150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2888 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2888  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
247 aa  455  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  97.98 
 
 
247 aa  360  1e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.69 
 
 
267 aa  332  4e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.69 
 
 
267 aa  332  4e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6327  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.85 
 
 
247 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.527334  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.28 
 
 
247 aa  319  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  84.62 
 
 
247 aa  262  4e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0521  hypothetical protein  70.32 
 
 
311 aa  231  9e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.623468  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0329  hypothetical protein  70.32 
 
 
293 aa  230  1e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0342  hypothetical protein  70.32 
 
 
293 aa  230  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00283447  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0292  hypothetical protein  69.41 
 
 
318 aa  228  8e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3383  hypothetical protein  70.32 
 
 
316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00000331188  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3056  hypothetical protein  70.32 
 
 
298 aa  215  4e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.741857  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2037  hypothetical protein  70.32 
 
 
293 aa  215  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2247  hypothetical protein  70.32 
 
 
293 aa  215  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3732  short chain dehydrogenase  49.81 
 
 
272 aa  190  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00386128  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2894  short chain dehydrogenase  46.86 
 
 
276 aa  186  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0656517 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0204  short chain dehydrogenase  47.96 
 
 
272 aa  178  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0156  short chain dehydrogenase  45.35 
 
 
267 aa  149  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0049  short chain dehydrogenase  43.3 
 
 
272 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0046  short chain dehydrogenase  43.41 
 
 
272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0225  short chain dehydrogenase  42.97 
 
 
277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839345  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0182  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
266 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2858  short chain dehydrogenase  34.72 
 
 
286 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.301146  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2218  short chain dehydrogenase  33.07 
 
 
268 aa  103  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.43112  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1995  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.94 
 
 
273 aa  103  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1075  short chain dehydrogenase  33.75 
 
 
266 aa  97.1  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2736  short chain dehydrogenase  33.75 
 
 
257 aa  96.3  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.654094  normal  0.0783581 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  31.65 
 
 
256 aa  94.7  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4344  short chain dehydrogenase  33.19 
 
 
250 aa  94  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
290 aa  93.6  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
262 aa  91.3  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2521  short chain dehydrogenase  33.99 
 
 
258 aa  91.3  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.91 
 
 
261 aa  91.3  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1233  short chain dehydrogenase  31.08 
 
 
255 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320103  hitchhiker  0.0000168053 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
270 aa  90.9  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000861363 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  30.28 
 
 
255 aa  89  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.13 
 
 
256 aa  89  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.27 
 
 
255 aa  88.2  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0742579  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0643  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 
263 aa  88.2  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2311  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
256 aa  87.4  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0239566 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
273 aa  87  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.195877 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2912  short chain dehydrogenase  30.43 
 
 
261 aa  85.5  7e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.07408 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  28.11 
 
 
264 aa  81.3  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 
252 aa  80.1  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.981045  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.64 
 
 
253 aa  79.7  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.538738  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
255 aa  77.4  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
255 aa  77  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41021  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1559  dehydrogenase  26.72 
 
 
259 aa  74.7  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.639568  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.501804 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0552  putative oxidoreductase protein  33.33 
 
 
259 aa  72.8  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.404038 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.5 
 
 
264 aa  71.2  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0496  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
261 aa  70.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0473977 
 
 
-
 
NC_004310  BR0700  short chain dehydrogenase  27.09 
 
 
251 aa  68.9  0.00000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0691  short chain dehydrogenase  26.16 
 
 
331 aa  68.2  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.57593  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0783  short chain dehydrogenase  28.46 
 
 
254 aa  68.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.36858  normal  0.0521945 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
254 aa  67.4  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.98 
 
 
253 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16282  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.79 
 
 
258 aa  65.5  0.0000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0415559 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.37 
 
 
258 aa  65.1  0.0000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.435519  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3920  short chain dehydrogenase  30.98 
 
 
257 aa  65.1  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.62 
 
 
248 aa  64.7  0.000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  27.48 
 
 
249 aa  65.1  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.1 
 
 
237 aa  63.5  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.17 
 
 
263 aa  62  0.000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.17 
 
 
267 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1548  pteridine reductase 1  31.17 
 
 
267 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.888486  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1195  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.17 
 
 
267 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.350594  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1479  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.17 
 
 
267 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0063  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.17 
 
 
267 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.233488  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0052  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.17 
 
 
267 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.95 
 
 
247 aa  58.9  0.00000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0050  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.74 
 
 
267 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
233 aa  55.8  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.29 
 
 
245 aa  55.8  0.0000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2697  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  30.47 
 
 
247 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.35 
 
 
267 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0548217  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.35 
 
 
267 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214741  normal  0.199786 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.92 
 
 
267 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53578  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
233 aa  54.3  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1710  Dehydrogenase-like protein  29.08 
 
 
251 aa  53.9  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.85 
 
 
267 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3561  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
233 aa  53.1  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.888825  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.43 
 
 
267 aa  53.1  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.38 
 
 
267 aa  52.8  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.616892  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.39 
 
 
264 aa  52  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.99 
 
 
242 aa  52.4  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.95 
 
 
254 aa  52  0.000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.818797  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.54 
 
 
248 aa  50.4  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.715574  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  21.24 
 
 
252 aa  50.1  0.00003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.184681  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 
270 aa  49.7  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.374056  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 
261 aa  48.9  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.1 
 
 
246 aa  48.9  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3476  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.24 
 
 
257 aa  48.5  0.00009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.746633  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.61 
 
 
248 aa  48.5  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1577  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.54 
 
 
262 aa  47.4  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.839848  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  30.71 
 
 
245 aa  47.4  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1674  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.01 
 
 
254 aa  47.4  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.19 
 
 
288 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3759  oxidoreductase  27.54 
 
 
257 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.108381  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>