More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1383 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1383  response regulator  100 
 
 		 409 aa  835    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1514  response regulator receiver protein  68.78 
 
 		 382 aa  543  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.222117  hitchhiker  0.00633337 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0012  response regulator receiver  29.45 
 
 		 377 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0552217 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3594  response regulator receiver protein  28.27 
 
 		 376 aa  145  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3172  response regulator receiver  29.79 
 
 		 374 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1181  response regulator receiver protein  27.32 
 
 		 364 aa  123  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.27125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1276  response regulator receiver protein  27.25 
 
 		 364 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0129335  normal  0.0561968 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1085  response regulator receiver protein  25.61 
 
 		 364 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0724924  normal  0.0804122 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0909  response regulator receiver protein  25.57 
 
 		 364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0924607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3141  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.66 
 
 		 338 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3199  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  38.51 
 
 		 339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0716  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.08 
 
 		 338 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3306  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.08 
 
 		 338 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3418  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.08 
 
 		 338 aa  110  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0860  response regulator  38.51 
 
 		 339 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3313  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  38.86 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000482447 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  48.31 
 
 		 705 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0962  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40 
 
 		 377 aa  107  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.115091  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2951  response regulator receiver protein  38.51 
 
 		 340 aa  107  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.129077 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.54 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2505  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  44.07 
 
 		 331 aa  107  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0871  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  46.67 
 
 		 338 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1044  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40 
 
 		 377 aa  107  5e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0516082 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0836  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  46.67 
 
 		 338 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3504  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  46.67 
 
 		 338 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0859  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  46.67 
 
 		 338 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1278  sensory box protein/response regulator  47.11 
 
 		 705 aa  106  7e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.517683  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.54 
 
 		 300 aa  106  7e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25160  response regulator  35.83 
 
 		 356 aa  106  9e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01756  Response regulator CheB (receptor modification enzyme, protein-glutamate methylesterase)  34.88 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.844049  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0629  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  45.83 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  31.06 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3408  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  38.29 
 
 		 346 aa  105  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2248  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.65 
 
 		 331 aa  104  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2064  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.86 
 
 		 395 aa  102  9e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18463  normal  0.544249 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4003  response regulator  37.5 
 
 		 357 aa  102  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4030  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 216 aa  102  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000171088  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2188  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.67 
 
 		 384 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00677544 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0109  two component transcriptional regulator  44.72 
 
 		 253 aa  100  3e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.427788  normal  0.468211 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3676  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.26 
 
 		 328 aa  101  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2575  chitin degradation sensor protein  38.46 
 
 		 1127 aa  100  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2743  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.32 
 
 		 395 aa  100  5e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3359  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.32 
 
 		 395 aa  100  5e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.361398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3111  response regulator receiver protein  31.34 
 
 		 328 aa  100  7e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0637882 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  44.07 
 
 		 305 aa  99.8  7e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4060  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  43.22 
 
 		 365 aa  99.8  9e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0748941 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0153  two component transcriptional regulator  43.09 
 
 		 253 aa  99  1e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.711737  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 349 aa  99  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3723  response regulator receiver  35.47 
 
 		 338 aa  99.4  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1115  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.22 
 
 		 243 aa  99.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0950226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0007  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.54 
 
 		 379 aa  98.6  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.829613  normal  0.0284762 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01831  two-component response regulator  45.08 
 
 		 290 aa  98.6  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0912  metal-dependent phosphohydrolase HD sub domain protein  27.76 
 
 		 371 aa  98.6  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1086  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  43.8 
 
 		 331 aa  97.8  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.226857  hitchhiker  0.0000000112469 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  36.75 
 
 		 1278 aa  97.8  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0045  adenylate/guanylate cyclase  45.38 
 
 		 382 aa  97.4  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 338 aa  97.4  4e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1878  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 		 242 aa  97.4  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.559477 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1453  two component transcriptional regulator  46.22 
 
 		 244 aa  97.4  4e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.952418  normal  0.0249242 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4465  adenylate/guanylate cyclase  45 
 
 		 561 aa  97.4  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.419976 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  31.77 
 
 		 306 aa  97.1  5e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3274  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.69 
 
 		 383 aa  97.1  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  34.59 
 
 		 407 aa  96.7  6e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2833  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.04 
 
 		 360 aa  96.7  6e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.809465  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0954  two component transcriptional regulator  46.22 
 
 		 243 aa  96.7  6e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0817018 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.22 
 
 		 247 aa  96.7  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0975  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.69 
 
 		 383 aa  96.7  8e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0356  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  37.71 
 
 		 360 aa  95.9  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 301 aa  95.9  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03422  hypothetical protein  39.66 
 
 		 1128 aa  95.9  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0821  two component transcriptional regulator  35.5 
 
 		 232 aa  95.9  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  hitchhiker  0.00503775 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01511  two-component response regulator  44.54 
 
 		 248 aa  95.5  1e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0581  winged helix family two component transcriptional regulator  46.22 
 
 		 242 aa  96.3  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.296955  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002587  chitin catabolic cascade sensor histidine kinase ChiS  39.66 
 
 		 1111 aa  95.5  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  39.67 
 
 		 462 aa  95.5  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01531  two-component response regulator  44.54 
 
 		 248 aa  95.1  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3553  response regulator receiver  37.23 
 
 		 384 aa  94.7  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.739627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0759  two component transcriptional regulator  34.88 
 
 		 223 aa  95.1  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128917  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0136  two component transcriptional regulator  44.54 
 
 		 248 aa  95.5  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3165  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  41.38 
 
 		 367 aa  95.5  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0569095  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4068  response regulator receiver  40.52 
 
 		 377 aa  94.4  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.706307  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0150  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  40.18 
 
 		 1177 aa  94.4  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  40.48 
 
 		 454 aa  94.7  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 469 aa  94.4  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1761  two component LuxR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 311 aa  94.7  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1257  two component transcriptional regulator  35.03 
 
 		 229 aa  94.7  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.536699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 215 aa  94.4  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.115662  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01621  two-component response regulator  44.54 
 
 		 248 aa  94.4  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.367767  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2353  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.22 
 
 		 243 aa  94.4  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0794558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0981  response regulator receiver protein  44.14 
 
 		 155 aa  94  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.26 
 
 		 593 aa  94  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.17 
 
 		 464 aa  94.4  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.26 
 
 		 593 aa  94  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4229  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.46 
 
 		 383 aa  94  4e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.599633  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1474  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  29.17 
 
 		 345 aa  94.4  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2302  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.22 
 
 		 243 aa  94.4  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.3 
 
 		 481 aa  94  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 304 aa  93.6  5e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.34 
 
 		 1559 aa  93.6  6e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1941  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.79 
 
 		 395 aa  93.6  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0596409  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>