More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1085 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1085  response regulator receiver protein  100 
 
 		 364 aa  751    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0724924  normal  0.0804122 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1181  response regulator receiver protein  71.98 
 
 		 364 aa  552  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.27125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1276  response regulator receiver protein  71.15 
 
 		 364 aa  545  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0129335  normal  0.0561968 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0909  response regulator receiver protein  65.18 
 
 		 364 aa  487  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0924607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3172  response regulator receiver  31.36 
 
 		 374 aa  153  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1514  response regulator receiver protein  26.5 
 
 		 382 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.222117  hitchhiker  0.00633337 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0012  response regulator receiver  25.36 
 
 		 377 aa  129  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0552217 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1383  response regulator  25.61 
 
 		 409 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3594  response regulator receiver protein  25.07 
 
 		 376 aa  109  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3110  response regulator receiver domain-containing protein  25.45 
 
 		 397 aa  93.2  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  34.72 
 
 		 227 aa  85.9  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  35.96 
 
 		 248 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  35.46 
 
 		 246 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  35.46 
 
 		 246 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  34.56 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3280  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  34.56 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  34.31 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  38.6 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4166  response regulator  31.5 
 
 		 508 aa  82.4  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.84 
 
 		 246 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 481 aa  82.4  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 481 aa  82.4  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  37.72 
 
 		 246 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.08 
 
 		 353 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3661  two component transcriptional regulator  35.65 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.394742  normal  0.594777 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3019  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 455 aa  80.9  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2270  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 244 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.826925  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2623  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 456 aa  80.9  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  33.87 
 
 		 229 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4261  DNA-binding response regulator  32.2 
 
 		 233 aa  80.5  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0573  two component transcriptional regulator  29.7 
 
 		 243 aa  80.5  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.437899  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  33.87 
 
 		 229 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  33.87 
 
 		 229 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.96 
 
 		 503 aa  80.5  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3794  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 		 376 aa  80.1  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0277983  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  32.32 
 
 		 249 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0280  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 228 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.123527 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22760  putative two-component response regulator  34.21 
 
 		 225 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0539892 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.87 
 
 		 229 aa  80.1  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2062  response regulator receiver protein  35.38 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  33.87 
 
 		 229 aa  79.7  0.00000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  33.87 
 
 		 229 aa  79.7  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2429  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  26.59 
 
 		 480 aa  79.7  0.00000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.129673 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 308 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1831  two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 225 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.989444  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0087  transcriptional regulatory protein  35.9 
 
 		 228 aa  79  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.701272  normal  0.0818275 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1998  two component transcriptional regulator  32.56 
 
 		 240 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0541046  normal  0.0777049 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0515  two component transcriptional regulator  28.48 
 
 		 244 aa  79  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000767404  normal  0.580599 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 308 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3588  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 		 234 aa  79  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1922  putative two-component response regulator  34.21 
 
 		 225 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3620  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.6 
 
 		 235 aa  77.8  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2064  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.88 
 
 		 395 aa  78.6  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18463  normal  0.544249 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3585  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.03 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0667387  hitchhiker  0.00000255607 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2999  response regulator receiver (CheY-like) modulated metal dependent phosphohydrolase  34.06 
 
 		 361 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.669597 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.86 
 
 		 593 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2235  two component transcriptional regulator  33.09 
 
 		 236 aa  78.6  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0373  two component transcriptional regulator  31.03 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.86 
 
 		 593 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1483  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.47 
 
 		 374 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0111  two component transcriptional regulator  35.14 
 
 		 239 aa  78.2  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1510  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.47 
 
 		 374 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 338 aa  78.6  0.0000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4297  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.18 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4229  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.58 
 
 		 383 aa  77.4  0.0000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.599633  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 432 aa  77.4  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0321  two component transcriptional regulator  32.84 
 
 		 406 aa  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0181  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 423 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000041492 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  31.62 
 
 		 241 aa  77.4  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0440  winged helix family two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.79352 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0990  transcriptional regulator  32.59 
 
 		 224 aa  77.8  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000166767  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4185  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.18 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03140  two component response regulator transcription regulator protein  33.05 
 
 		 245 aa  77.4  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.249511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0297  two component transcriptional regulator  37.8 
 
 		 240 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0163  multi-component transcriptional regulator  34.75 
 
 		 725 aa  77.4  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.892768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0094  two component transcriptional regulator  35.34 
 
 		 246 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  30.41 
 
 		 243 aa  77  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.3 
 
 		 465 aa  77  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 271 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0149  DNA-binding response regulator  39.5 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0760476  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2282  DNA-binding response regulator  39.5 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0153588  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0353  DNA-binding response regulator  39.5 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.450752  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2360  DNA-binding response regulator  39.5 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.405701  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0158  Fis family DNA-binding response regulator  39.5 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.135474  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2798  DNA-binding response regulator  39.5 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5000  DNA-binding response regulator CreB  28.22 
 
 		 229 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0168  Fis family DNA-binding response regulator  39.5 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.75283  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 261 aa  76.6  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  33.06 
 
 		 229 aa  76.6  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0196  two component transcriptional regulator  31.3 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  33.06 
 
 		 229 aa  76.6  0.0000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1772  two component transcriptional regulator, Fis family  31.25 
 
 		 227 aa  76.3  0.0000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.979845 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 271 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0381  two component transcriptional regulator  34.19 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.638697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0836  response regulator receiver protein  35.09 
 
 		 395 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1032  response regulator  25 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0894814  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  33.61 
 
 		 252 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  30.51 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>