More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3975 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_4550  porin  94.29 
 
 		 368 aa  697    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.537681 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5754  porin  94.29 
 
 		 368 aa  697    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1242  putative outer membrane porin  82.75 
 
 		 371 aa  640    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4439  porin  98.92 
 
 		 369 aa  744    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.989602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1086  putative outer membrane porin  82.75 
 
 		 371 aa  640    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3975  porin  100 
 
 		 369 aa  753    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0863036  normal  0.0262262 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1437  outer membrane porin  82.75 
 
 		 371 aa  640    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.817141  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4097  porin  94.55 
 
 		 367 aa  698    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.334732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0213  putative outer membrane porin  82.75 
 
 		 371 aa  640    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2592  outer membrane porin protein  82.75 
 
 		 371 aa  640    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0486  putative outer membrane porin  82.75 
 
 		 371 aa  640    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.278408  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3818  porin  94.04 
 
 		 369 aa  671    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1296  outer membrane protein (porin)  94.29 
 
 		 368 aa  701    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.066565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1412  porin  82.75 
 
 		 371 aa  637    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.170387  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1352  outer membrane porin  82.75 
 
 		 371 aa  640    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0561388  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5307  porin Gram-negative type  78.83 
 
 		 361 aa  584  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3611  porin  74.25 
 
 		 370 aa  554  1e-157  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0843  OmpC family outer membrane porin  47.78 
 
 		 375 aa  301  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0712597 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2999  porin Gram-negative type  45.79 
 
 		 354 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2589  porin Gram-negative type  45.51 
 
 		 358 aa  289  6e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0884  porin  47.27 
 
 		 362 aa  289  6e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.273334  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1091  putative outer membrane porin  46.99 
 
 		 363 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.432467  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0743  outer membrane porin, putative  46.99 
 
 		 362 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000425296  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1244  porin  46.99 
 
 		 362 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289233  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2270  putative outer membrane porin  46.99 
 
 		 362 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1583  putative outer membrane porin  46.99 
 
 		 362 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0360665  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3014  putative outer membrane porin  46.99 
 
 		 362 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000144829  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1086  putative outer membrane porin  46.99 
 
 		 362 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.420468  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2314  porin  44 
 
 		 350 aa  269  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224998 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0880  outer membrane protein (porin)-like protein  46.5 
 
 		 360 aa  269  7e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5737  outer membrane protein (porin)-like  46.37 
 
 		 359 aa  267  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0160198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2455  outer membrane protein (porin)-like protein  46.5 
 
 		 361 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00019464  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2167  OmpC family outer membrane porin  46.15 
 
 		 369 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000159789  hitchhiker  0.00000436019 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2320  outer membrane protein (porin)-like protein  45.66 
 
 		 360 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0798185  normal  0.76892 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2414  outer membrane protein (porin)-like protein  46.09 
 
 		 358 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200003  decreased coverage  0.00381795 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2410  outer membrane protein (porin)-like protein  45.81 
 
 		 359 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.08631  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1798  outer membrane protein (porin)-like  45.81 
 
 		 359 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.660059  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2760  putative porin signal peptide protein  42.41 
 
 		 353 aa  258  1e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.102409  normal  0.556039 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6806  OmpC family outer membrane porin  43.75 
 
 		 383 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1119  outer membrane porin, OmpC family  43.57 
 
 		 383 aa  249  5e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.561071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3394  OmpC family outer membrane porin  43.57 
 
 		 383 aa  249  6e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2271  porin  40.85 
 
 		 355 aa  249  8e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0154536  hitchhiker  0.000000413543 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6941  outer membrane protein (porin)  41.01 
 
 		 373 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000000310318  normal  0.643054 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7242  outer membrane protein (porin)  39.3 
 
 		 372 aa  242  7e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.264722  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2136  porin signal peptide protein  40.57 
 
 		 352 aa  237  3e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.101357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1174  porin  38.99 
 
 		 363 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1313  OmpC family outer membrane porin  35.96 
 
 		 399 aa  215  8e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0122268  normal  0.936999 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2933  porin  37.85 
 
 		 365 aa  215  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435653 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1236  outer membrane porin lipoprotein transmembrane  38.19 
 
 		 369 aa  205  9e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3132  porin  33.04 
 
 		 376 aa  177  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.011649  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  32.81 
 
 		 365 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  33.68 
 
 		 386 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  33.68 
 
 		 386 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  31.56 
 
 		 355 aa  139  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  33.69 
 
 		 449 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  33.06 
 
 		 363 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  32.33 
 
 		 364 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  33.42 
 
 		 363 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  33.42 
 
 		 363 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  32.8 
 
 		 363 aa  135  9e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  32.8 
 
 		 363 aa  135  9e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  32.8 
 
 		 363 aa  135  9e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  32.08 
 
 		 374 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  32.21 
 
 		 352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  32.89 
 
 		 363 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  31.05 
 
 		 368 aa  133  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  32.41 
 
 		 372 aa  133  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  31.55 
 
 		 377 aa  132  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  31.11 
 
 		 367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  30.73 
 
 		 379 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  30.73 
 
 		 379 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  30.97 
 
 		 367 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  29.56 
 
 		 371 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  31.25 
 
 		 351 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  33.03 
 
 		 357 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  31.97 
 
 		 368 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  31.47 
 
 		 355 aa  129  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  31.9 
 
 		 379 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  30.5 
 
 		 355 aa  129  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  30.5 
 
 		 355 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  30.93 
 
 		 358 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  31.03 
 
 		 363 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  30.77 
 
 		 352 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3528  OmpC family outer membrane porin  31.7 
 
 		 372 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  30.89 
 
 		 354 aa  126  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  31.88 
 
 		 361 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  29.18 
 
 		 389 aa  125  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  33.44 
 
 		 392 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  31.39 
 
 		 371 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  31.23 
 
 		 383 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  31.82 
 
 		 354 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  27.38 
 
 		 392 aa  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  31.82 
 
 		 363 aa  123  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  27.38 
 
 		 392 aa  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  31.87 
 
 		 363 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  31.66 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  30.9 
 
 		 353 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  29.63 
 
 		 373 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  31.66 
 
 		 363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  32.51 
 
 		 357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>