More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1514 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1514  response regulator receiver protein  100 
 
 		 382 aa  771    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.222117  hitchhiker  0.00633337 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1383  response regulator  68.78 
 
 		 409 aa  543  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3594  response regulator receiver protein  29.58 
 
 		 376 aa  155  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0012  response regulator receiver  29.82 
 
 		 377 aa  146  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0552217 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3172  response regulator receiver  30.48 
 
 		 374 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1276  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 364 aa  139  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0129335  normal  0.0561968 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1181  response regulator receiver protein  27.2 
 
 		 364 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.27125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0909  response regulator receiver protein  25.87 
 
 		 364 aa  133  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0924607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1085  response regulator receiver protein  26.5 
 
 		 364 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0724924  normal  0.0804122 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3199  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  46.67 
 
 		 339 aa  107  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1278  sensory box protein/response regulator  47.86 
 
 		 705 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.517683  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4003  response regulator  47.46 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3141  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  50.49 
 
 		 338 aa  105  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0716  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  49.51 
 
 		 338 aa  103  5e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3306  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  49.51 
 
 		 338 aa  103  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3418  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  49.51 
 
 		 338 aa  103  5e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0860  response regulator  47.66 
 
 		 339 aa  103  7e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2951  response regulator receiver protein  50.48 
 
 		 340 aa  102  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.129077 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2248  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  42.74 
 
 		 331 aa  101  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0859  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  44.17 
 
 		 338 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0871  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  44.17 
 
 		 338 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3504  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  44.17 
 
 		 338 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2505  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  43.97 
 
 		 331 aa  101  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0629  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  49.51 
 
 		 339 aa  100  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 318 aa  100  4e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0836  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  44.17 
 
 		 338 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  46.96 
 
 		 705 aa  100  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.1 
 
 		 300 aa  100  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 469 aa  99.8  8e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4030  response regulator receiver protein  38.39 
 
 		 216 aa  98.2  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000171088  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0981  response regulator receiver protein  44.86 
 
 		 155 aa  98.6  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3408  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  46.79 
 
 		 346 aa  98.6  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 349 aa  97.8  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0479  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  47.17 
 
 		 350 aa  97.8  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.35 
 
 		 457 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3111  response regulator receiver protein  30.62 
 
 		 328 aa  96.7  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0637882 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0045  adenylate/guanylate cyclase  48.25 
 
 		 382 aa  96.3  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1899  multisensor signal transduction histidine kinase  43.59 
 
 		 462 aa  96.3  8e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.970297  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3549  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  46.23 
 
 		 348 aa  96.3  9e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2575  chitin degradation sensor protein  38.4 
 
 		 1127 aa  95.9  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 457 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  44.14 
 
 		 302 aa  95.9  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2855  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.09 
 
 		 348 aa  95.5  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3328  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.6 
 
 		 711 aa  95.5  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3723  response regulator receiver  42.37 
 
 		 338 aa  95.5  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0481  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  46.23 
 
 		 348 aa  95.9  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.86 
 
 		 1559 aa  95.1  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03429  two-component system response regulator (hybrid family) protein  45.87 
 
 		 358 aa  95.1  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 457 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01756  Response regulator CheB (receptor modification enzyme, protein-glutamate methylesterase)  40.52 
 
 		 337 aa  94.7  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.844049  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  39.85 
 
 		 305 aa  95.1  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  36.89 
 
 		 306 aa  94.4  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002587  chitin catabolic cascade sensor histidine kinase ChiS  37.16 
 
 		 1111 aa  94.4  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 301 aa  94  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0360  response regulator receiver protein  36.25 
 
 		 204 aa  93.6  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000726536 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03422  hypothetical protein  39.68 
 
 		 1128 aa  93.6  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.19 
 
 		 457 aa  93.6  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2281  two component transcriptional regulator  41.46 
 
 		 229 aa  93.6  5e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.331932  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  28.42 
 
 		 1278 aa  93.2  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2231  two component transcriptional regulator  40.5 
 
 		 234 aa  93.2  7e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2399  response regulator receiver protein  40.34 
 
 		 121 aa  93.2  7e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.732485 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  44.74 
 
 		 457 aa  93.2  7e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0481  response regulator receiver protein  44.07 
 
 		 523 aa  93.2  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  42.98 
 
 		 457 aa  92.8  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 457 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 204 aa  92.8  8e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 457 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 454 aa  92.8  8e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1236  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.52 
 
 		 386 aa  92.8  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.493129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1243  response regulator receiver domain-containing protein  39.47 
 
 		 121 aa  92.8  9e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.253807 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3676  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  46.53 
 
 		 328 aa  92.4  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 457 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 312 aa  92.4  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  42.11 
 
 		 457 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.07 
 
 		 1002 aa  92.4  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.24 
 
 		 704 aa  92.4  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18291  two-component response regulator  35.85 
 
 		 248 aa  92  1e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.276613  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  42.61 
 
 		 454 aa  92  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1086  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40.98 
 
 		 331 aa  92.4  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.226857  hitchhiker  0.0000000112469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  42.11 
 
 		 457 aa  92.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0483  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.22 
 
 		 524 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3547  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.22 
 
 		 524 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3274  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.1 
 
 		 383 aa  92  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  37.93 
 
 		 1388 aa  91.7  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2699  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  50.96 
 
 		 328 aa  91.7  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0809  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 367 aa  91.7  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.59 
 
 		 310 aa  91.7  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  39.34 
 
 		 462 aa  91.7  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0095  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 249 aa  91.7  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 338 aa  92  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 236 aa  91.7  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1761  two component LuxR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 311 aa  91.7  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1354  two component LuxR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 349 aa  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0150  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  39.32 
 
 		 1177 aa  91.7  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0975  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.1 
 
 		 383 aa  92  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18111  two-component response regulator  35.22 
 
 		 248 aa  91.7  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1018  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.06 
 
 		 441 aa  92  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00729938  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3313  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  45.05 
 
 		 343 aa  91.3  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000482447 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5143  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.66 
 
 		 408 aa  90.9  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3165  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  41.03 
 
 		 367 aa  90.9  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0569095  normal  0.0154692 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>