134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3025 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_3025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 247 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2888  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  97.98 
 
 		 247 aa  347  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.5 
 
 		 267 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.5 
 
 		 267 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6327  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.66 
 
 		 247 aa  330  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.527334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.09 
 
 		 247 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.02 
 
 		 247 aa  265  4e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0521  hypothetical protein  70.78 
 
 		 311 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.623468  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0329  hypothetical protein  70.78 
 
 		 293 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0342  hypothetical protein  70.78 
 
 		 293 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00283447  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0292  hypothetical protein  69.86 
 
 		 318 aa  228  6e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3383  hypothetical protein  70.78 
 
 		 316 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00000331188  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3056  hypothetical protein  70.78 
 
 		 298 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.741857  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2037  hypothetical protein  70.78 
 
 		 293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2247  hypothetical protein  70.78 
 
 		 293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3732  short chain dehydrogenase  49.81 
 
 		 272 aa  189  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00386128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2894  short chain dehydrogenase  46.49 
 
 		 276 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0656517 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0204  short chain dehydrogenase  47.96 
 
 		 272 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0156  short chain dehydrogenase  45.35 
 
 		 267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0049  short chain dehydrogenase  43.3 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0046  short chain dehydrogenase  43.41 
 
 		 272 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0225  short chain dehydrogenase  42.58 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839345  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0182  short chain dehydrogenase  41.5 
 
 		 266 aa  132  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2858  short chain dehydrogenase  35.47 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.301146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2218  short chain dehydrogenase  33.07 
 
 		 268 aa  103  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.43112  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1995  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 		 273 aa  101  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1075  short chain dehydrogenase  34.58 
 
 		 266 aa  99.4  4e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2736  short chain dehydrogenase  34.58 
 
 		 257 aa  99  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.654094  normal  0.0783581 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4344  short chain dehydrogenase  34.32 
 
 		 250 aa  94.4  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  31.22 
 
 		 256 aa  92.4  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 		 290 aa  91.3  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.98 
 
 		 256 aa  91.3  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2521  short chain dehydrogenase  33.99 
 
 		 258 aa  89.7  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1233  short chain dehydrogenase  30.68 
 
 		 255 aa  89.4  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320103  hitchhiker  0.0000168053 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0643  short chain dehydrogenase  32.16 
 
 		 263 aa  88.6  9e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 		 270 aa  87.8  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000861363 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 		 262 aa  88.2  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 		 261 aa  87.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.27 
 
 		 255 aa  86.7  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0742579  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2912  short chain dehydrogenase  30.43 
 
 		 261 aa  85.9  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.07408 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 		 273 aa  85.9  6e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195877 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  29.48 
 
 		 255 aa  85.5  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2311  short chain dehydrogenase  32.78 
 
 		 256 aa  84.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0239566 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  28.11 
 
 		 264 aa  80.1  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.03 
 
 		 252 aa  78.2  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.981045  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.538738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 		 264 aa  74.7  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.501804 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1559  dehydrogenase  25.67 
 
 		 259 aa  73.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.639568  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.57 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 		 255 aa  73.2  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0552  putative oxidoreductase protein  33.73 
 
 		 259 aa  73.2  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.404038 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0496  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 		 261 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0473977 
 
 
-
 
NC_004310  BR0700  short chain dehydrogenase  27.09 
 
 		 251 aa  67.4  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.73 
 
 		 264 aa  67.8  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0691  short chain dehydrogenase  26.16 
 
 		 331 aa  67  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.57593  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0783  short chain dehydrogenase  28.46 
 
 		 254 aa  65.9  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.36858  normal  0.0521945 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  27.48 
 
 		 249 aa  65.5  0.0000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3920  short chain dehydrogenase  30.59 
 
 		 257 aa  64.3  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.92 
 
 		 237 aa  64.3  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.6 
 
 		 263 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.59 
 
 		 253 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.62 
 
 		 248 aa  63.5  0.000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.6 
 
 		 267 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1548  pteridine reductase 1  31.6 
 
 		 267 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.888486  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.97 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.435519  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1195  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.6 
 
 		 267 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.350594  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1479  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.6 
 
 		 267 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0063  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.6 
 
 		 267 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.233488  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0052  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.6 
 
 		 267 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.36 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0415559 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0050  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.17 
 
 		 267 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1710  Dehydrogenase-like protein  30.5 
 
 		 251 aa  57.4  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 		 247 aa  57  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.42 
 
 		 245 aa  54.7  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 		 233 aa  52.8  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.85 
 
 		 267 aa  52.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0548217  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.43 
 
 		 267 aa  52.8  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.85 
 
 		 267 aa  52.8  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214741  normal  0.199786 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2697  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  30.08 
 
 		 247 aa  52  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.35 
 
 		 267 aa  52  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.39 
 
 		 264 aa  51.6  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.74 
 
 		 254 aa  50.8  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.818797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 		 233 aa  51.2  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.48 
 
 		 246 aa  50.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3561  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 		 233 aa  50.1  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.888825  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.87 
 
 		 267 aa  50.4  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.616892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.94 
 
 		 267 aa  50.4  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 		 242 aa  49.7  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1674  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.01 
 
 		 254 aa  48.1  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.05 
 
 		 248 aa  47.4  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.715574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.1 
 
 		 246 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.41824  normal  0.505447 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3476  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.97 
 
 		 257 aa  47.4  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.746633  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1577  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.54 
 
 		 262 aa  47  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.839848  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.24 
 
 		 248 aa  47  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  30.31 
 
 		 245 aa  46.6  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 		 261 aa  45.8  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.41 
 
 		 288 aa  45.4  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.24 
 
 		 261 aa  45.4  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  27.24 
 
 		 261 aa  45.4  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>