More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3221 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  100 
 
 		 295 aa  595  1e-169  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  50.34 
 
 		 294 aa  278  7e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  51.37 
 
 		 293 aa  275  6e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  50.67 
 
 		 298 aa  273  2.0000000000000002e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  51.37 
 
 		 293 aa  272  6e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  50.68 
 
 		 293 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  50.68 
 
 		 293 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  50.68 
 
 		 293 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  50.34 
 
 		 293 aa  270  2e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  55.26 
 
 		 299 aa  270  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  49.66 
 
 		 293 aa  267  1e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  50 
 
 		 293 aa  267  1e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  51.37 
 
 		 295 aa  267  2e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  60 
 
 		 295 aa  265  5.999999999999999e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  60 
 
 		 295 aa  265  5.999999999999999e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3841  farnesyl-diphosphate synthase  60.46 
 
 		 295 aa  265  7e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.599692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  51.03 
 
 		 295 aa  265  1e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0528  polyprenyl synthetase  55.67 
 
 		 295 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0605  polyprenyl synthetase  59.77 
 
 		 295 aa  263  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.173751 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  50.34 
 
 		 293 aa  263  2e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  51.54 
 
 		 297 aa  263  3e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0580  polyprenyl synthetase  55.33 
 
 		 295 aa  262  4e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0699  geranyltranstransferase  55.1 
 
 		 295 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0818  geranyltranstransferase  54.11 
 
 		 300 aa  262  6e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0413  geranyltranstransferase  51.55 
 
 		 294 aa  262  6.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.058519  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  53.73 
 
 		 306 aa  261  8.999999999999999e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  50.69 
 
 		 292 aa  261  1e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11560  geranyltranstransferase  56.06 
 
 		 295 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1146  polyprenyl synthetase  59.25 
 
 		 293 aa  260  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  45.58 
 
 		 296 aa  258  7e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5006  farnesyl-diphosphate synthase  58.56 
 
 		 295 aa  257  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  54.34 
 
 		 300 aa  258  1e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0562  polyprenyl synthetase  55.33 
 
 		 295 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  47.89 
 
 		 293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2437  polyprenyl synthetase  53.09 
 
 		 298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  44.79 
 
 		 294 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0573  polyprenyl synthetase  56.99 
 
 		 295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0098  farnesyl-diphosphate synthase  57.89 
 
 		 285 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01174  geranyltranstransferase  54.04 
 
 		 294 aa  254  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  51.2 
 
 		 294 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  50 
 
 		 297 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  51.2 
 
 		 294 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  50.34 
 
 		 299 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  51.2 
 
 		 294 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  47.59 
 
 		 293 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1985  polyprenyl synthetase  52.94 
 
 		 307 aa  252  7e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  50.86 
 
 		 293 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  47.62 
 
 		 294 aa  251  8.000000000000001e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  50.86 
 
 		 294 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  50.86 
 
 		 294 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  50.86 
 
 		 294 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  50.86 
 
 		 294 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2037  polyprenyl synthetase  50 
 
 		 296 aa  250  2e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0904  farnesyl-diphosphate synthase  49.83 
 
 		 296 aa  250  2e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1500  polyprenyl synthetase  54.51 
 
 		 327 aa  249  3e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  50.52 
 
 		 293 aa  249  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1058  geranyltranstransferase  55.36 
 
 		 295 aa  249  5e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  51.75 
 
 		 293 aa  249  5e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2616  farnesyl-diphosphate synthase  54.09 
 
 		 294 aa  249  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.394724 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  53.79 
 
 		 294 aa  248  7e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  53.85 
 
 		 294 aa  248  8e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4487  polyprenyl synthetase  53.85 
 
 		 294 aa  248  8e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4821  polyprenyl synthetase  54.23 
 
 		 294 aa  248  8e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  53.85 
 
 		 294 aa  248  8e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.235577 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  52.09 
 
 		 297 aa  248  1e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1775  Polyprenyl synthetase  55.89 
 
 		 302 aa  247  1e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0714998  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  53.85 
 
 		 294 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  53.79 
 
 		 294 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1031  geranyltranstransferase  51.66 
 
 		 303 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0613  geranyltranstransferase  50.86 
 
 		 294 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2803  farnesyl-diphosphate synthase  50.68 
 
 		 293 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.141503  normal  0.75892 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3252  geranyltranstransferase  52.72 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3111  geranyltranstransferase  52.72 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3372  polyprenyl synthetase  54.37 
 
 		 298 aa  243  3e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2632  farnesyl-diphosphate synthase  51.14 
 
 		 297 aa  242  5e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  46.28 
 
 		 307 aa  241  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3073  geranyltranstransferase  52.72 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1643  Polyprenyl synthetase  53.05 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000512207 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1975  geranyltranstransferase  53.05 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.668358  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1570  Polyprenyl synthetase  56.02 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2730  farnesyl-diphosphate synthase  49.66 
 
 		 293 aa  240  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244683  normal  0.486115 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2900  farnesyl-diphosphate synthase  50.34 
 
 		 293 aa  240  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0370775  hitchhiker  0.000852283 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1513  farnesyl-diphosphate synthase  44.37 
 
 		 297 aa  239  2.9999999999999997e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2893  geranyltranstransferase  52.81 
 
 		 303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0776  farnesyl-diphosphate synthase  52.65 
 
 		 301 aa  239  4e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.10408 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1705  polyprenyl synthetase  54.48 
 
 		 304 aa  239  5e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1746  farnesyl-diphosphate synthase  51.52 
 
 		 306 aa  239  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  46.88 
 
 		 300 aa  239  5.999999999999999e-62  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  47.22 
 
 		 299 aa  238  8e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11601  polyprenyl synthetase  47.22 
 
 		 300 aa  238  9e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3280  geranyltranstransferase  50.99 
 
 		 303 aa  238  9e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1089  geranyltranstransferase  50.33 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1668  geranyltranstransferase (farnesyldiphosphate synthase)  49.15 
 
 		 296 aa  238  1e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000016201  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2570  polyprenyl synthetase  50.18 
 
 		 293 aa  238  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0334175  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  46.78 
 
 		 299 aa  236  2e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  46.88 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0831  farnesyl-diphosphate synthase  45.24 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000171972  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3084  geranyltranstransferase  50.32 
 
 		 303 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  44.33 
 
 		 297 aa  235  5.0000000000000005e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  49.81 
 
 		 299 aa  235  6e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>