335  4e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0532146 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2720  hypothetical protein  30.13 
 
 		 962 aa  327  5e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.617854  normal  0.2359 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3250  ABC transporter related  27.29 
 
 		 831 aa  247  8e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0349  ABC transporter related  24.59 
 
 		 828 aa  246  1.9999999999999999e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0722  ATPase  26.4 
 
 		 834 aa  238  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1893  ABC transporter ATP-binding protein  25.21 
 
 		 887 aa  161  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.210446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2552  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  32.24 
 
 		 429 aa  132  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.263362  normal  0.0193136 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6102  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  26.23 
 
 		 357 aa  117  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0139556 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8076  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  27.67 
 
 		 366 aa  116  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0419545  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0719  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  23.8 
 
 		 717 aa  105  3e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00348631  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1748  ABC transporter related  26.03 
 
 		 605 aa  106  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4826  ABC transporter related  24.3 
 
 		 610 aa  103  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.596215 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4444  ABC transporter related  24.3 
 
 		 610 aa  103  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.949596  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4531  ABC transporter related  24.3 
 
 		 610 aa  103  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.319604  normal  0.425635 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5005  ABC transporter-related protein  25.51 
 
 		 606 aa  102  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1275  ABC transporter related protein  22.5 
 
 		 576 aa  100  2e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0534  bacteriocin-processing peptidase  22.34 
 
 		 727 aa  99  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0782715  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1227  ABC transporter related  32.24 
 
 		 619 aa  98.2  7e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.141283  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5937  ABC transporter related  23.42 
 
 		 765 aa  97.4  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268315  normal  0.587315 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0971  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  22 
 
 		 594 aa  97.4  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5649  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  23.36 
 
 		 583 aa  95.1  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2250  ABC transporter, transmembrane region  22.57 
 
 		 634 aa  95.1  6e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.993927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0841  ABC transporter related  22.27 
 
 		 607 aa  95.1  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0100  ABC transporter related  21.75 
 
 		 584 aa  94.7  8e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.995912  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2282  ABC transporter related  23.91 
 
 		 609 aa  94.4  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0495  uncharacterized ABC transporter, ATPase component  20 
 
 		 618 aa  94  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1805  ABC transporter related protein  26.65 
 
 		 596 aa  94.4  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.759471  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09410  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  22.03 
 
 		 721 aa  94  1e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0507  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  19.77 
 
 		 618 aa  93.6  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2346  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  22.45 
 
 		 583 aa  93.2  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.571332  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3822  ABC transporter transmembrane region  24.8 
 
 		 605 aa  92.8  3e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568746  hitchhiker  0.00518822 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2226  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  22.45 
 
 		 593 aa  92.8  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472493  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5296  ABC transporter related  23.43 
 
 		 1522 aa  92  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0203  ABC transporter related  19.85 
 
 		 628 aa  92  5e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000017604  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0649  ABC transporter transmembrane region  22.61 
 
 		 597 aa  92  5e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.564007  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0624  ABC transporter, transmembrane region  22.61 
 
 		 597 aa  91.7  7e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3501  ABC transporter related  22.1 
 
 		 575 aa  91.7  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0632  ABC transporter related  19.62 
 
 		 627 aa  90.9  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000138472  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2527  Type I secretion system ATPase, HlyB  22.14 
 
 		 976 aa  89.7  2e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.76843 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2921  ABC transporter related protein  24.54 
 
 		 636 aa  89.4  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1695  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  22.45 
 
 		 623 aa  89  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.733558  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6252  ABC transporter related  24.81 
 
 		 1436 aa  88.6  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1296  ABC transporter related  23.69 
 
 		 730 aa  88.2  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11298  drug ABC transporter ATP-binding protein  23.04 
 
 		 631 aa  88.2  7e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3812  ABC transporter related protein  26.51 
 
 		 650 aa  88.2  8e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.882245  normal  0.204358 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2307  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  22.45 
 
 		 583 aa  87.8  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2330  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  22.45 
 
 		 593 aa  87.4  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.273025 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3578  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  22.44 
 
