More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2876 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2876  polyprenyl synthetase  100 
 
 		 314 aa  617  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1746  farnesyl-diphosphate synthase  69.93 
 
 		 306 aa  398  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1500  polyprenyl synthetase  70.68 
 
 		 327 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2632  farnesyl-diphosphate synthase  65.8 
 
 		 297 aa  371  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3282  polyprenyl synthetase  70.36 
 
 		 314 aa  368  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1570  Polyprenyl synthetase  71.43 
 
 		 305 aa  367  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1037  farnesyl-diphosphate synthase  68.08 
 
 		 311 aa  352  5e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.101791 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2241  polyprenyl synthetase  66.98 
 
 		 316 aa  341  1e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  0.0529545 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3372  polyprenyl synthetase  63.37 
 
 		 298 aa  335  5e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0955  Polyprenyl synthetase  66.45 
 
 		 306 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2014  farnesyl-diphosphate synthase  69.13 
 
 		 306 aa  308  6.999999999999999e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.319627  hitchhiker  0.00305409 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  56.31 
 
 		 294 aa  278  1e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  55.99 
 
 		 294 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  56.63 
 
 		 294 aa  275  7e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  56.63 
 
 		 294 aa  275  7e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  56.63 
 
 		 294 aa  275  7e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  56.63 
 
 		 294 aa  275  7e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  56.63 
 
 		 294 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  56.63 
 
 		 294 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  56.63 
 
 		 294 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  55.66 
 
 		 294 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  55.37 
 
 		 293 aa  273  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4487  polyprenyl synthetase  55.66 
 
 		 294 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  55.66 
 
 		 294 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.235577 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  55.05 
 
 		 293 aa  271  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  55.34 
 
 		 294 aa  270  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0613  geranyltranstransferase  56.49 
 
 		 294 aa  268  7e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4821  polyprenyl synthetase  55.02 
 
 		 294 aa  268  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  53.98 
 
 		 297 aa  261  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2037  polyprenyl synthetase  52.65 
 
 		 296 aa  261  1e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  52.98 
 
 		 297 aa  261  1e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1775  Polyprenyl synthetase  54.49 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0714998  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3949  polyprenyl synthetase  56.44 
 
 		 291 aa  249  4e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  47.9 
 
 		 300 aa  246  3e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0880  farnesyl-diphosphate synthase  54.25 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2427  Polyprenyl synthetase  56.16 
 
 		 303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2616  farnesyl-diphosphate synthase  55.59 
 
 		 294 aa  242  5e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.394724 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  50.34 
 
 		 299 aa  242  7e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2222  geranyltranstransferase  58.21 
 
 		 299 aa  241  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2034  Polyprenyl synthetase  56.51 
 
 		 303 aa  238  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  53.75 
 
 		 295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  53.75 
 
 		 295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  50.17 
 
 		 292 aa  233  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11560  geranyltranstransferase  57.14 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0562  polyprenyl synthetase  54.58 
 
 		 295 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0580  polyprenyl synthetase  51.77 
 
 		 295 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3841  farnesyl-diphosphate synthase  50.97 
 
 		 295 aa  229  7e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.599692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0881  farnesyl-diphosphate synthase  55.9 
 
 		 294 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  42.76 
 
 		 294 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0528  polyprenyl synthetase  51.59 
 
 		 295 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  53.25 
 
 		 291 aa  227  2e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  42.86 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0573  polyprenyl synthetase  51.28 
 
 		 295 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  52.87 
 
 		 291 aa  224  2e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5006  farnesyl-diphosphate synthase  50.32 
 
 		 295 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  47.83 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1058  geranyltranstransferase  56.12 
 
 		 295 aa  222  7e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2132  farnesyl-diphosphate synthase  57.36 
 
 		 296 aa  221  9e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.47194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  45.65 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  45.65 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  45.65 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  45.65 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4173  farnesyl-diphosphate synthase  42.26 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  normal  0.522672 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  48.98 
 
 		 297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  44.93 
 
 		 293 aa  220  3e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  45.82 
 
 		 297 aa  220  3e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1705  polyprenyl synthetase  49.68 
 
 		 304 aa  219  5e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  43.88 
 
 		 293 aa  219  6e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  48.33 
 
 		 293 aa  219  6e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0699  geranyltranstransferase  55.31 
 
 		 295 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  52 
 
 		 295 aa  218  8.999999999999998e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  44.44 
 
 		 293 aa  218  1e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  44.65 
 
 		 293 aa  218  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  45.13 
 
 		 293 aa  217  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  43.57 
 
 		 293 aa  217  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0218  geranyltranstransferase  44.26 
 
 		 322 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.422645  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1633  geranyltranstransferase  44.26 
 
 		 322 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0906165  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1720  polyprenyl synthetase  44.26 
 
 		 322 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0669938  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0605  polyprenyl synthetase  52.38 
 
 		 295 aa  216  5e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.173751 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  44.53 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  44.3 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  44.95 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1513  farnesyl-diphosphate synthase  43.9 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2437  polyprenyl synthetase  52.61 
 
 		 298 aa  210  3e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1663  polyprenyl synthetase  41.83 
 
 		 295 aa  210  3e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.746907  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  46.31 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  45.22 
 
 		 294 aa  209  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  42.86 
 
 		 300 aa  209  4e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  44.95 
 
 		 299 aa  209  7e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  41.32 
 
 		 298 aa  208  8e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0156  Polyprenyl synthetase  41.4 
 
 		 309 aa  208  1e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2704  farnesyl-diphosphate synthase  41.96 
 
 		 309 aa  208  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000153186  normal  0.671867 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0152  Polyprenyl synthetase  41.4 
 
 		 309 aa  208  1e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00117274  hitchhiker  0.00332618 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09331  polyprenyl synthetase  45.14 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0776  farnesyl-diphosphate synthase  43.36 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.10408 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  47.74 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_19000  farnesyltranstransferase  43.59 
 
 		 337 aa  206  5e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.916261  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17563  predicted protein  42.33 
 
 		 312 aa  205  6e-52  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0164113  normal  0.0513256 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2253  farnesyl-diphosphate synthase  46.67 
 
 		 303 aa  205  7e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0847122  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1025  polyprenyl synthetase  47.69 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>