More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1135 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1135  farnesyl-diphosphate synthase  100 
 
 		 289 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.129882  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2796  polyprenyl synthetase  98.96 
 
 		 289 aa  556  1e-157  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2791  polyprenyl synthetase  95.16 
 
 		 289 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0405242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3295  geranyltranstransferase  71.18 
 
 		 291 aa  329  3e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0089  farnesyl-diphosphate synthase  65.51 
 
 		 288 aa  309  4e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.930006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2921  farnesyl-diphosphate synthase  65.16 
 
 		 287 aa  293  2e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.766951 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0399  polyprenyl synthetase  58.3 
 
 		 287 aa  285  5.999999999999999e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2253  farnesyl-diphosphate synthase  56.44 
 
 		 303 aa  261  1e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0847122  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7389  Polyprenyl synthetase  53.49 
 
 		 337 aa  258  8e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  54.31 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0088  Polyprenyl synthetase  56.6 
 
 		 311 aa  236  3e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0102091  normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6645  polyprenyl synthetase  58.43 
 
 		 290 aa  233  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0105803 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  50.71 
 
 		 292 aa  231  1e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0423  polyprenyl synthetase  52.81 
 
 		 310 aa  229  3e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.175484 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  44.63 
 
 		 294 aa  228  1e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7621  farnesyl-diphosphate synthase  48.2 
 
 		 307 aa  225  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0290776  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0780  polyprenyl synthetase  56.61 
 
 		 302 aa  223  2e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.175929  normal  0.724613 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1126  polyprenyl synthetase  54.96 
 
 		 304 aa  223  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0516  polyprenyl synthetase  49.81 
 
 		 308 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.472432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  45.45 
 
 		 300 aa  221  8e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0313  polyprenyl synthetase  47.18 
 
 		 321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0623  polyprenyl synthetase  48.56 
 
 		 308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.226314  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2752  Polyprenyl synthetase  55.43 
 
 		 320 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.882711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2529  polyprenyl synthetase  55.43 
 
 		 320 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0525  Polyprenyl synthetase  47.51 
 
 		 308 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  48.14 
 
 		 294 aa  218  1e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0497  polyprenyl synthetase  50.57 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.385542  normal  0.0104009 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  47.97 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  48.62 
 
 		 293 aa  216  5e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0818  Polyprenyl synthetase  47.18 
 
 		 309 aa  216  5e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.238069 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0848  farnesyl-diphosphate synthase  48.48 
 
 		 295 aa  216  5e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.840697  normal  0.407344 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0612  polyprenyl synthetase  51.5 
 
 		 323 aa  215  9e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  46.35 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0495  polyprenyl synthetase  48.92 
 
 		 308 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1777  geranyltranstransferase  49.5 
 
 		 304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.66005  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0205  polyprenyl synthetase  55.76 
 
 		 308 aa  212  4.9999999999999996e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0937506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  47.3 
 
 		 293 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  44.59 
 
 		 293 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1198  polyprenyl synthetase  53.85 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.805389  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0413  geranyltranstransferase  44.59 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.058519  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  47.89 
 
 		 297 aa  209  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  47.3 
 
 		 293 aa  210  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0120  polyprenyl synthetase  43.14 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1712  geranyltranstransferase  49.17 
 
 		 304 aa  209  5e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  43.49 
 
 		 293 aa  209  6e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  44.78 
 
 		 295 aa  208  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  43.94 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  43.94 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  43.94 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  50.38 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  50.38 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  50.38 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  50.38 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  50.38 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  50.38 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  43.84 
 
 		 293 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  50.38 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  42.66 
 
 		 293 aa  206  4e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01174  geranyltranstransferase  48.91 
 
 		 294 aa  206  4e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  44.68 
 
 		 293 aa  205  7e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0274  geranyltranstransferase  44.44 
 
 		 304 aa  205  7e-52  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2457  Polyprenyl synthetase  54.68 
 
 		 320 aa  204  9e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  0.426331 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  43.77 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  44.52 
 
 		 293 aa  203  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  42.12 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  46.77 
 
 		 293 aa  202  4e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1456  farnesyl-diphosphate synthase  47.71 
 
 		 299 aa  202  4e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.292762  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  43.49 
 
 		 293 aa  202  8e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4157  Polyprenyl synthetase  51.66 
 
 		 304 aa  201  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1916  Polyprenyl synthetase  40.62 
 
 		 294 aa  201  9e-51  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0022  farnesyl-diphosphate synthase  54.04 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  41.44 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2194  polyprenyl synthetase  53.96 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  45.61 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  40.4 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2616  farnesyl-diphosphate synthase  48.64 
 
 		 294 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.394724 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2632  farnesyl-diphosphate synthase  49.06 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  40.75 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1025  polyprenyl synthetase  46.44 
 
 		 295 aa  199  6e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0818  geranyltranstransferase  47.16 
 
 		 300 aa  198  7e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  41.36 
 
 		 294 aa  198  7e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  46.26 
 
 		 297 aa  198  7e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  42.32 
 
 		 300 aa  198  9e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2404  polyprenyl synthetase  43.77 
 
 		 297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0620494  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1513  farnesyl-diphosphate synthase  44.74 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0613  geranyltranstransferase  46.62 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  45.8 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  45.79 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4821  polyprenyl synthetase  45.61 
 
 		 294 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0470  geranyltranstransferase  47.27 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11601  polyprenyl synthetase  41.1 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0525  geranyltranstransferase  47.27 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0464  geranyltranstransferase  47.45 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0462  geranyltranstransferase  47.45 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  45.79 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0483  geranyltranstransferase  47.45 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.351097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  45.04 
 
 		 299 aa  196  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  42.18 
 
 		 307 aa  195  6e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  44.59 
 
 		 294 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1643  Polyprenyl synthetase  43.92 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000512207 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>