 		 1024 aa  87.4  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1554  ABC transporter related  26.46 
 
 		 612 aa  87.4  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.138935  hitchhiker  0.00285078 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0584  ABC transporter transmembrane region  20.41 
 
 		 582 aa  87.4  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.321607  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1885  ABC transporter related protein  20.16 
 
 		 618 aa  87.4  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1224  ATPase  21.37 
 
 		 980 aa  86.7  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.25476  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1905  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  22.56 
 
 		 1000 aa  87  0.000000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0871226  normal  0.242471 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0217  Type I secretion system ATPase, HlyB  21.65 
 
 		 971 aa  85.9  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.349074  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3955  ABC transporter, transmembrane region  24.18 
 
 		 631 aa  86.3  0.000000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.375009  decreased coverage  0.0046772 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00861  ABC transporter, multi drug efflux family protein  21.66 
 
 		 975 aa  86.3  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.02392 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0101  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  25 
 
 		 592 aa  85.9  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2627  ABC transporter related  24.54 
 
 		 592 aa  85.9  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0115  ABC transporter, transmembrane region  23.63 
 
 		 625 aa  85.9  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0807  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  23.45 
 
 		 605 aa  85.9  0.000000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2693  type I secretion system ATPase  26.25 
 
 		 724 aa  85.5  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2316  type I secretion system ATPase  26.25 
 
 		 724 aa  85.5  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0856  ABC transporter related  19.27 
 
 		 626 aa  85.1  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1469  lipid transporter ATP-binding/permease protein  19.82 
 
 		 582 aa  85.1  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3355  ABC transporter transmembrane region  23.13 
 
 		 672 aa  84.7  0.000000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0658  lactococcin g processing and transport ATP-binding protein  22.09 
 
 		 760 aa  85.1  0.000000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.357384  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3786  ABC transporter related  24.24 
 
 		 634 aa  84.7  0.000000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  21.43 
 
 		 592 aa  84.3  0.000000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0647  ABC transporter related  24.87 
 
 		 641 aa  84.7  0.000000000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.356457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3530  ABC transporter, ATP-binding/permease  20.98 
 
 		 590 aa  84.7  0.000000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.672415 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2781  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  20.97 
 
 		 609 aa  84  0.00000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000466613  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2358  ABC transporter related  19.59 
 
 		 619 aa  84  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30570  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  23.54 
 
 		 1257 aa  84.3  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0418  ABC transporter related protein  22.16 
 
 		 600 aa  84  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1526  ABC transporter related  19.95 
 
 		 597 aa  84  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00462588  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0084  bacteriocin-processing peptidase  20.15 
 
 		 715 aa  84.3  0.00000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1500  ABC transporter related protein  19.95 
 
 		 630 aa  84  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000079767  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1403  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  20.96 
 
 		 578 aa  83.6  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  22.3 
 
 		 574 aa  83.2  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0379  ABC transporter related  22.93 
 
 		 653 aa  84  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0834  ABC transporter related  24.23 
 
 		 677 aa  83.6  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.34775  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3941  ABC transporter, transmembrane region  23.92 
 
 		 631 aa  83.6  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  22.3 
 
 		 574 aa  83.2  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2622  ABC transporter transmembrane region  21.57 
 
 		 606 aa  83.2  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.499231  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0858  ABC transporter, transmembrane region  22.57 
 
 		 680 aa  83.6  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.438545  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3801  hypothetical protein  31.03 
 
 		 615 aa  83.2  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4015  ABC transporter, transmembrane region  23.92 
 
 		 631 aa  83.6  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1091  ABC transporter related  21.59 
 
 		 870 aa  83.2  0.00000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0117  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  22.87 
 
 		 1006 aa  82.8  0.00000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.152098  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0985  ABC transporter, transmembrane region  19.04 
 
 		 636 aa  82.8  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0082  ATPase  22.38 
 
 		 582 aa  82.8  0.00000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2311  ABC transporter related  19.95 
 
 		 695 aa  82.4  0.00000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.28541  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>