164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_1024 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1024  exonuclease  100 
 
 		 236 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.747104  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.65 
 
 		 236 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.65 
 
 		 236 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.12 
 
 		 236 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.19 
 
 		 236 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  44.61 
 
 		 233 aa  139  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.32 
 
 		 233 aa  137  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  38.33 
 
 		 235 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  39.51 
 
 		 237 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.2 
 
 		 235 aa  133  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  36.65 
 
 		 237 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.08 
 
 		 240 aa  122  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  42.35 
 
 		 233 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.41 
 
 		 205 aa  104  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.63 
 
 		 232 aa  91.3  1e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.04 
 
 		 236 aa  88.6  8e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.31 
 
 		 232 aa  86.3  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2584  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.61 
 
 		 213 aa  84.7  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  27.57 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  28.37 
 
 		 249 aa  74.3  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  28.27 
 
 		 1390 aa  73.2  0.000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  30.77 
 
 		 240 aa  71.6  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  26 
 
 		 248 aa  70.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  28.04 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 		 238 aa  68.6  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.07 
 
 		 244 aa  68.2  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  26.55 
 
 		 205 aa  68.2  0.0000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  28.11 
 
 		 209 aa  67  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.75 
 
 		 203 aa  67.8  0.0000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  26.9 
 
 		 201 aa  67  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.03 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.1 
 
 		 209 aa  67  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.79 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  27.72 
 
 		 240 aa  64.7  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  26.02 
 
 		 238 aa  64.7  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  26.8 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  30.77 
 
 		 1426 aa  64.3  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  26.29 
 
 		 236 aa  64.7  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.71 
 
 		 238 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  26.13 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  28.88 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  29.41 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  25.58 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  26.21 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  28.16 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  28.86 
 
 		 1367 aa  61.6  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  28.86 
 
 		 1367 aa  61.6  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  28.76 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  26.67 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.52 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.88 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  25.39 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  27.75 
 
 		 222 aa  58.9  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  27.68 
 
 		 203 aa  58.2  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.38 
 
 		 205 aa  58.2  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  26.15 
 
 		 236 aa  58.2  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  25.68 
 
 		 238 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  29.41 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  26.11 
 
 		 238 aa  57  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  29.78 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  25.95 
 
 		 228 aa  57  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.13 
 
 		 233 aa  57  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  26.81 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  27.54 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  29.05 
 
 		 1397 aa  57  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  27 
 
 		 240 aa  56.6  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.28 
 
 		 230 aa  56.6  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  30.25 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.86 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.34 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  28.04 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.83 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  23.64 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  27.59 
 
 		 1433 aa  54.3  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  23.83 
 
 		 208 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  27.57 
 
 		 209 aa  53.5  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  32.74 
 
 		 616 aa  53.5  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  30.18 
 
 		 584 aa  53.5  0.000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  29.35 
 
 		 729 aa  52.8  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  31.49 
 
 		 695 aa  52.8  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.34 
 
 		 228 aa  52.4  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.94 
 
 		 695 aa  52  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.34 
 
 		 228 aa  52  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  27.6 
 
 		 1388 aa  52  0.000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.75 
 
 		 240 aa  51.2  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  25.81 
 
 		 205 aa  51.6  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.81 
 
 		 228 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.81 
 
 		 228 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.98 
 
 		 186 aa  50.8  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.47 
 
 		 207 aa  50.8  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  23.95 
 
 		 210 aa  50.8  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.05 
 
 		 240 aa  51.2  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.98 
 
 		 186 aa  51.2  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.23 
 
 		 228 aa  50.4  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  25.38 
 
 		 223 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 565 aa  50.1  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  28.28 
 
 		 1449 aa  50.1  0.00003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.63 
 
 		 228 aa  50.1  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  28.49 
 
 		 1407 aa  50.1  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.65 
 
 		 213 aa  50.1  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>