More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1878 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
275 aa  555  1e-157  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.41 
 
 
228 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.67 
 
 
230 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.29 
 
 
226 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0496  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.19 
 
 
129 aa  75.1  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
226 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  32.5 
 
 
226 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  33.33 
 
 
220 aa  73.6  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  31.67 
 
 
419 aa  72.8  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.7 
 
 
425 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  42.7 
 
 
425 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.76 
 
 
253 aa  71.6  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
225 aa  70.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34 
 
 
225 aa  70.5  0.00000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4598  cyclic nucleotide-binding protein  35.85 
 
 
414 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  32.74 
 
 
224 aa  70.1  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.58 
 
 
231 aa  68.6  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1814  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.33 
 
 
242 aa  68.6  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.245711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  33.06 
 
 
243 aa  67.8  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  30.77 
 
 
225 aa  67.4  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
229 aa  67  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40 
 
 
225 aa  67  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3615  cyclic nucleotide-binding protein  32.08 
 
 
412 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  29.2 
 
 
563 aa  66.6  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5468  cyclic nucleotide-binding protein  32.08 
 
 
427 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.907492  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  40 
 
 
225 aa  66.6  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2360  cyclic nucleotide-binding protein  32.08 
 
 
414 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.394999  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.88 
 
 
263 aa  66.2  0.0000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1377  cyclic nucleotide-binding protein  33.96 
 
 
411 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.826586 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4631  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 
416 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0942105  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4541  cyclic nucleotide-binding protein  32.79 
 
 
426 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5000  cyclic nucleotide-binding protein  33.02 
 
 
413 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.990165 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3733  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 
416 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0188297 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3788  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 
416 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32626  normal  0.0241309 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.59 
 
 
224 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.19 
 
 
243 aa  63.5  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
222 aa  63.9  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1513  cyclic nucleotide-binding protein  31.93 
 
 
308 aa  63.9  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00604424  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  25 
 
 
322 aa  62.8  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.41 
 
 
215 aa  63.2  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  28.15 
 
 
214 aa  62.8  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4460  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.04 
 
 
171 aa  62.8  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  28.24 
 
 
286 aa  62.8  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.74 
 
 
246 aa  62.4  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.69 
 
 
503 aa  62.4  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  33.98 
 
 
147 aa  62.8  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  29.46 
 
 
157 aa  62.4  0.000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
224 aa  62.4  0.000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  30 
 
 
215 aa  62.4  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6433  cyclic nucleotide-regulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  25.69 
 
 
561 aa  62  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.751963 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.23 
 
 
226 aa  62  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  30 
 
 
215 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_49634  predicted protein  34.51 
 
 
621 aa  60.8  0.00000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.387641  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2199  cyclic nucleotide-binding protein  30.7 
 
 
357 aa  61.2  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63653  Leucine rich repeat protein, contains F-box  28.93 
 
 
868 aa  60.8  0.00000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.422768  normal  0.952681 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  34 
 
 
160 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1802  cyclic nucleotide-binding protein  26.9 
 
 
876 aa  60.8  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.668239  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.38 
 
 
146 aa  60.5  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  26.72 
 
 
225 aa  60.5  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  33.64 
 
 
495 aa  60.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30.65 
 
 
224 aa  60.5  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4265  cyclic nucleotide-regulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  27.74 
 
 
567 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
222 aa  60.1  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  34.82 
 
 
151 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  29.91 
 
 
226 aa  59.7  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1866  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.67 
 
 
182 aa  59.7  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
254 aa  59.7  0.00000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.58 
 
 
225 aa  59.7  0.00000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  46.15 
 
 
224 aa  59.3  0.00000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  29.73 
 
 
154 aa  59.3  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13268  transmembrane transport protein  31.37 
 
 
1048 aa  59.3  0.00000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.321047 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  26.79 
 
 
171 aa  59.3  0.00000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.59 
 
 
224 aa  59.3  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.28 
 
 
225 aa  59.3  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3761  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.21 
 
 
227 aa  58.9  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0509841  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  35.24 
 
 
449 aa  58.9  0.00000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
225 aa  58.9  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33 
 
 
220 aa  58.9  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  30.33 
 
 
226 aa  58.9  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.66 
 
 
222 aa  58.9  0.00000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  32.69 
 
 
225 aa  58.9  0.00000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.91 
 
 
141 aa  58.2  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0144  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.57 
 
 
227 aa  58.2  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.993696  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
228 aa  58.2  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
228 aa  58.5  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.65 
 
 
222 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  30.07 
 
 
225 aa  58.2  0.0000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  30.47 
 
 
637 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  28.04 
 
 
407 aa  58.2  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  42.31 
 
 
224 aa  58.5  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  31.78 
 
 
512 aa  57.8  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6804  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.16 
 
 
238 aa  57.8  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.743669  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1117  patatin  31.58 
 
 
621 aa  57.8  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  36.27 
 
 
147 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 
242 aa  57.8  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31 
 
 
228 aa  57.8  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0161  cyclic nucleotide-binding protein  32.56 
 
 
161 aa  57.8  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.35 
 
 
1075 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0098  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.01 
 
 
211 aa  57.8  0.0000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.4392599999999995e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  34.82 
 
 
148 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>