More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2921 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2921  farnesyl-diphosphate synthase  100 
 
 		 287 aa  570  1e-161  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.766951 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2791  polyprenyl synthetase  65.16 
 
 		 289 aa  315  5e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0405242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0089  farnesyl-diphosphate synthase  63.41 
 
 		 288 aa  303  2.0000000000000002e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.930006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1135  farnesyl-diphosphate synthase  65.51 
 
 		 289 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.129882  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2796  polyprenyl synthetase  65.16 
 
 		 289 aa  301  1e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3295  geranyltranstransferase  63.57 
 
 		 291 aa  282  5.000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7621  farnesyl-diphosphate synthase  52.08 
 
 		 307 aa  247  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0290776  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0399  polyprenyl synthetase  56.39 
 
 		 287 aa  244  9e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0516  polyprenyl synthetase  52.08 
 
 		 308 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.472432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0313  polyprenyl synthetase  52.08 
 
 		 321 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0623  polyprenyl synthetase  52.08 
 
 		 308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.226314  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7389  Polyprenyl synthetase  52.06 
 
 		 337 aa  232  6e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0205  polyprenyl synthetase  59.62 
 
 		 308 aa  229  3e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0937506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0497  polyprenyl synthetase  51.7 
 
 		 308 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.385542  normal  0.0104009 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  49.82 
 
 		 305 aa  229  4e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0525  Polyprenyl synthetase  50.94 
 
 		 308 aa  228  9e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2253  farnesyl-diphosphate synthase  50.38 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0847122  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0495  polyprenyl synthetase  51.32 
 
 		 308 aa  223  2e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0423  polyprenyl synthetase  50.57 
 
 		 310 aa  211  7.999999999999999e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.175484 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  47.65 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  46.62 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  44.63 
 
 		 297 aa  208  6e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0120  polyprenyl synthetase  44.57 
 
 		 300 aa  208  9e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  45.49 
 
 		 294 aa  207  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6645  polyprenyl synthetase  53.56 
 
 		 290 aa  207  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0105803 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0088  Polyprenyl synthetase  51.15 
 
 		 311 aa  205  8e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0102091  normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0780  polyprenyl synthetase  51.7 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.175929  normal  0.724613 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0848  farnesyl-diphosphate synthase  46.28 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.840697  normal  0.407344 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0818  Polyprenyl synthetase  47.94 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.238069 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  41.55 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  42.66 
 
 		 293 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1126  polyprenyl synthetase  46.89 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  42.32 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  42.32 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  42.32 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  44.01 
 
 		 295 aa  199  6e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1538  polyprenyl synthetase  40.61 
 
 		 294 aa  199  6e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000356422  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1916  Polyprenyl synthetase  41.7 
 
 		 294 aa  198  7.999999999999999e-50  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1198  polyprenyl synthetase  51.76 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.805389  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  44.01 
 
 		 295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  42.81 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  47.52 
 
 		 292 aa  196  3e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  41.91 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1777  geranyltranstransferase  51.55 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.66005  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2752  Polyprenyl synthetase  50.94 
 
 		 320 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.882711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2529  polyprenyl synthetase  50.94 
 
 		 320 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1775  Polyprenyl synthetase  46.59 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0714998  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  45.04 
 
 		 306 aa  195  8.000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  45.35 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  46.91 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  47.39 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1513  farnesyl-diphosphate synthase  44.6 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  43.36 
 
 		 293 aa  193  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1025  polyprenyl synthetase  45 
 
 		 295 aa  192  4e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1712  geranyltranstransferase  51.16 
 
 		 304 aa  192  4e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  45.35 
 
 		 293 aa  192  5e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  43.53 
 
 		 293 aa  192  8e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2441  Polyprenyl synthetase  47.99 
 
 		 318 aa  191  2e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  44.78 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0818  geranyltranstransferase  46.37 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  41.88 
 
 		 293 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  41.09 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1500  polyprenyl synthetase  49.39 
 
 		 327 aa  189  4e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  45.73 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  41.24 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  46.59 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1746  farnesyl-diphosphate synthase  48.56 
 
 		 306 aa  189  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0612  polyprenyl synthetase  48.31 
 
 		 323 aa  188  9e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0880  farnesyl-diphosphate synthase  44.26 
 
 		 296 aa  187  1e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0413  geranyltranstransferase  42.86 
 
 		 294 aa  187  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.058519  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1663  polyprenyl synthetase  43.18 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.746907  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  46.79 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2457  Polyprenyl synthetase  48.31 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  0.426331 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0152  Polyprenyl synthetase  40.21 
 
 		 309 aa  186  3e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00117274  hitchhiker  0.00332618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0156  Polyprenyl synthetase  40.21 
 
 		 309 aa  186  3e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  46.42 
 
 		 293 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0098  farnesyl-diphosphate synthase  47.57 
 
 		 285 aa  186  4e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2632  farnesyl-diphosphate synthase  47.17 
 
 		 297 aa  185  8e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2074  geranyltranstransferase  41.73 
 
 		 290 aa  185  8e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00203562  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1788  geranyltranstransferase  42.11 
 
 		 290 aa  185  8e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.188169  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0022  farnesyl-diphosphate synthase  53.79 
 
 		 297 aa  185  9e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  47.73 
 
 		 291 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  43.56 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1705  polyprenyl synthetase  46.84 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11601  polyprenyl synthetase  42.16 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  39.86 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1902  Polyprenyl synthetase  40 
 
 		 294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.267224  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  40.98 
 
 		 297 aa  182  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2320  Polyprenyl synthetase  44.4 
 
 		 297 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0831  farnesyl-diphosphate synthase  39.73 
 
 		 295 aa  182  8.000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000171972  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01174  geranyltranstransferase  46.01 
 
 		 294 aa  181  9.000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0250  Polyprenyl synthetase  47.28 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3315  polyprenyl synthetase  45.33 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  46.24 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  46.24 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  44.4 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  50.18 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3432  farnesyl-diphosphate synthase  42.42 
 
 		 315 aa  180  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  50.18 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1456  farnesyl-diphosphate synthase  45.08 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.292762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>