More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0623 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0623  polyprenyl synthetase  100 
 
 		 308 aa  601  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.226314  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0495  polyprenyl synthetase  92.86 
 
 		 308 aa  545  1e-154  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0516  polyprenyl synthetase  83.12 
 
 		 308 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.472432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0313  polyprenyl synthetase  82.14 
 
 		 321 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7621  farnesyl-diphosphate synthase  83.67 
 
 		 307 aa  498  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0290776  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0497  polyprenyl synthetase  84.09 
 
 		 308 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.385542  normal  0.0104009 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0525  Polyprenyl synthetase  82.14 
 
 		 308 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0205  polyprenyl synthetase  63.08 
 
 		 308 aa  313  1.9999999999999998e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0937506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0423  polyprenyl synthetase  54.84 
 
 		 310 aa  298  7e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.175484 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0818  Polyprenyl synthetase  56.95 
 
 		 309 aa  298  9e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.238069 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1126  polyprenyl synthetase  55.63 
 
 		 304 aa  295  6e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7389  Polyprenyl synthetase  52.61 
 
 		 337 aa  290  2e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  56.72 
 
 		 305 aa  279  3e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1777  geranyltranstransferase  53.33 
 
 		 304 aa  279  4e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.66005  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0120  polyprenyl synthetase  50.33 
 
 		 300 aa  279  5e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1712  geranyltranstransferase  53 
 
 		 304 aa  275  6e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6645  polyprenyl synthetase  54.14 
 
 		 290 aa  263  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0105803 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2529  polyprenyl synthetase  52.81 
 
 		 320 aa  264  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2752  Polyprenyl synthetase  52.81 
 
 		 320 aa  264  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.882711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0780  polyprenyl synthetase  51.47 
 
 		 302 aa  258  9e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.175929  normal  0.724613 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0612  polyprenyl synthetase  52.63 
 
 		 323 aa  258  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2457  Polyprenyl synthetase  53.14 
 
 		 320 aa  256  5e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  0.426331 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4157  Polyprenyl synthetase  54.18 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3122  polyprenyl synthetase  53.57 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3829  Polyprenyl synthetase  54.18 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2253  farnesyl-diphosphate synthase  50 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0847122  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1198  polyprenyl synthetase  51.22 
 
 		 301 aa  239  4e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.805389  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  48.04 
 
 		 299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0848  farnesyl-diphosphate synthase  47.33 
 
 		 295 aa  233  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.840697  normal  0.407344 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  47.33 
 
 		 294 aa  232  5e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0088  Polyprenyl synthetase  49.28 
 
 		 311 aa  231  8.000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0102091  normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  46.55 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3315  polyprenyl synthetase  48.68 
 
 		 294 aa  229  6e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  46.91 
 
 		 295 aa  229  6e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0831  farnesyl-diphosphate synthase  43.52 
 
 		 295 aa  228  1e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000171972  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4337  geranyltranstransferase  54.74 
 
 		 283 aa  225  7e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.715875  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  46.95 
 
 		 292 aa  223  2e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  48.33 
 
 		 296 aa  219  5e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  42.05 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  43.79 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  44.63 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  44.3 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  44.89 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0022  farnesyl-diphosphate synthase  51.33 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3429  farnesyl-diphosphate synthase  51.17 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  47.37 
 
 		 306 aa  213  1.9999999999999998e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2183  Polyprenyl synthetase  47.14 
 
 		 297 aa  212  7e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000465843  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  44.94 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  42.67 
 
 		 300 aa  209  4e-53  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  42.72 
 
 		 299 aa  209  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1513  farnesyl-diphosphate synthase  44.16 
 
 		 297 aa  209  5e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0955  Polyprenyl synthetase  50.18 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1663  polyprenyl synthetase  43.98 
 
 		 295 aa  208  1e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.746907  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0156  Polyprenyl synthetase  43.38 
 
 		 309 aa  207  1e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0152  Polyprenyl synthetase  43.38 
 
 		 309 aa  207  1e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00117274  hitchhiker  0.00332618 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11601  polyprenyl synthetase  41.95 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  40.65 
 
 		 307 aa  206  3e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1500  polyprenyl synthetase  45.68 
 
 		 327 aa  206  4e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  44.3 
 
 		 297 aa  206  6e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1538  polyprenyl synthetase  40.96 
 
 		 294 aa  205  7e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000356422  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1746  farnesyl-diphosphate synthase  43.24 
 
 		 306 aa  205  7e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4487  polyprenyl synthetase  44.3 
 
 		 294 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  44.3 
 
 		 294 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  44.3 
 
 		 294 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.235577 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1456  farnesyl-diphosphate synthase  47.41 
 
 		 299 aa  205  9e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.292762  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  43.22 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4821  polyprenyl synthetase  44.3 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  43.96 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  42.64 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  43.62 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  44.3 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  43.7 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  41.12 
 
 		 297 aa  203  4e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  42.26 
 
 		 293 aa  202  5e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  43.62 
 
 		 293 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  44.3 
 
 		 294 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09331  polyprenyl synthetase  44.96 
 
 		 306 aa  202  6e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3432  farnesyl-diphosphate synthase  41.84 
 
 		 315 aa  202  8e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  41.89 
 
 		 293 aa  201  9e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  41.89 
 
 		 293 aa  201  9e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  41.89 
 
 		 293 aa  201  9e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2441  Polyprenyl synthetase  46.2 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  38.85 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  41.89 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  44.84 
 
 		 293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2320  Polyprenyl synthetase  42.96 
 
 		 297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0776  farnesyl-diphosphate synthase  45.52 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.10408 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  42.81 
 
 		 300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0880  farnesyl-diphosphate synthase  45.16 
 
 		 296 aa  199  3e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1902  Polyprenyl synthetase  42.41 
 
 		 294 aa  199  3e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.267224  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  42.16 
 
 		 291 aa  199  3.9999999999999996e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0274  geranyltranstransferase  40.85 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2755  farnesyl-diphosphate synthase  45.15 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  42.25 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17563  predicted protein  39.16 
 
 		 312 aa  199  6e-50  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0164113  normal  0.0513256 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3372  polyprenyl synthetase  43.75 
 
 		 298 aa  198  7.999999999999999e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2791  polyprenyl synthetase  47.35 
 
 		 289 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0405242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2921  farnesyl-diphosphate synthase  52.08 
 
 		 287 aa  198  7.999999999999999e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.766951 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2404  polyprenyl synthetase  43.71 
 
 		 297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0620494  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4030  polyprenyl synthetase  43.32 
 
 		 297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0332417  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>