91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4152 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4152  porin  100 
 
 		 342 aa  687    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  77.36 
 
 		 348 aa  560  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  71.35 
 
 		 342 aa  501  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  69.57 
 
 		 344 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  68.48 
 
 		 347 aa  488  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  68.79 
 
 		 342 aa  481  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  64.33 
 
 		 353 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  65.14 
 
 		 346 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  61.02 
 
 		 369 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  62.46 
 
 		 354 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  62.46 
 
 		 354 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  62.23 
 
 		 361 aa  449  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  62.18 
 
 		 356 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  60.33 
 
 		 365 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  60.28 
 
 		 359 aa  437  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  57.62 
 
 		 353 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  53.85 
 
 		 351 aa  381  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  53.52 
 
 		 354 aa  371  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  53.52 
 
 		 354 aa  371  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  54.93 
 
 		 354 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  54.08 
 
 		 354 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  53.8 
 
 		 354 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  54.93 
 
 		 352 aa  365  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  53.8 
 
 		 354 aa  367  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  52.96 
 
 		 354 aa  366  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  54.08 
 
 		 354 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  53.8 
 
 		 354 aa  364  1e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  54.49 
 
 		 355 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  50.28 
 
 		 347 aa  331  1e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  50.28 
 
 		 372 aa  330  2e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  46.04 
 
 		 338 aa  280  3e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  35 
 
 		 351 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  34.72 
 
 		 346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  36.06 
 
 		 345 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  35.41 
 
 		 349 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  33.84 
 
 		 342 aa  182  7e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  34.64 
 
 		 346 aa  181  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  31.97 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  30.34 
 
 		 315 aa  139  6e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  31.17 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  31.15 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  30.12 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  30.06 
 
 		 308 aa  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  31.17 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  29.43 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  29.24 
 
 		 314 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  30.22 
 
 		 314 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  30.22 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  29.91 
 
 		 314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  29.91 
 
 		 314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  28.12 
 
 		 340 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  30.88 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  29.26 
 
 		 316 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  27.58 
 
 		 316 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  26.86 
 
 		 345 aa  100  3e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  26.44 
 
 		 302 aa  97.4  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  27.33 
 
 		 339 aa  92  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  26.7 
 
 		 362 aa  85.1  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  30 
 
 		 367 aa  77.4  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  26.22 
 
 		 357 aa  72.4  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  24.53 
 
 		 342 aa  65.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  25.99 
 
 		 349 aa  65.1  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  22.48 
 
 		 371 aa  57.4  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  23.68 
 
 		 374 aa  57  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  22.41 
 
 		 366 aa  50.8  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  26.59 
 
 		 354 aa  50.8  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000227625  unclonable  3.1886500000000004e-18 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4118  porin Gram-negative type  25.57 
 
 		 342 aa  50.4  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  26.36 
 
 		 361 aa  50.4  0.00004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000050808  unclonable  0.0000817359 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  31.18 
 
 		 363 aa  49.7  0.00008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4439  porin  25.62 
 
 		 369 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.989602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3975  porin  25.62 
 
 		 369 aa  48.1  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0863036  normal  0.0262262 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  25.29 
 
 		 350 aa  48.1  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2038  porin  24.15 
 
 		 360 aa  47.8  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  22.96 
 
 		 329 aa  47.4  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  23.81 
 
 		 338 aa  47  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4097  porin  24.92 
 
 		 367 aa  46.6  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.334732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  30.3 
 
 		 376 aa  46.2  0.0007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  23.15 
 
 		 344 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1463  porin  30.58 
 
 		 376 aa  45.4  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000881778  normal  0.0418658 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  26.52 
 
 		 365 aa  44.7  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2136  porin signal peptide protein  31.63 
 
 		 352 aa  45.1  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.101357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  27.27 
 
 		 394 aa  44.7  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1474  porin  21.71 
 
 		 311 aa  44.3  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0429  porin Gram-negative type  24.61 
 
 		 361 aa  43.1  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.568653 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3122  periplasmic-binding protein  31.13 
 
 		 413 aa  43.1  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00833115  normal  0.0608186 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5754  porin  25.35 
 
 		 368 aa  42.7  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  24.31 
 
 		 368 aa  42.7  0.008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000197819  unclonable  2.8842300000000004e-18 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  30.67 
 
 		 360 aa  42.7  0.008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4550  porin  25.35 
 
 		 368 aa  42.7  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.537681 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5307  porin Gram-negative type  27.16 
 
 		 361 aa  43.1  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  22.71 
 
 		 344 aa  42.7  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>