More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1570 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1570  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 305 aa  585  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1746  farnesyl-diphosphate synthase  73.47 
 
 		 306 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1500  polyprenyl synthetase  73.65 
 
 		 327 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3282  polyprenyl synthetase  71.85 
 
 		 314 aa  378  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1037  farnesyl-diphosphate synthase  76.66 
 
 		 311 aa  372  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.101791 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2632  farnesyl-diphosphate synthase  68.62 
 
 		 297 aa  371  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2241  polyprenyl synthetase  74.74 
 
 		 316 aa  365  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  0.0529545 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3372  polyprenyl synthetase  66.22 
 
 		 298 aa  350  1e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0955  Polyprenyl synthetase  74.59 
 
 		 306 aa  351  1e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2876  polyprenyl synthetase  72.73 
 
 		 314 aa  350  2e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2014  farnesyl-diphosphate synthase  74.32 
 
 		 306 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.319627  hitchhiker  0.00305409 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  60.55 
 
 		 294 aa  285  5e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  60.55 
 
 		 294 aa  285  5e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  60.55 
 
 		 294 aa  285  5e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  60.55 
 
 		 294 aa  285  5e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  60.55 
 
 		 294 aa  285  8e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  60.55 
 
 		 294 aa  285  8e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  60.55 
 
 		 294 aa  285  8e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  58.56 
 
 		 294 aa  278  6e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  58.56 
 
 		 294 aa  277  1e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4821  polyprenyl synthetase  57.88 
 
 		 294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  57.88 
 
 		 293 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  57.53 
 
 		 293 aa  273  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  57.19 
 
 		 294 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4487  polyprenyl synthetase  57.19 
 
 		 294 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  57.19 
 
 		 294 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.235577 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0613  geranyltranstransferase  59.66 
 
 		 294 aa  270  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  57.19 
 
 		 294 aa  270  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2037  polyprenyl synthetase  53.98 
 
 		 296 aa  266  4e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  53.02 
 
 		 300 aa  263  3e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0880  farnesyl-diphosphate synthase  55.82 
 
 		 296 aa  261  1e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  53.33 
 
 		 299 aa  260  3e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  50.17 
 
 		 297 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5006  farnesyl-diphosphate synthase  55.63 
 
 		 295 aa  258  8e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  52.2 
 
 		 292 aa  252  4.0000000000000004e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  52.4 
 
 		 297 aa  252  5.000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2616  farnesyl-diphosphate synthase  57.14 
 
 		 294 aa  251  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.394724 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3949  polyprenyl synthetase  58.33 
 
 		 291 aa  250  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0699  geranyltranstransferase  55.25 
 
 		 295 aa  248  9e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  55.44 
 
 		 295 aa  246  3e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  55.44 
 
 		 295 aa  246  3e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2427  Polyprenyl synthetase  59.47 
 
 		 303 aa  246  4e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  56.39 
 
 		 295 aa  245  6.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0580  polyprenyl synthetase  55.28 
 
 		 295 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1775  Polyprenyl synthetase  54.76 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0714998  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0528  polyprenyl synthetase  55.02 
 
 		 295 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1705  polyprenyl synthetase  53.8 
 
 		 304 aa  241  1e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0562  polyprenyl synthetase  55.02 
 
 		 295 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0573  polyprenyl synthetase  57.63 
 
 		 295 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2034  Polyprenyl synthetase  60.47 
 
 		 303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  50 
 
 		 306 aa  239  4e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2437  polyprenyl synthetase  54.37 
 
 		 298 aa  239  5e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  44.07 
 
 		 294 aa  239  5e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0605  polyprenyl synthetase  54.24 
 
 		 295 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.173751 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3841  farnesyl-diphosphate synthase  53.82 
 
 		 295 aa  238  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.599692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11560  geranyltranstransferase  56.61 
 
 		 295 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0776  farnesyl-diphosphate synthase  49.64 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.10408 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4173  farnesyl-diphosphate synthase  46.58 
 
 		 316 aa  236  3e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  normal  0.522672 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0881  farnesyl-diphosphate synthase  60.71 
 
 		 294 aa  236  4e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  48.63 
 
 		 299 aa  236  5.0000000000000005e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  48.63 
 
 		 299 aa  235  5.0000000000000005e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  49.06 
 
 		 298 aa  235  6e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  47 
 
 		 293 aa  235  6e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2132  farnesyl-diphosphate synthase  51.71 
 
 		 296 aa  235  7e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.47194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  49.65 
 
 		 300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2222  geranyltranstransferase  59.61 
 
 		 299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0904  farnesyl-diphosphate synthase  51.12 
 
 		 296 aa  232  7.000000000000001e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0152  Polyprenyl synthetase  44.81 
 
 		 309 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00117274  hitchhiker  0.00332618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0156  Polyprenyl synthetase  44.81 
 
 		 309 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1058  geranyltranstransferase  59.02 
 
 		 295 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  45.74 
 
 		 293 aa  230  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  50.53 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  46.89 
 
 		 297 aa  228  7e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  47.52 
 
 		 295 aa  226  3e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  47.52 
 
 		 295 aa  225  7e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  48.34 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1538  polyprenyl synthetase  42.91 
 
 		 294 aa  224  2e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000356422  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0218  geranyltranstransferase  47.6 
 
 		 322 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.422645  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09331  polyprenyl synthetase  48.41 
 
 		 306 aa  223  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  45.2 
 
 		 300 aa  223  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1633  geranyltranstransferase  47.6 
 
 		 322 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0906165  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2704  farnesyl-diphosphate synthase  45.42 
 
 		 309 aa  223  3e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000153186  normal  0.671867 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  43.84 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11601  polyprenyl synthetase  45.2 
 
 		 300 aa  223  4.9999999999999996e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1720  polyprenyl synthetase  47.26 
 
 		 322 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0669938  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  44.84 
 
 		 300 aa  222  4.9999999999999996e-57  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  50.95 
 
 		 293 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  47.9 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  44.84 
 
 		 299 aa  222  7e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  46.69 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0972  Polyprenyl synthetase  45.62 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.23311  normal  0.31243 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  46.69 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  46.69 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  50 
 
 		 293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  50.56 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0098  farnesyl-diphosphate synthase  54.39 
 
 		 285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  47.69 
 
 		 294 aa  221  1.9999999999999999e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1025  polyprenyl synthetase  51.21 
 
 		 295 aa  219  3e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  46.32 
 
 		 293 aa  219  3e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  48.54 
 
 		 293 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>