More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3132 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3132  porin  100 
 
 		 376 aa  761    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.011649  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2589  porin Gram-negative type  39.28 
 
 		 358 aa  242  7e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2999  porin Gram-negative type  39.54 
 
 		 354 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2271  porin  37.1 
 
 		 355 aa  212  7e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0154536  hitchhiker  0.000000413543 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2760  putative porin signal peptide protein  38.44 
 
 		 353 aa  210  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.102409  normal  0.556039 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2136  porin signal peptide protein  35.44 
 
 		 352 aa  199  6e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.101357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2314  porin  35.14 
 
 		 350 aa  189  5e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224998 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1174  porin  33.05 
 
 		 363 aa  189  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1412  porin  33.33 
 
 		 371 aa  182  7e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.170387  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2933  porin  32.05 
 
 		 365 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435653 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1242  putative outer membrane porin  32.77 
 
 		 371 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0213  putative outer membrane porin  32.77 
 
 		 371 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0486  putative outer membrane porin  32.77 
 
 		 371 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.278408  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1086  putative outer membrane porin  32.77 
 
 		 371 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2592  outer membrane porin protein  32.77 
 
 		 371 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1437  outer membrane porin  32.77 
 
 		 371 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.817141  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1352  outer membrane porin  32.77 
 
 		 371 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0561388  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4097  porin  33.04 
 
 		 367 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.334732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4550  porin  33.14 
 
 		 368 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.537681 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1296  outer membrane protein (porin)  33.14 
 
 		 368 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.066565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5754  porin  33.14 
 
 		 368 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4439  porin  33.04 
 
 		 369 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.989602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3975  porin  33.04 
 
 		 369 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0863036  normal  0.0262262 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1236  outer membrane porin lipoprotein transmembrane  31.34 
 
 		 369 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5307  porin Gram-negative type  33.33 
 
 		 361 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3818  porin  32.95 
 
 		 369 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3611  porin  30.75 
 
 		 370 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0880  outer membrane protein (porin)-like protein  34.99 
 
 		 360 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0743  outer membrane porin, putative  33.42 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000425296  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2270  putative outer membrane porin  33.42 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1244  porin  33.42 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289233  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3014  putative outer membrane porin  33.42 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000144829  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1583  putative outer membrane porin  33.42 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0360665  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1091  putative outer membrane porin  33.42 
 
 		 363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.432467  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2320  outer membrane protein (porin)-like protein  34.49 
 
 		 360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0798185  normal  0.76892 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1086  putative outer membrane porin  33.42 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.420468  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2455  outer membrane protein (porin)-like protein  34.78 
 
 		 361 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00019464  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5737  outer membrane protein (porin)-like  33.14 
 
 		 359 aa  163  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0160198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0843  OmpC family outer membrane porin  32.8 
 
 		 375 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0712597 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2414  outer membrane protein (porin)-like protein  33.53 
 
 		 358 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200003  decreased coverage  0.00381795 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1798  outer membrane protein (porin)-like  33.53 
 
 		 359 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.660059  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2410  outer membrane protein (porin)-like protein  33.53 
 
 		 359 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.08631  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0884  porin  32.6 
 
 		 362 aa  159  8e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.273334  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2167  OmpC family outer membrane porin  32.24 
 
 		 369 aa  144  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000159789  hitchhiker  0.00000436019 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6806  OmpC family outer membrane porin  31.77 
 
 		 383 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1119  outer membrane porin, OmpC family  31.15 
 
 		 383 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.561071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3394  OmpC family outer membrane porin  30.6 
 
 		 383 aa  137  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6941  outer membrane protein (porin)  28.61 
 
 		 373 aa  133  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000000310318  normal  0.643054 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7242  outer membrane protein (porin)  28.8 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.264722  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1313  OmpC family outer membrane porin  26.81 
 
 		 399 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0122268  normal  0.936999 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1323  outer membrane porin protein precursor  31.17 
 
 		 357 aa  97.4  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2974  outer membrane porin  31.17 
 
 		 354 aa  97.4  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.598026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3099  outer membrane porin  31.17 
 
 		 354 aa  97.4  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.345873  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  29.91 
 
 		 357 aa  92.8  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  28.47 
 
 		 351 aa  89.7  7e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  29.23 
 
 		 372 aa  89.7  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  28.06 
 
 		 367 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6498  porin  25.86 
 
 		 390 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0845493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4922  porin  25.94 
 
 		 390 aa  86.3  9e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3241  porin  25.94 
 
 		 390 aa  86.3  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.535768 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3126  porin  31.96 
 
 		 394 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0189644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7056  porin Gram-negative type  26.51 
 
 		 357 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.38539 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  25.89 
 
 		 377 aa  84  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0172  OmpC family outer membrane porin  26.3 
 
 		 357 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  25.27 
 
 		 362 aa  82.8  0.000000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  27.01 
 
 		 355 aa  82.8  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3981  porin  28.78 
 
 		 359 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0266554 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  28.37 
 
 		 363 aa  82.8  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  26.32 
 
 		 350 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  25.56 
 
 		 358 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  25.52 
 
 		 351 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  26.76 
 
 		 350 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  28.77 
 
 		 365 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  26.57 
 
 		 350 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0218  OmpC family outer membrane porin  33.85 
 
 		 392 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  26.57 
 
 		 350 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  26.67 
 
 		 356 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1720  outer membrane porin OpcP  30 
 
 		 400 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34502  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  28.57 
 
 		 338 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1122  putative porin OpcP1  30 
 
 		 400 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.943534  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0957  porin  30 
 
 		 400 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4571  porin  28.27 
 
 		 359 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.442786  hitchhiker  0.0000361687 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2281  outer membrane porin  30 
 
 		 400 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  27 
 
 		 356 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  27 
 
 		 356 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4106  porin  28.78 
 
 		 359 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437968  normal  0.0586067 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0215  outer membrane porin OpcP  30.54 
 
 		 382 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4712  porin  27.44 
 
 		 359 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.875326  normal  0.163784 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5588  porin  27.5 
 
 		 359 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406297 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3655  porin  27.44 
 
 		 359 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228307  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  28.05 
 
 		 371 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  25.16 
 
 		 352 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  25.16 
 
 		 352 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  26.67 
 
 		 356 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3119  outer membrane porin  28.85 
 
 		 430 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0341441  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0106  OmpC family outer membrane porin  29.82 
 
 		 398 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  24.43 
 
 		 356 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1504  outer membrane porin OpcP  26.32 
 
 		 496 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1043  porin  29.5 
 
 		 400 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5210  outer membrane protein (porin)  28.52 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00719172  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>