More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E0342 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00369  geranyltranstransferase  100 
 
 		 299 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3188  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 299 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.574686  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  99.67 
 
 		 299 aa  601  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0457  geranyltranstransferase  100 
 
 		 299 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.914114 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0452  geranyltranstransferase  99.67 
 
 		 299 aa  601  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00373  hypothetical protein  100 
 
 		 299 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0492  geranyltranstransferase  99.67 
 
 		 299 aa  601  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0342  geranyltranstransferase  100 
 
 		 299 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0504  geranyltranstransferase  99.33 
 
 		 299 aa  599  1e-170  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0470  geranyltranstransferase  90.3 
 
 		 299 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0525  geranyltranstransferase  90.3 
 
 		 299 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0483  geranyltranstransferase  90.3 
 
 		 299 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.351097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0462  geranyltranstransferase  90.3 
 
 		 299 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0464  geranyltranstransferase  90.3 
 
 		 299 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0888  geranyltranstransferase  84.95 
 
 		 299 aa  495  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1031  geranyltranstransferase  72.43 
 
 		 303 aa  419  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3280  geranyltranstransferase  72.09 
 
 		 303 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3252  geranyltranstransferase  72.58 
 
 		 306 aa  414  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3073  geranyltranstransferase  72.24 
 
 		 306 aa  412  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3111  geranyltranstransferase  72.58 
 
 		 306 aa  414  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3084  geranyltranstransferase  72.19 
 
 		 303 aa  413  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2893  geranyltranstransferase  69.77 
 
 		 303 aa  402  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1079  geranyltranstransferase  71.38 
 
 		 306 aa  396  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871553 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  58.31 
 
 		 294 aa  351  8.999999999999999e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0413  geranyltranstransferase  59.04 
 
 		 294 aa  349  3e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.058519  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  55.89 
 
 		 298 aa  330  2e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01174  geranyltranstransferase  60.22 
 
 		 294 aa  319  3e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  54.21 
 
 		 299 aa  291  1e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  54.55 
 
 		 306 aa  284  1.0000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  56.49 
 
 		 293 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  56.49 
 
 		 293 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  56.49 
 
 		 293 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  56.49 
 
 		 293 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2037  polyprenyl synthetase  51.35 
 
 		 296 aa  282  6.000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  56.11 
 
 		 293 aa  279  4e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  52.1 
 
 		 293 aa  279  5e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  56.11 
 
 		 293 aa  278  7e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  54.33 
 
 		 293 aa  278  7e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  55.73 
 
 		 293 aa  278  1e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0274  geranyltranstransferase  48.48 
 
 		 304 aa  277  2e-73  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2239  geranyltranstransferase  59.33 
 
 		 296 aa  275  9e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.200846 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  56.11 
 
 		 293 aa  271  9e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0904  farnesyl-diphosphate synthase  50 
 
 		 296 aa  268  8e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  50.35 
 
 		 293 aa  266  2e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  53.82 
 
 		 293 aa  265  5e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1320  polyprenyl synthetase  51.01 
 
 		 296 aa  265  7e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2437  polyprenyl synthetase  54.08 
 
 		 298 aa  263  3e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  53.96 
 
 		 292 aa  261  1e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0098  farnesyl-diphosphate synthase  58.94 
 
 		 285 aa  257  2e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2803  farnesyl-diphosphate synthase  56.49 
 
 		 293 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.141503  normal  0.75892 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2900  farnesyl-diphosphate synthase  56.11 
 
 		 293 aa  253  3e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0370775  hitchhiker  0.000852283 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  54.3 
 
 		 291 aa  249  3e-65  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  54.3 
 
 		 291 aa  249  4e-65  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2730  farnesyl-diphosphate synthase  55.73 
 
 		 293 aa  249  5e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244683  normal  0.486115 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  50.68 
 
 		 297 aa  246  4e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1643  Polyprenyl synthetase  47.49 
 
 		 306 aa  246  4e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000512207 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1975  geranyltranstransferase  47.49 
 
 		 306 aa  246  4e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.668358  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  46.49 
 
 		 295 aa  243  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1089  geranyltranstransferase  49.32 
 
 		 300 aa  242  6e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  50.68 
 
 		 295 aa  241  7e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0580  polyprenyl synthetase  54.68 
 
 		 295 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1513  farnesyl-diphosphate synthase  47.37 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  46.49 
 
 		 295 aa  240  2e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  43.14 
 
 		 294 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0573  polyprenyl synthetase  52.74 
 
 		 295 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  53.06 
 
 		 295 aa  239  5e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  53.06 
 
 		 295 aa  239  5e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0562  polyprenyl synthetase  54.12 
 
 		 295 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109586  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0528  polyprenyl synthetase  54.12 
 
 		 295 aa  238  8e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  45.48 
 
 		 300 aa  238  8e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01426  geranyltranstransferase  46.98 
 
 		 296 aa  238  9e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.631666  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11601  polyprenyl synthetase  45.82 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  45.48 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0818  geranyltranstransferase  54.44 
 
 		 300 aa  236  3e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1916  Polyprenyl synthetase  43.81 
 
 		 294 aa  236  3e-61  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  45.97 
 
 		 293 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1775  Polyprenyl synthetase  53.96 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0714998  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3841  farnesyl-diphosphate synthase  50.69 
 
 		 295 aa  236  4e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.599692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  47.64 
 
 		 297 aa  236  4e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5006  farnesyl-diphosphate synthase  52.76 
 
 		 295 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  45.64 
 
 		 293 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  47.89 
 
 		 294 aa  236  5.0000000000000005e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  44.82 
 
 		 300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2755  farnesyl-diphosphate synthase  44.64 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0699  geranyltranstransferase  54.06 
 
 		 295 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0605  polyprenyl synthetase  54.06 
 
 		 295 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.173751 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1146  polyprenyl synthetase  52.04 
 
 		 293 aa  232  5e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  46 
 
 		 294 aa  232  6e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2439  Polyprenyl synthetase  44.57 
 
 		 290 aa  231  8.000000000000001e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.097508  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2570  polyprenyl synthetase  52.99 
 
 		 293 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0334175  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  45.67 
 
 		 294 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2616  farnesyl-diphosphate synthase  49.17 
 
 		 294 aa  229  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.394724 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  48.18 
 
 		 300 aa  229  5e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1985  polyprenyl synthetase  50.35 
 
 		 307 aa  229  5e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  45.97 
 
 		 294 aa  229  6e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  45.97 
 
 		 294 aa  229  6e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  45.97 
 
 		 294 aa  229  6e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  45.97 
 
 		 294 aa  229  6e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  44.78 
 
 		 294 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  44.78 
 
 		 294 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.235577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>