More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0022 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0022  farnesyl-diphosphate synthase  100 
 
 		 297 aa  574  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2253  farnesyl-diphosphate synthase  63.48 
 
 		 303 aa  354  7.999999999999999e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0847122  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  60.42 
 
 		 305 aa  319  3e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2194  polyprenyl synthetase  65.65 
 
 		 306 aa  311  9e-84  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0780  polyprenyl synthetase  60.28 
 
 		 302 aa  282  5.000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.175929  normal  0.724613 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1198  polyprenyl synthetase  56.43 
 
 		 301 aa  267  1e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.805389  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0088  Polyprenyl synthetase  54.76 
 
 		 311 aa  260  2e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0102091  normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0313  polyprenyl synthetase  51.52 
 
 		 321 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0623  polyprenyl synthetase  51.33 
 
 		 308 aa  257  1e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.226314  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0516  polyprenyl synthetase  51.18 
 
 		 308 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.472432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0423  polyprenyl synthetase  51.53 
 
 		 310 aa  249  4e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.175484 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0848  farnesyl-diphosphate synthase  51.59 
 
 		 295 aa  246  2e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.840697  normal  0.407344 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7389  Polyprenyl synthetase  53.38 
 
 		 337 aa  246  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0525  Polyprenyl synthetase  50.17 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  46.98 
 
 		 300 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0818  Polyprenyl synthetase  50.51 
 
 		 309 aa  243  3e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.238069 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0495  polyprenyl synthetase  51.16 
 
 		 308 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7621  farnesyl-diphosphate synthase  48.66 
 
 		 307 aa  241  7.999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0290776  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3315  polyprenyl synthetase  51.71 
 
 		 294 aa  241  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  47.75 
 
 		 292 aa  240  2.9999999999999997e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1126  polyprenyl synthetase  54.55 
 
 		 304 aa  239  4e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0497  polyprenyl synthetase  50.17 
 
 		 308 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.385542  normal  0.0104009 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0205  polyprenyl synthetase  57.04 
 
 		 308 aa  234  9e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0937506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2529  polyprenyl synthetase  50.51 
 
 		 320 aa  233  3e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2752  Polyprenyl synthetase  50.51 
 
 		 320 aa  233  3e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.882711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0612  polyprenyl synthetase  54.89 
 
 		 323 aa  232  6e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0120  polyprenyl synthetase  44.59 
 
 		 300 aa  230  3e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1663  polyprenyl synthetase  44.82 
 
 		 295 aa  228  7e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.746907  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  43.88 
 
 		 293 aa  226  4e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  47.57 
 
 		 299 aa  225  8e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1777  geranyltranstransferase  50 
 
 		 304 aa  223  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.66005  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  49.66 
 
 		 295 aa  223  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  49.66 
 
 		 295 aa  223  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  52.09 
 
 		 297 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  44.64 
 
 		 293 aa  221  8e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  40.49 
 
 		 297 aa  221  8e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  43.51 
 
 		 293 aa  221  9e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  42.57 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  42.57 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0156  Polyprenyl synthetase  43.05 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0152  Polyprenyl synthetase  43.05 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00117274  hitchhiker  0.00332618 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  42.57 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  40.07 
 
 		 294 aa  219  3e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  42.57 
 
 		 293 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1712  geranyltranstransferase  49.66 
 
 		 304 aa  219  3e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  42.81 
 
 		 293 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  47.5 
 
 		 294 aa  219  3.9999999999999997e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  44.03 
 
 		 295 aa  218  7.999999999999999e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3841  farnesyl-diphosphate synthase  49.29 
 
 		 295 aa  217  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.599692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  49.24 
 
 		 293 aa  217  2e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  42.75 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0831  farnesyl-diphosphate synthase  41.16 
 
 		 295 aa  216  2.9999999999999998e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000171972  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  44.37 
 
 		 295 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  42.47 
 
 		 293 aa  216  5e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  46.02 
 
 		 306 aa  215  8e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2791  polyprenyl synthetase  52.63 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0405242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  46.72 
 
 		 297 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1705  polyprenyl synthetase  46.76 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0818  geranyltranstransferase  47.32 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  43.16 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  44.68 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  43.9 
 
 		 291 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  45.79 
 
 		 295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  42.12 
 
 		 293 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0528  polyprenyl synthetase  48.94 
 
 		 295 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0580  polyprenyl synthetase  48.48 
 
 		 295 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2457  Polyprenyl synthetase  49.67 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  0.426331 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6645  polyprenyl synthetase  52.08 
 
 		 290 aa  210  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0105803 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11560  geranyltranstransferase  48.64 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  43.9 
 
 		 291 aa  210  3e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1538  polyprenyl synthetase  41.11 
 
 		 294 aa  210  3e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000356422  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1058  geranyltranstransferase  48.64 
 
 		 295 aa  210  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  42.32 
 
 		 300 aa  209  6e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1456  farnesyl-diphosphate synthase  48.13 
 
 		 299 aa  209  7e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.292762  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2441  Polyprenyl synthetase  46.28 
 
 		 318 aa  208  9e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1975  geranyltranstransferase  45.21 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.668358  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1643  Polyprenyl synthetase  45.21 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000512207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0573  polyprenyl synthetase  49.3 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2796  polyprenyl synthetase  54.39 
 
 		 289 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0218  geranyltranstransferase  44.6 
 
 		 322 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.422645  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1633  geranyltranstransferase  44.6 
 
 		 322 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0906165  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4173  farnesyl-diphosphate synthase  41.35 
 
 		 316 aa  206  3e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  normal  0.522672 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1720  polyprenyl synthetase  44.6 
 
 		 322 aa  206  4e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0669938  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0562  polyprenyl synthetase  47.87 
 
 		 295 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  45.66 
 
 		 294 aa  205  7e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0605  polyprenyl synthetase  47.62 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.173751 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1135  farnesyl-diphosphate synthase  54.04 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.129882  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  45.83 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  40.48 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0699  geranyltranstransferase  46.6 
 
 		 295 aa  203  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  41.64 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  43.79 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1902  Polyprenyl synthetase  39.36 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.267224  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5006  farnesyl-diphosphate synthase  47.87 
 
 		 295 aa  203  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4821  polyprenyl synthetase  45.83 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  45.45 
 
 		 294 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  43.79 
 
 		 293 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4487  polyprenyl synthetase  45.45 
 
 		 294 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  45.45 
 
 		 294 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.235577 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0399  polyprenyl synthetase  52.65 
 
 		 287 aa  202  6e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>