More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2034 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2034  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 303 aa  593  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2427  Polyprenyl synthetase  92.41 
 
 		 303 aa  503  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2222  geranyltranstransferase  90.76 
 
 		 299 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2616  farnesyl-diphosphate synthase  68.32 
 
 		 294 aa  360  1e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.394724 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  67.56 
 
 		 294 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  67.56 
 
 		 294 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  67.56 
 
 		 294 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  67.56 
 
 		 294 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  67.56 
 
 		 294 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  67.56 
 
 		 294 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  67.56 
 
 		 294 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4821  polyprenyl synthetase  64.88 
 
 		 294 aa  348  6e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  64.21 
 
 		 294 aa  345  5e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  63.55 
 
 		 294 aa  345  7e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  64.21 
 
 		 294 aa  344  1e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4487  polyprenyl synthetase  63.88 
 
 		 294 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  63.88 
 
 		 294 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  63.88 
 
 		 294 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.235577 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0613  geranyltranstransferase  68 
 
 		 294 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0881  farnesyl-diphosphate synthase  69.97 
 
 		 294 aa  339  2.9999999999999998e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  63.67 
 
 		 293 aa  338  5e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  63 
 
 		 293 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  61.26 
 
 		 297 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3949  polyprenyl synthetase  62.54 
 
 		 291 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  53.47 
 
 		 300 aa  301  8.000000000000001e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  54.3 
 
 		 297 aa  295  9e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1775  Polyprenyl synthetase  58.75 
 
 		 302 aa  293  2e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0714998  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2037  polyprenyl synthetase  52.46 
 
 		 296 aa  292  6e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2132  farnesyl-diphosphate synthase  60.07 
 
 		 296 aa  288  7e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.47194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0880  farnesyl-diphosphate synthase  58.28 
 
 		 296 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1500  polyprenyl synthetase  54.58 
 
 		 327 aa  279  5e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  54 
 
 		 292 aa  275  6e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  52.13 
 
 		 299 aa  275  6e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1037  farnesyl-diphosphate synthase  56.48 
 
 		 311 aa  272  5.000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.101791 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1705  polyprenyl synthetase  53.27 
 
 		 304 aa  269  5e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1746  farnesyl-diphosphate synthase  53 
 
 		 306 aa  266  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1720  polyprenyl synthetase  52.9 
 
 		 322 aa  262  6e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0669938  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1633  geranyltranstransferase  52.9 
 
 		 322 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0906165  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0218  geranyltranstransferase  52.9 
 
 		 322 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.422645  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3372  polyprenyl synthetase  53.14 
 
 		 298 aa  261  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2241  polyprenyl synthetase  57.33 
 
 		 316 aa  259  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  0.0529545 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2632  farnesyl-diphosphate synthase  49.83 
 
 		 297 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1643  Polyprenyl synthetase  53.73 
 
 		 306 aa  252  5.000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000512207 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1975  geranyltranstransferase  53.73 
 
 		 306 aa  252  5.000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.668358  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0818  geranyltranstransferase  53.02 
 
 		 300 aa  251  1e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  54.12 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  52.11 
 
 		 291 aa  248  9e-65  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3841  farnesyl-diphosphate synthase  57.09 
 
 		 295 aa  247  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.599692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0955  Polyprenyl synthetase  55.48 
 
 		 306 aa  247  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  52.11 
 
 		 291 aa  247  2e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3282  polyprenyl synthetase  55.4 
 
 		 314 aa  246  3e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1570  Polyprenyl synthetase  54 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  55.56 
 
 		 295 aa  242  7e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  55.56 
 
 		 295 aa  242  7e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  47.19 
 
 		 299 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0699  geranyltranstransferase  55.84 
 
 		 295 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11560  geranyltranstransferase  56.78 
 
 		 295 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0573  polyprenyl synthetase  57.25 
 
 		 295 aa  238  9e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  42.38 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0580  polyprenyl synthetase  57.25 
 
 		 295 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1985  polyprenyl synthetase  58.65 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0605  polyprenyl synthetase  52.44 
 
 		 295 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.173751 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0562  polyprenyl synthetase  56.57 
 
 		 295 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  45.05 
 
 		 300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  42.67 
 
 		 299 aa  236  5.0000000000000005e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2876  polyprenyl synthetase  56.88 
 
 		 314 aa  235  6e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  45.02 
 
 		 294 aa  235  7e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0528  polyprenyl synthetase  56.2 
 
 		 295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  47.1 
 
 		 299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01897  polyprenyl synthetase  55.94 
 
 		 291 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.862425  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  44.77 
 
 		 295 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  44.77 
 
 		 295 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11601  polyprenyl synthetase  44.32 
 
 		 300 aa  233  4.0000000000000004e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5006  farnesyl-diphosphate synthase  55.47 
 
 		 295 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1058  geranyltranstransferase  54.3 
 
 		 295 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3432  farnesyl-diphosphate synthase  43.75 
 
 		 315 aa  229  4e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  46.38 
 
 		 299 aa  228  8e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  45.7 
 
 		 300 aa  228  9e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  50.38 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  42.14 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  51.98 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0413  geranyltranstransferase  50 
 
 		 294 aa  226  3e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.058519  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09331  polyprenyl synthetase  46.86 
 
 		 306 aa  226  4e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2437  polyprenyl synthetase  51.92 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0098  farnesyl-diphosphate synthase  53.16 
 
 		 285 aa  224  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  42.52 
 
 		 294 aa  222  4.9999999999999996e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  52.42 
 
 		 305 aa  222  6e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1513  farnesyl-diphosphate synthase  43.7 
 
 		 297 aa  222  7e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  47.68 
 
 		 295 aa  220  3e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1146  polyprenyl synthetase  50.18 
 
 		 293 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0504  geranyltranstransferase  47.52 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0776  farnesyl-diphosphate synthase  46.21 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.10408 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  45.82 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00369  geranyltranstransferase  47.52 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3188  Polyprenyl synthetase  47.52 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.574686  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0457  geranyltranstransferase  47.52 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.914114 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1031  geranyltranstransferase  46.71 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0342  geranyltranstransferase  47.52 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00373  hypothetical protein  47.52 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0452  geranyltranstransferase  47.52 
 
 		 299 aa  216  4e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>