More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4337 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4337  geranyltranstransferase  100 
 
 		 283 aa  556  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.715875  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4157  Polyprenyl synthetase  76.68 
 
 		 304 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3829  Polyprenyl synthetase  75.27 
 
 		 304 aa  358  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3122  polyprenyl synthetase  75.27 
 
 		 304 aa  358  6e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1777  geranyltranstransferase  70.21 
 
 		 304 aa  357  9.999999999999999e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.66005  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1712  geranyltranstransferase  70.21 
 
 		 304 aa  355  2.9999999999999997e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1126  polyprenyl synthetase  69.86 
 
 		 304 aa  354  1e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3429  farnesyl-diphosphate synthase  70.32 
 
 		 305 aa  308  8e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0120  polyprenyl synthetase  55.32 
 
 		 300 aa  297  1e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7621  farnesyl-diphosphate synthase  55.24 
 
 		 307 aa  277  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0290776  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0623  polyprenyl synthetase  54.74 
 
 		 308 aa  277  1e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.226314  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7389  Polyprenyl synthetase  57.45 
 
 		 337 aa  277  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0516  polyprenyl synthetase  54.04 
 
 		 308 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.472432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0818  Polyprenyl synthetase  55.75 
 
 		 309 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.238069 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0313  polyprenyl synthetase  53.68 
 
 		 321 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0495  polyprenyl synthetase  55.79 
 
 		 308 aa  271  1e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0525  Polyprenyl synthetase  54.74 
 
 		 308 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0423  polyprenyl synthetase  54.9 
 
 		 310 aa  270  2.9999999999999997e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.175484 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0497  polyprenyl synthetase  54.04 
 
 		 308 aa  262  4e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.385542  normal  0.0104009 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6645  polyprenyl synthetase  60.36 
 
 		 290 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0105803 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0205  polyprenyl synthetase  58.39 
 
 		 308 aa  256  3e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0937506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2529  polyprenyl synthetase  56.64 
 
 		 320 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2752  Polyprenyl synthetase  56.64 
 
 		 320 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.882711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  51.67 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0612  polyprenyl synthetase  56.25 
 
 		 323 aa  242  5e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2457  Polyprenyl synthetase  56.64 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  0.426331 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2253  farnesyl-diphosphate synthase  47.35 
 
 		 303 aa  230  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0847122  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3432  farnesyl-diphosphate synthase  46.84 
 
 		 315 aa  223  2e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1198  polyprenyl synthetase  50.89 
 
 		 301 aa  219  6e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.805389  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  45.49 
 
 		 294 aa  218  7e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  44.49 
 
 		 293 aa  216  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  45.25 
 
 		 293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0780  polyprenyl synthetase  54.23 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.175929  normal  0.724613 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  41.99 
 
 		 293 aa  216  4e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  47.64 
 
 		 291 aa  215  7e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  41.18 
 
 		 307 aa  215  8e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  50.19 
 
 		 293 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  47.27 
 
 		 291 aa  214  9.999999999999999e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  44.49 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  45.63 
 
 		 293 aa  212  7e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  43.73 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  43.73 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  43.73 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  43.73 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  43.73 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  43.89 
 
 		 293 aa  211  2e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0848  farnesyl-diphosphate synthase  47.35 
 
 		 295 aa  209  4e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.840697  normal  0.407344 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0156  Polyprenyl synthetase  44.69 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0152  Polyprenyl synthetase  44.69 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00117274  hitchhiker  0.00332618 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  41.57 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1500  polyprenyl synthetase  45.22 
 
 		 327 aa  204  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  45.11 
 
 		 292 aa  203  2e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  46.32 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  47.15 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1916  Polyprenyl synthetase  39.85 
 
 		 294 aa  202  4e-51  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  42.96 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  42.97 
 
 		 296 aa  202  6e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  41.95 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0088  Polyprenyl synthetase  46.81 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0102091  normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  46.21 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  45.15 
 
 		 306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1746  farnesyl-diphosphate synthase  44.19 
 
 		 306 aa  200  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3315  polyprenyl synthetase  48.87 
 
 		 294 aa  198  7.999999999999999e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  45.96 
 
 		 293 aa  198  9e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  38.99 
 
 		 297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2632  farnesyl-diphosphate synthase  45.38 
 
 		 297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  44.19 
 
 		 294 aa  196  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2439  Polyprenyl synthetase  40.81 
 
 		 290 aa  196  3e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.097508  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01897  polyprenyl synthetase  47.74 
 
 		 291 aa  195  6e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.862425  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  45.59 
 
 		 293 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2791  polyprenyl synthetase  51.91 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0405242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_19000  farnesyltranstransferase  40.98 
 
 		 337 aa  194  1e-48  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.916261  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1538  polyprenyl synthetase  39.03 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000356422  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  46.07 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1570  Polyprenyl synthetase  48.85 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1775  Polyprenyl synthetase  44.84 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0714998  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4173  farnesyl-diphosphate synthase  38.46 
 
 		 316 aa  192  6e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  normal  0.522672 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2730  farnesyl-diphosphate synthase  45.25 
 
 		 293 aa  192  7e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244683  normal  0.486115 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3372  polyprenyl synthetase  45.11 
 
 		 298 aa  191  8e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0399  polyprenyl synthetase  50.19 
 
 		 287 aa  191  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0776  farnesyl-diphosphate synthase  43.49 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.10408 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2194  polyprenyl synthetase  51.33 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1135  farnesyl-diphosphate synthase  53.05 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.129882  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2796  polyprenyl synthetase  52.67 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  38.97 
 
 		 294 aa  190  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2803  farnesyl-diphosphate synthase  44.87 
 
 		 293 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.141503  normal  0.75892 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0022  farnesyl-diphosphate synthase  53.03 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0972  Polyprenyl synthetase  40.73 
 
 		 320 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.23311  normal  0.31243 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  40.38 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2704  farnesyl-diphosphate synthase  39.42 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000153186  normal  0.671867 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2900  farnesyl-diphosphate synthase  44.87 
 
 		 293 aa  189  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0370775  hitchhiker  0.000852283 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  46.04 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  46.04 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  46.04 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  40.75 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  45.66 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  41.1 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  45.66 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  45.66 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0098  farnesyl-diphosphate synthase  50.37 
 
 		 285 aa  187  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>