More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3477 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  100 
 
 		 293 aa  589  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  84.64 
 
 		 293 aa  512  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  80.2 
 
 		 293 aa  481  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  77.82 
 
 		 293 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  73.04 
 
 		 293 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  72.7 
 
 		 293 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  71.67 
 
 		 293 aa  434  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  71.67 
 
 		 293 aa  434  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  71.67 
 
 		 293 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  71.67 
 
 		 293 aa  434  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  71.33 
 
 		 293 aa  419  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2730  farnesyl-diphosphate synthase  72.35 
 
 		 293 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244683  normal  0.486115 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2900  farnesyl-diphosphate synthase  72.7 
 
 		 293 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0370775  hitchhiker  0.000852283 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2803  farnesyl-diphosphate synthase  72.35 
 
 		 293 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.141503  normal  0.75892 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  67.58 
 
 		 293 aa  385  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2570  polyprenyl synthetase  67 
 
 		 293 aa  359  3e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0334175  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  57.14 
 
 		 294 aa  332  4e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2239  geranyltranstransferase  58.42 
 
 		 296 aa  313  2.9999999999999996e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.200846 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0413  geranyltranstransferase  55.03 
 
 		 294 aa  306  2.0000000000000002e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.058519  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  54.08 
 
 		 298 aa  301  1e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01174  geranyltranstransferase  60.52 
 
 		 294 aa  300  2e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1089  geranyltranstransferase  54.79 
 
 		 300 aa  297  1e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1320  polyprenyl synthetase  52.94 
 
 		 296 aa  276  4e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1079  geranyltranstransferase  56.9 
 
 		 306 aa  273  3e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871553 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3084  geranyltranstransferase  54.45 
 
 		 303 aa  272  5.000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3111  geranyltranstransferase  54.95 
 
 		 306 aa  269  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3252  geranyltranstransferase  54.95 
 
 		 306 aa  269  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  50.35 
 
 		 292 aa  268  5.9999999999999995e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3073  geranyltranstransferase  55.56 
 
 		 306 aa  268  1e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0904  farnesyl-diphosphate synthase  51.86 
 
 		 296 aa  267  1e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1031  geranyltranstransferase  51.68 
 
 		 303 aa  267  1e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  50 
 
 		 299 aa  265  7e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  49.13 
 
 		 297 aa  264  1e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  48.98 
 
 		 299 aa  263  2e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  49.49 
 
 		 306 aa  264  2e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0888  geranyltranstransferase  53.31 
 
 		 299 aa  261  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2893  geranyltranstransferase  52.23 
 
 		 303 aa  261  1e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01426  geranyltranstransferase  50.7 
 
 		 296 aa  260  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.631666  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3280  geranyltranstransferase  51.89 
 
 		 303 aa  260  2e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  47.6 
 
 		 300 aa  256  3e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2037  polyprenyl synthetase  47.54 
 
 		 296 aa  256  3e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  47.55 
 
 		 291 aa  256  4e-67  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  47.55 
 
 		 291 aa  255  6e-67  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0525  geranyltranstransferase  51.59 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0470  geranyltranstransferase  51.59 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1643  Polyprenyl synthetase  47.1 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000512207 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1975  geranyltranstransferase  47.1 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.668358  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0483  geranyltranstransferase  51.24 
 
 		 299 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.351097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0462  geranyltranstransferase  51.24 
 
 		 299 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0464  geranyltranstransferase  51.24 
 
 		 299 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0098  farnesyl-diphosphate synthase  51.22 
 
 		 285 aa  244  9e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00369  geranyltranstransferase  50.35 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3188  Polyprenyl synthetase  50.35 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.574686  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0818  geranyltranstransferase  51.06 
 
 		 300 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0452  geranyltranstransferase  50.35 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0342  geranyltranstransferase  50.35 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0504  geranyltranstransferase  50.35 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0457  geranyltranstransferase  50.35 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.914114 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00373  hypothetical protein  50.35 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0492  geranyltranstransferase  50.35 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  47 
 
 		 293 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  46.81 
 
 		 293 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  46.98 
 
 		 294 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0528  polyprenyl synthetase  50 
 
 		 295 aa  238  8e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0562  polyprenyl synthetase  50 
 
 		 295 aa  238  8e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0573  polyprenyl synthetase  51.56 
 
 		 295 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  47.89 
 
 		 295 aa  238  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1388  polyprenyl synthetase  47.72 
 
 		 291 aa  236  4e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  46.62 
 
 		 294 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5006  farnesyl-diphosphate synthase  49.32 
 
 		 295 aa  235  7e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  48.99 
 
 		 295 aa  234  9e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  48.99 
 
 		 295 aa  234  9e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0580  polyprenyl synthetase  49.66 
 
 		 295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0699  geranyltranstransferase  49.83 
 
 		 295 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  45.39 
 
 		 297 aa  232  5e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2253  farnesyl-diphosphate synthase  42.96 
 
 		 303 aa  231  8.000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0847122  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1775  Polyprenyl synthetase  46.74 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0714998  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  44.01 
 
 		 297 aa  231  2e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4821  polyprenyl synthetase  45.91 
 
 		 294 aa  230  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3841  farnesyl-diphosphate synthase  49.83 
 
 		 295 aa  229  5e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.599692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  45.2 
 
 		 294 aa  228  6e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4487  polyprenyl synthetase  45.2 
 
 		 294 aa  228  6e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  45.2 
 
 		 294 aa  228  6e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.235577 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1705  polyprenyl synthetase  47.42 
 
 		 304 aa  228  7e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  45.2 
 
 		 294 aa  227  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0274  geranyltranstransferase  45.21 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  44.22 
 
 		 295 aa  227  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01897  polyprenyl synthetase  47.54 
 
 		 291 aa  226  3e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.862425  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0605  polyprenyl synthetase  48.65 
 
 		 295 aa  226  4e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.173751 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0880  farnesyl-diphosphate synthase  47.9 
 
 		 296 aa  226  4e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  43.49 
 
 		 295 aa  226  4e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11560  geranyltranstransferase  48.65 
 
 		 295 aa  226  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  45.04 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  45.04 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  45.04 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  45.04 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  45.04 
 
 		 294 aa  223  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  45.04 
 
 		 294 aa  223  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  45.04 
 
 		 294 aa  223  2e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2439  Polyprenyl synthetase  37.93 
 
 		 290 aa  223  2e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.097508  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>