122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4499 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4499  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 		 155 aa  311  9.999999999999999e-85  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1016  cyclic nucleotide-binding protein  56.76 
 
 		 156 aa  172  9.999999999999999e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458369 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2587  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  54.93 
 
 		 163 aa  169  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.658452  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2663  cyclic nucleotide-binding protein  48.57 
 
 		 156 aa  150  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04370  cyclic nucleotide-binding protein, hydrogenase accessory protein, HoxI  51.66 
 
 		 152 aa  148  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339125  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0504  cyclic nucleotide-binding protein  45.03 
 
 		 152 aa  143  9e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.336874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1135  cyclic nucleotide-binding protein  40.14 
 
 		 158 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0214278  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1505  cyclic nucleotide-binding protein  36.3 
 
 		 156 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.331572  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1182  cyclic nucleotide-binding protein  35.62 
 
 		 157 aa  102  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal  0.0489363 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3434  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.44 
 
 		 160 aa  102  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.748195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3652  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.41 
 
 		 153 aa  88.2  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.0096364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  30.83 
 
 		 154 aa  56.6  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.13 
 
 		 236 aa  55.5  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.13 
 
 		 236 aa  54.7  0.0000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.29 
 
 		 231 aa  53.9  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1532  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.23 
 
 		 141 aa  52.8  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.31549 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4460  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.26 
 
 		 171 aa  52.8  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  31.01 
 
 		 153 aa  51.6  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.41 
 
 		 226 aa  51.2  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  30.23 
 
 		 153 aa  50.8  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  26.92 
 
 		 413 aa  50.4  0.000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0916  cAMP-dependent protein - catabolite gene activator and regulatory subunit  28.36 
 
 		 152 aa  50.1  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5778  cyclic nucleotide-binding protein  34.78 
 
 		 353 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.714206 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.14 
 
 		 236 aa  49.7  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.14 
 
 		 236 aa  49.3  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 310 aa  48.9  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1016  cyclic nucleotide-binding protein  33.96 
 
 		 149 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.15 
 
 		 225 aa  48.9  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 		 224 aa  49.7  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  27.91 
 
 		 152 aa  48.5  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 254 aa  48.5  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 224 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1342  cyclic nucleotide-binding  37.21 
 
 		 731 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0631571 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.05 
 
 		 224 aa  47.8  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 224 aa  47.8  0.00006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 224 aa  47.8  0.00006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 224 aa  47.8  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0595  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 228 aa  47.4  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.130469  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1996  cAMP-binding protein  37.04 
 
 		 1002 aa  47  0.00009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  32.5 
 
 		 275 aa  47  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1926  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.14 
 
 		 168 aa  46.6  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1377  cyclic nucleotide-binding protein  31.43 
 
 		 411 aa  46.2  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.826586 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 224 aa  47  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 224 aa  47  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  26.89 
 
 		 224 aa  46.6  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3539  cyclic nucleotide-binding protein  24.63 
 
 		 857 aa  46.6  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0290793  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.93 
 
 		 226 aa  47  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.2 
 
 		 239 aa  47  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0306  cyclic nucleotide-binding protein  27.52 
 
 		 166 aa  45.8  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  27.56 
 
 		 155 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0432  cyclic nucleotide-binding protein  26.67 
 
 		 860 aa  45.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  31.16 
 
 		 155 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.19 
 
 		 231 aa  45.8  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  26.89 
 
 		 224 aa  46.2  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.35 
 
 		 222 aa  45.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  24.66 
 
 		 171 aa  45.4  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 226 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3727  cyclic nucleotide-binding protein  28.86 
 
 		 167 aa  45.1  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00887093 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.76 
 
 		 225 aa  45.1  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 224 aa  44.7  0.0005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1987  regulatory subunit of cAMP-dependent protein kinases-like  38.24 
 
 		 236 aa  44.7  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4187  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.53 
 
 		 254 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.338954  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3466  regulator of Biofilm formation Fnr Family  28.03 
 
 		 235 aa  44.7  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 227 aa  44.3  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13268  transmembrane transport protein  30.83 
 
 		 1048 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.321047 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6433  cyclic nucleotide-regulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.84 
 
 		 561 aa  44.3  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.751963 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3673  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.53 
 
 		 254 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_49634  predicted protein  32.31 
 
 		 621 aa  43.9  0.0009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.387641  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 248 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 226 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  23.29 
 
 		 230 aa  43.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  29.27 
 
 		 225 aa  43.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3166  cyclic nucleotide-binding protein  30 
 
 		 482 aa  43.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3398  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 230 aa  43.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 225 aa  43.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3348  cyclic nucleotide-binding  24.53 
 
 		 254 aa  43.5  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.181039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1454  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 252 aa  43.5  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4598  cyclic nucleotide-binding protein  30.48 
 
 		 414 aa  43.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  33.93 
 
 		 150 aa  43.5  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.05 
 
 		 224 aa  43.5  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  26.19 
 
 		 245 aa  43.1  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5062  cyclic nucleotide-binding  28.08 
 
 		 254 aa  42.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.319018  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.21 
 
 		 242 aa  42.7  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.28 
 
 		 226 aa  42.4  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  26.57 
 
 		 223 aa  42.4  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1984  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 230 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.513682  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 226 aa  42.4  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1358  Ion transport protein  31.11 
 
 		 419 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.47 
 
 		 225 aa  42  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32 
 
 		 503 aa  41.6  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 231 aa  41.6  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1773  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 263 aa  41.6  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0590  cyclic nucleotide-binding protein  35.62 
 
 		 801 aa  41.6  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 257 aa  41.6  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3141  cyclic nucleotide-binding protein  28.68 
 
 		 249 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0400922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2368  catabolite gene activator  26.55 
 
 		 231 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1958  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 230 aa  41.2  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0304498  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1936  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 230 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.308171  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 230 aa  41.6  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>