More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05153 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05153  hypothetical protein  100 
 
 		 218 aa  447  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001276  transcriptional regulator VpsT  84.69 
 
 		 210 aa  381  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  42.23 
 
 		 217 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  38.53 
 
 		 232 aa  147  9e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03706  hypothetical protein  40.8 
 
 		 214 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002362  DNA-binding HTH domain-containing protein  44.58 
 
 		 214 aa  132  3.9999999999999996e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501055  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2814  LuxR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 214 aa  129  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3306  LuxR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 238 aa  128  6e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  35.81 
 
 		 222 aa  128  7.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  37.27 
 
 		 222 aa  125  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1238  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  42.96 
 
 		 216 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1253  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  42.96 
 
 		 216 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.705931 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2048  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  42.96 
 
 		 216 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0804096  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2231  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  42.96 
 
 		 216 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  normal  0.99411 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1208  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  42.96 
 
 		 216 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316434  normal  0.419874 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1556  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  42.96 
 
 		 216 aa  115  5e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417219  normal  0.369793 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  38.17 
 
 		 215 aa  115  6e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01037  DNA-binding transcriptional activator in two-component regulatory system  40.27 
 
 		 216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01044  hypothetical protein  40.27 
 
 		 216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2093  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  39.6 
 
 		 190 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1419  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  39.6 
 
 		 216 aa  113  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2559  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  39.6 
 
 		 216 aa  112  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.980478  normal  0.382247 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1158  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  39.6 
 
 		 216 aa  112  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.354651  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1159  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  39.6 
 
 		 216 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2605  transcriptional regulator, LuxR family  39.6 
 
 		 216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.196673  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  40 
 
 		 221 aa  112  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3333  response regulator receiver protein  38.24 
 
 		 196 aa  94  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1817  LuxR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 211 aa  87.4  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.596206  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  35.65 
 
 		 335 aa  85.9  4e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1517  transcriptional regulator, LuxR family protein  34.07 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.776537  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1880  LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 210 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3302  LuxR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2948  response regulator receiver protein  34.11 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126231 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2725  LuxR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 211 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2327  regulatory protein, LuxR  34.07 
 
 		 210 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03493  hypothetical protein  36.92 
 
 		 213 aa  77.8  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01507  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  31.62 
 
 		 159 aa  77  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.993499  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1446  response regulator receiver protein  35.56 
 
 		 210 aa  77  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0398792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0633  LuxR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 224 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2332  response regulator receiver protein  34.07 
 
 		 211 aa  75.5  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2316  LuxR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 211 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2386  LuxR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 211 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2509  LuxR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 211 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.592216  hitchhiker  0.00000482381 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1788  response regulator receiver protein  34.07 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1832  LuxR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2490  transcriptional regulator, LuxR family  34.07 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.230305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1796  response regulator receiver protein  34.07 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0644  LuxR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 221 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140532  unclonable  0.00000001613 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3945  LuxR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 221 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00801334  normal  0.811932 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 208 aa  73.9  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3704  LuxR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 220 aa  73.9  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0339608  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.22 
 
 		 213 aa  73.9  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1726  LuxR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 208 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.474249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2620  response regulator receiver protein  36.44 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.649971  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0236  LuxR family two component transcriptional regulator  38.24 
 
 		 218 aa  72.4  0.000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3887  LuxR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 221 aa  72  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000207134 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0720  LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 221 aa  71.6  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0333677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0560  transcriptional regulator, LuxR family protein  34.48 
 
 		 222 aa  71.6  0.000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3414  LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 221 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.295313  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0663  LuxR family DNA-binding response regulator  36.89 
 
 		 224 aa  71.2  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0697  LuxR family DNA-binding response regulator  36.89 
 
 		 224 aa  71.2  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0864  LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 255 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0863  transcriptional regulator, LuxR family  33.62 
 
 		 221 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3137  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3096  regulatory protein, LuxR  32.76 
 
 		 222 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.735562  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2759  response regulator receiver protein  29.63 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550861  normal  0.145492 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7009  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.19 
 
 		 218 aa  69.7  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0896567  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0632  two component LuxR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385785  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2635  response regulator receiver  28.11 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1563  two component LuxR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 257 aa  69.7  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.781509  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0840  response regulator receiver protein  32.76 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3194  LuxR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0232917  normal  0.227391 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 220 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0967  DNA-binding response regulator  57.14 
 
 		 209 aa  68.9  0.00000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.598364  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3043  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.27 
 
 		 225 aa  68.9  0.00000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000652561  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1936  response regulator receiver protein  35.92 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  68.6  0.00000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  68.6  0.00000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0875  LuxR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 221 aa  68.2  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1846  LuxR family two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 226 aa  68.2  0.00000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.699471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.32 
 
 		 231 aa  68.2  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4860  two component LuxR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.452521  normal  0.0798716 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4028  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 212 aa  67.8  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_601  DNA-binding response regulator, LuxR family  35.92 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3500  response regulator receiver protein  32.76 
 
 		 249 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0806  two component LuxR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 216 aa  67.8  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0340  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.24 
 
 		 217 aa  67.4  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00614189  hitchhiker  0.00317709 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3240  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.03 
 
 		 224 aa  67  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0956  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.38 
 
 		 221 aa  66.6  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4468  response regulator receiver protein  34.31 
 
 		 219 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0876299  normal  0.32237 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2510  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.91 
 
 		 217 aa  67.4  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4080  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.96 
 
 		 241 aa  67  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.858367 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  32.32 
 
 		 238 aa  67  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 219 aa  67  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2108  two component LuxR family transcriptional regulator  37 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4260  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.67 
 
 		 217 aa  66.2  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1737  regulatory protein LuxR  37.74 
 
 		 231 aa  66.6  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.117285  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>