More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2616 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2616  farnesyl-diphosphate synthase  100 
 
 		 294 aa  584  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.394724 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0881  farnesyl-diphosphate synthase  85.71 
 
 		 294 aa  436  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  72.41 
 
 		 294 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  72.41 
 
 		 294 aa  387  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  72.41 
 
 		 294 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  72.41 
 
 		 294 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  72.41 
 
 		 294 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  72.41 
 
 		 294 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  72.41 
 
 		 294 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  72.41 
 
 		 294 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  71.03 
 
 		 293 aa  384  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  71.38 
 
 		 293 aa  385  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  72.41 
 
 		 294 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  71.38 
 
 		 294 aa  381  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  71.72 
 
 		 294 aa  384  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4487  polyprenyl synthetase  71.38 
 
 		 294 aa  381  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  71.38 
 
 		 294 aa  381  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.235577 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4821  polyprenyl synthetase  71.38 
 
 		 294 aa  381  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0613  geranyltranstransferase  71.38 
 
 		 294 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2427  Polyprenyl synthetase  68.32 
 
 		 303 aa  355  3.9999999999999996e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3949  polyprenyl synthetase  69.97 
 
 		 291 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  63.95 
 
 		 297 aa  352  4e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2034  Polyprenyl synthetase  68.32 
 
 		 303 aa  351  8e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2222  geranyltranstransferase  67.89 
 
 		 299 aa  347  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  56.66 
 
 		 300 aa  322  5e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0880  farnesyl-diphosphate synthase  64.07 
 
 		 296 aa  322  6e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  56.71 
 
 		 297 aa  321  9.000000000000001e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2132  farnesyl-diphosphate synthase  61.49 
 
 		 296 aa  311  9e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.47194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1775  Polyprenyl synthetase  62.03 
 
 		 302 aa  310  2.9999999999999997e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0714998  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  57.29 
 
 		 292 aa  306  2.0000000000000002e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2037  polyprenyl synthetase  55.41 
 
 		 296 aa  301  7.000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  56.54 
 
 		 299 aa  297  1e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0818  geranyltranstransferase  55.48 
 
 		 300 aa  285  5e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1705  polyprenyl synthetase  56.19 
 
 		 304 aa  283  3.0000000000000004e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3841  farnesyl-diphosphate synthase  59.79 
 
 		 295 aa  280  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.599692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1037  farnesyl-diphosphate synthase  60.27 
 
 		 311 aa  280  2e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.101791 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3372  polyprenyl synthetase  56.81 
 
 		 298 aa  280  2e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2632  farnesyl-diphosphate synthase  56.23 
 
 		 297 aa  280  3e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0218  geranyltranstransferase  52.76 
 
 		 322 aa  278  6e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.422645  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1633  geranyltranstransferase  52.76 
 
 		 322 aa  278  6e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0906165  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  52.74 
 
 		 306 aa  278  7e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1746  farnesyl-diphosphate synthase  55.89 
 
 		 306 aa  277  1e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1720  polyprenyl synthetase  52.41 
 
 		 322 aa  277  1e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0669938  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1500  polyprenyl synthetase  55.33 
 
 		 327 aa  278  1e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  58.5 
 
 		 295 aa  277  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  58.5 
 
 		 295 aa  277  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0562  polyprenyl synthetase  57.34 
 
 		 295 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109586  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0699  geranyltranstransferase  57.97 
 
 		 295 aa  268  7e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1643  Polyprenyl synthetase  52.2 
 
 		 306 aa  268  1e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000512207 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1975  geranyltranstransferase  52.2 
 
 		 306 aa  268  1e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.668358  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  51.19 
 
 		 291 aa  266  2e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0573  polyprenyl synthetase  57.34 
 
 		 295 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0528  polyprenyl synthetase  56.66 
 
 		 295 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11560  geranyltranstransferase  59.65 
 
 		 295 aa  266  4e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  50.85 
 
 		 291 aa  263  2e-69  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0580  polyprenyl synthetase  56.85 
 
 		 295 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1985  polyprenyl synthetase  59.86 
 
 		 307 aa  263  3e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0605  polyprenyl synthetase  55.93 
 
 		 295 aa  262  4e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.173751 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0955  Polyprenyl synthetase  59.39 
 
 		 306 aa  262  4e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  48.98 
 
 		 295 aa  262  4.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  44.71 
 
 		 294 aa  261  6.999999999999999e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  48.98 
 
 		 295 aa  261  8.999999999999999e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2241  polyprenyl synthetase  58.28 
 
 		 316 aa  256  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  0.0529545 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01897  polyprenyl synthetase  54.64 
 
 		 291 aa  256  3e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.862425  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  50 
 
 		 300 aa  256  3e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1513  farnesyl-diphosphate synthase  45.58 
 
 		 297 aa  256  4e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  49.48 
 
 		 299 aa  255  5e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5006  farnesyl-diphosphate synthase  54.73 
 
 		 295 aa  255  6e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  49.48 
 
 		 299 aa  253  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2437  polyprenyl synthetase  55.51 
 
 		 298 aa  253  4.0000000000000004e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  48.84 
 
 		 299 aa  251  9.000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1570  Polyprenyl synthetase  58.48 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  45.05 
 
 		 300 aa  250  2e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3282  polyprenyl synthetase  53.85 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  45.39 
 
 		 300 aa  249  4e-65  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11601  polyprenyl synthetase  45.39 
 
 		 300 aa  249  5e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  48.91 
 
 		 294 aa  249  5e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  52.38 
 
 		 297 aa  248  7e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  45.02 
 
 		 299 aa  248  7e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3432  farnesyl-diphosphate synthase  47.33 
 
 		 315 aa  248  9e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1058  geranyltranstransferase  57.79 
 
 		 295 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  54.09 
 
 		 295 aa  246  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0098  farnesyl-diphosphate synthase  56.84 
 
 		 285 aa  247  2e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2404  polyprenyl synthetase  48.48 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0620494  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4173  farnesyl-diphosphate synthase  46.6 
 
 		 316 aa  246  4e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  normal  0.522672 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17563  predicted protein  46.13 
 
 		 312 aa  245  4.9999999999999997e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0164113  normal  0.0513256 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09331  polyprenyl synthetase  48.97 
 
 		 306 aa  245  6.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1668  geranyltranstransferase (farnesyldiphosphate synthase)  48.98 
 
 		 296 aa  244  9.999999999999999e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000016201  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0904  farnesyl-diphosphate synthase  47.65 
 
 		 296 aa  244  1.9999999999999999e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  44.14 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  49.65 
 
 		 293 aa  243  3e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2876  polyprenyl synthetase  56.83 
 
 		 314 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0776  farnesyl-diphosphate synthase  48.64 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.10408 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  49.06 
 
 		 293 aa  239  5e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0413  geranyltranstransferase  51.09 
 
 		 294 aa  239  5.999999999999999e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.058519  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  49.06 
 
 		 293 aa  238  9e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  49.06 
 
 		 293 aa  238  9e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  49.06 
 
 		 293 aa  238  9e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  46.79 
 
 		 293 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1025  polyprenyl synthetase  48.63 
 
 		 295 aa  237  1e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>