More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0399 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0399  polyprenyl synthetase  100 
 
 		 287 aa  569  1e-161  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2791  polyprenyl synthetase  60.42 
 
 		 289 aa  296  3e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0405242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2796  polyprenyl synthetase  59.01 
 
 		 289 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1135  farnesyl-diphosphate synthase  58.3 
 
 		 289 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.129882  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3295  geranyltranstransferase  58.99 
 
 		 291 aa  251  7e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  50.53 
 
 		 305 aa  247  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0089  farnesyl-diphosphate synthase  53.19 
 
 		 288 aa  239  2.9999999999999997e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.930006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2921  farnesyl-diphosphate synthase  56.39 
 
 		 287 aa  229  4e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.766951 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  46.64 
 
 		 299 aa  229  5e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2253  farnesyl-diphosphate synthase  48.9 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0847122  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0088  Polyprenyl synthetase  48.26 
 
 		 311 aa  224  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0102091  normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  45.83 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  45.83 
 
 		 293 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  45.83 
 
 		 293 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  44.78 
 
 		 294 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  45.83 
 
 		 293 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0497  polyprenyl synthetase  49.25 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.385542  normal  0.0104009 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  48.78 
 
 		 292 aa  217  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0313  polyprenyl synthetase  47.74 
 
 		 321 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  47.73 
 
 		 295 aa  216  2.9999999999999998e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7389  Polyprenyl synthetase  49.25 
 
 		 337 aa  215  7e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  45.08 
 
 		 293 aa  215  7e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0525  Polyprenyl synthetase  49.06 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0516  polyprenyl synthetase  47.37 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.472432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  45.69 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0623  polyprenyl synthetase  47.37 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.226314  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  45.08 
 
 		 293 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1198  polyprenyl synthetase  53.31 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.805389  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0120  polyprenyl synthetase  43.64 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0848  farnesyl-diphosphate synthase  47.08 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.840697  normal  0.407344 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7621  farnesyl-diphosphate synthase  43.58 
 
 		 307 aa  209  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0290776  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0495  polyprenyl synthetase  44.22 
 
 		 308 aa  209  4e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0818  Polyprenyl synthetase  46.82 
 
 		 309 aa  209  5e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.238069 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  45.49 
 
 		 293 aa  209  5e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  44.73 
 
 		 295 aa  207  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  44.32 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0525  geranyltranstransferase  46.46 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0470  geranyltranstransferase  46.46 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2194  polyprenyl synthetase  51.22 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0464  geranyltranstransferase  46.46 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0462  geranyltranstransferase  46.46 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0423  polyprenyl synthetase  46.28 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.175484 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0483  geranyltranstransferase  46.46 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.351097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  42.32 
 
 		 293 aa  206  4e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0492  geranyltranstransferase  46.64 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1538  polyprenyl synthetase  42.64 
 
 		 294 aa  206  5e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000356422  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0452  geranyltranstransferase  46.64 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00369  geranyltranstransferase  46.64 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3188  Polyprenyl synthetase  46.64 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.574686  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  42.51 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0457  geranyltranstransferase  46.64 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.914114 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0831  farnesyl-diphosphate synthase  42.59 
 
 		 295 aa  205  7e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000171972  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00373  hypothetical protein  46.64 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0342  geranyltranstransferase  46.64 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1777  geranyltranstransferase  49.83 
 
 		 304 aa  204  9e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.66005  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0413  geranyltranstransferase  42.18 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.058519  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  45.14 
 
 		 297 aa  204  1e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1712  geranyltranstransferase  49.83 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1456  farnesyl-diphosphate synthase  47.91 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.292762  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  41.44 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  46.39 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0504  geranyltranstransferase  46.31 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  45.25 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2632  farnesyl-diphosphate synthase  45.92 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  44 
 
 		 295 aa  203  3e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  45.15 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1126  polyprenyl synthetase  49.49 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0780  polyprenyl synthetase  50.35 
 
 		 302 aa  202  4e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.175929  normal  0.724613 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  42.16 
 
 		 299 aa  202  6e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  42.16 
 
 		 293 aa  202  6e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  47.53 
 
 		 291 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0250  Polyprenyl synthetase  47.86 
 
 		 297 aa  199  3e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1031  geranyltranstransferase  47.9 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1663  polyprenyl synthetase  44.84 
 
 		 295 aa  198  7.999999999999999e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.746907  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2755  farnesyl-diphosphate synthase  46.97 
 
 		 299 aa  198  7.999999999999999e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3280  geranyltranstransferase  47.9 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0152  Polyprenyl synthetase  41.07 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00117274  hitchhiker  0.00332618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0156  Polyprenyl synthetase  41.07 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  45.28 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3111  geranyltranstransferase  46.58 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3252  geranyltranstransferase  46.58 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  43.87 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  46.77 
 
 		 291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  41.11 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3084  geranyltranstransferase  47.04 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2437  polyprenyl synthetase  45.3 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  42.48 
 
 		 297 aa  196  3e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  41.34 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  40.62 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1678  Polyprenyl synthetase  45.55 
 
 		 309 aa  196  3e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.252653  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  41.87 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3073  geranyltranstransferase  46.58 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3432  farnesyl-diphosphate synthase  43.53 
 
 		 315 aa  196  4.0000000000000005e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  41.52 
 
 		 299 aa  196  5.000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  41.58 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  45.42 
 
 		 294 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  45.42 
 
 		 294 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  46.13 
 
 		 294 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0274  geranyltranstransferase  37.84 
 
 		 304 aa  195  8.000000000000001e-49  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  45.42 
 
 		 294 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>