More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0880 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0880  farnesyl-diphosphate synthase  100 
 
 		 296 aa  592  1e-168  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  66.33 
 
 		 297 aa  393  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2132  farnesyl-diphosphate synthase  65.2 
 
 		 296 aa  355  6.999999999999999e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.47194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1775  Polyprenyl synthetase  67.91 
 
 		 302 aa  354  1e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0714998  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  64.51 
 
 		 297 aa  347  2e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  63.01 
 
 		 294 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  63.01 
 
 		 294 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  63.01 
 
 		 294 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  63.01 
 
 		 294 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  63.01 
 
 		 294 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  63.01 
 
 		 294 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  63.01 
 
 		 294 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4821  polyprenyl synthetase  62.33 
 
 		 294 aa  323  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2616  farnesyl-diphosphate synthase  64.07 
 
 		 294 aa  322  3e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.394724 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  61.99 
 
 		 294 aa  322  3e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  61.99 
 
 		 294 aa  322  5e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2037  polyprenyl synthetase  58.16 
 
 		 296 aa  321  7e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  61.86 
 
 		 294 aa  321  7e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  62.24 
 
 		 294 aa  321  8e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4487  polyprenyl synthetase  62.24 
 
 		 294 aa  321  8e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  62.24 
 
 		 294 aa  321  8e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.235577 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  61.51 
 
 		 293 aa  316  3e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  61.51 
 
 		 293 aa  315  4e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0613  geranyltranstransferase  62.54 
 
 		 294 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  55.1 
 
 		 299 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  55.78 
 
 		 300 aa  299  3e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0881  farnesyl-diphosphate synthase  62.59 
 
 		 294 aa  296  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  56.49 
 
 		 306 aa  294  9e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0818  geranyltranstransferase  56.52 
 
 		 300 aa  293  3e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3949  polyprenyl synthetase  60.49 
 
 		 291 aa  289  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2632  farnesyl-diphosphate synthase  54.92 
 
 		 297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0528  polyprenyl synthetase  58.36 
 
 		 295 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  54.83 
 
 		 292 aa  281  8.000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0562  polyprenyl synthetase  58.36 
 
 		 295 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3841  farnesyl-diphosphate synthase  55.59 
 
 		 295 aa  278  5e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.599692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2427  Polyprenyl synthetase  57.28 
 
 		 303 aa  278  6e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0573  polyprenyl synthetase  58.02 
 
 		 295 aa  277  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3372  polyprenyl synthetase  55.59 
 
 		 298 aa  275  5e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1746  farnesyl-diphosphate synthase  53.58 
 
 		 306 aa  275  5e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2034  Polyprenyl synthetase  61.78 
 
 		 303 aa  275  9e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1500  polyprenyl synthetase  54.08 
 
 		 327 aa  274  1.0000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2222  geranyltranstransferase  61.09 
 
 		 299 aa  271  1e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0580  polyprenyl synthetase  56.76 
 
 		 295 aa  269  5e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11560  geranyltranstransferase  57.29 
 
 		 295 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1975  geranyltranstransferase  51.86 
 
 		 306 aa  267  2e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.668358  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1705  polyprenyl synthetase  55.03 
 
 		 304 aa  267  2e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1643  Polyprenyl synthetase  51.86 
 
 		 306 aa  267  2e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000512207 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3282  polyprenyl synthetase  55 
 
 		 314 aa  267  2e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  55.48 
 
 		 295 aa  266  2.9999999999999995e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  55.48 
 
 		 295 aa  266  2.9999999999999995e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1570  Polyprenyl synthetase  55.82 
 
 		 305 aa  266  2.9999999999999995e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1985  polyprenyl synthetase  58.39 
 
 		 307 aa  266  4e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0605  polyprenyl synthetase  59.25 
 
 		 295 aa  263  3e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.173751 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0699  geranyltranstransferase  55.07 
 
 		 295 aa  262  6e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  52.58 
 
 		 297 aa  257  2e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1037  farnesyl-diphosphate synthase  56.31 
 
 		 311 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.101791 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5006  farnesyl-diphosphate synthase  54.55 
 
 		 295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1058  geranyltranstransferase  55.18 
 
 		 295 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  50.18 
 
 		 293 aa  250  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  46.69 
 
 		 293 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  47.9 
 
 		 293 aa  250  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  49.47 
 
 		 293 aa  250  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  50.52 
 
 		 291 aa  249  3e-65  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  47.22 
 
 		 293 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  47.22 
 
 		 293 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  47.22 
 
 		 293 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  48.58 
 
 		 293 aa  249  4e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  45.7 
 
 		 293 aa  249  6e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  50.17 
 
 		 291 aa  247  2e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  47.55 
 
 		 295 aa  247  2e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  46.85 
 
 		 295 aa  246  3e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  46.81 
 
 		 293 aa  246  4e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  47.37 
 
 		 293 aa  245  6e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2241  polyprenyl synthetase  56.71 
 
 		 316 aa  245  6e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  0.0529545 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  45.74 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  51.19 
 
 		 295 aa  244  9.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1633  geranyltranstransferase  47.77 
 
 		 322 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0906165  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0218  geranyltranstransferase  47.77 
 
 		 322 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.422645  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1720  polyprenyl synthetase  47.77 
 
 		 322 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0669938  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  47.52 
 
 		 293 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09331  polyprenyl synthetase  46.39 
 
 		 306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01897  polyprenyl synthetase  52.76 
 
 		 291 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.862425  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  43.99 
 
 		 299 aa  242  3.9999999999999997e-63  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1146  polyprenyl synthetase  50.17 
 
 		 293 aa  243  3.9999999999999997e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2253  farnesyl-diphosphate synthase  50.95 
 
 		 303 aa  242  5e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0847122  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  43.99 
 
 		 299 aa  242  6e-63  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  46.83 
 
 		 298 aa  242  6e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0413  geranyltranstransferase  47.97 
 
 		 294 aa  241  9e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.058519  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  43.73 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  42.27 
 
 		 294 aa  241  2e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  50.19 
 
 		 294 aa  239  2.9999999999999997e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1089  geranyltranstransferase  49.13 
 
 		 300 aa  239  4e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0955  Polyprenyl synthetase  56.66 
 
 		 306 aa  239  4e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2437  polyprenyl synthetase  50.52 
 
 		 298 aa  239  4e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  46.46 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  47.35 
 
 		 305 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  45.05 
 
 		 300 aa  238  8e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  43.05 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  45 
 
 		 294 aa  236  4e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  43.34 
 
 		 299 aa  235  7e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>