More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2270 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2270  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 244 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.826925  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3280  two component transcriptional regulator  80.89 
 
 		 246 aa  400  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3376  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.77 
 
 		 242 aa  267  1e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0224  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  56.28 
 
 		 243 aa  267  1e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3588  two component transcriptional regulator  55.46 
 
 		 234 aa  250  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4261  DNA-binding response regulator  45.65 
 
 		 233 aa  204  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2281  two-component transcriptional regulator  43.8 
 
 		 235 aa  199  5e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.616769  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0046  two component transcriptional regulator  44.78 
 
 		 233 aa  198  6e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.214766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0956  two component transcriptional regulator  43.8 
 
 		 235 aa  198  7e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.357771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2215  two component transcriptional regulator  44.83 
 
 		 235 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4014  two component transcriptional regulator  44.21 
 
 		 234 aa  195  5.000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  46.75 
 
 		 243 aa  195  6e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1998  two component transcriptional regulator  46.05 
 
 		 240 aa  188  7e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0541046  normal  0.0777049 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0111  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 239 aa  188  8e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1255  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.49 
 
 		 246 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 243 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 248 aa  178  8e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  39.66 
 
 		 245 aa  177  2e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  39.66 
 
 		 245 aa  176  4e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  41.13 
 
 		 250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  41.49 
 
 		 245 aa  171  7.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 252 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  40.68 
 
 		 241 aa  171  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.42 
 
 		 245 aa  169  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 242 aa  169  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  40.77 
 
 		 239 aa  168  6e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1971  two component transcriptional regulator  44.54 
 
 		 232 aa  168  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.999465  normal  0.0504331 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 253 aa  168  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  41.13 
 
 		 236 aa  168  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  39.06 
 
 		 244 aa  167  1e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4076  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.44 
 
 		 253 aa  167  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 		 275 aa  167  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3382  two component transcriptional regulator  40.08 
 
 		 241 aa  167  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98781 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3620  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.88 
 
 		 235 aa  166  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04421  two-component system regulatory protein  40.95 
 
 		 230 aa  166  4e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.79 
 
 		 236 aa  165  5.9999999999999996e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 261 aa  164  9e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  41.03 
 
 		 243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  38.26 
 
 		 241 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  39.75 
 
 		 238 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.1 
 
 		 240 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.13 
 
 		 242 aa  162  5.0000000000000005e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0094  two component transcriptional regulator  38.89 
 
 		 246 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1148  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 243 aa  161  7e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000285872  normal  0.61114 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.98 
 
 		 244 aa  160  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.710276 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2497  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 239 aa  161  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 242 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0207  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 262 aa  160  1e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00814931  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  39.13 
 
 		 236 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.74 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4667  two component transcriptional regulator  37.87 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4376  winged helix family two component transcriptional regulator  37.87 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  38.96 
 
 		 239 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5277  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.18 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  36.64 
 
 		 249 aa  159  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  39.39 
 
 		 262 aa  159  5e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 230 aa  158  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2393  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.43 
 
 		 244 aa  158  9e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2116  response regulator receiver  40.85 
 
 		 244 aa  158  9e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124282 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 242 aa  157  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 238 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3286  two component transcriptional regulator  41.04 
 
 		 253 aa  156  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3683  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 246 aa  156  3e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.801848  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  38.1 
 
 		 244 aa  156  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 240 aa  156  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0710  two component transcriptional regulator  37.71 
 
 		 248 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  37.66 
 
 		 245 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 238 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 238 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6199  OmpR family two component response transcriptional regulator  38.63 
 
 		 255 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3731  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.84 
 
 		 246 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2069  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.93 
 
 		 291 aa  154  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.501994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3900  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.6 
 
 		 259 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3373  two component transcriptional regulator  37.72 
 
 		 238 aa  153  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.584151  normal  0.399207 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  37.66 
 
 		 252 aa  153  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  40.85 
 
 		 240 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1287  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 232 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  39.32 
 
 		 240 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00276  two-component response regulator  38.28 
 
 		 235 aa  152  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  40.42 
 
 		 241 aa  152  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0872  DNA-binding response regulator  37.35 
 
 		 244 aa  152  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.359732  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2121  DNA-binding response regulator  39.04 
 
 		 245 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0885999  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0531  DNA-binding response regulator  39.04 
 
 		 245 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2023  DNA-binding response regulator  39.04 
 
 		 245 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485022  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  37.02 
 
 		 246 aa  151  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.18 
 
 		 239 aa  152  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.14 
 
 		 246 aa  151  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  39.3 
 
 		 235 aa  151  8e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0570  two-component response regulator  35.04 
 
 		 238 aa  151  8e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.275144  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.72 
 
 		 240 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7106  two component transcriptional regulator  37.83 
 
 		 237 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.323714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  36.48 
 
 		 240 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3478  two-component response regulator  35.68 
 
 		 238 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1148  two component transcriptional regulator  40.74 
 
 		 247 aa  150  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0562  two-component response regulator  35.11 
 
 		 238 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  37.34 
 
 		 238 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2354  two component transcriptional regulator  41 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.402981 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2507  osmolarity response regulator  40.67 
 
 		 241 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.734124  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0713  DNA-binding response regulator  38.65 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1853  osmolarity response regulator  40.67 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00101518  hitchhiker  0.0000149756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>