More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3373 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3373  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 238 aa  484  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.584151  normal  0.399207 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0634  two component transcriptional regulator  47.46 
 
 		 255 aa  217  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.823943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0710  two component transcriptional regulator  46.25 
 
 		 248 aa  207  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3683  two component transcriptional regulator  47.21 
 
 		 246 aa  206  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.801848  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1998  two component transcriptional regulator  45.99 
 
 		 240 aa  206  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0541046  normal  0.0777049 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5277  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.06 
 
 		 246 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4667  two component transcriptional regulator  46.09 
 
 		 247 aa  205  5e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4376  winged helix family two component transcriptional regulator  46.03 
 
 		 247 aa  205  6e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1255  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.11 
 
 		 246 aa  204  7e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0094  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 		 246 aa  204  7e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3286  two component transcriptional regulator  45.06 
 
 		 253 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2393  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.57 
 
 		 244 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2116  response regulator receiver  45.15 
 
 		 244 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124282 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2354  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 235 aa  193  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.402981 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2069  two component transcriptional regulator, winged helix family  45 
 
 		 291 aa  192  4e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.501994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 		 239 aa  192  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  45.96 
 
 		 246 aa  192  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  46.98 
 
 		 257 aa  192  4e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  44.54 
 
 		 241 aa  190  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  45.53 
 
 		 246 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  45.85 
 
 		 245 aa  189  2e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 		 246 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  45.53 
 
 		 246 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  44.67 
 
 		 245 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  45.34 
 
 		 241 aa  188  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  45.11 
 
 		 241 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  45.11 
 
 		 241 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  44.35 
 
 		 244 aa  188  5.999999999999999e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  43.46 
 
 		 243 aa  188  7e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1574  osmolarity response regulator  47.06 
 
 		 236 aa  188  8e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  44.12 
 
 		 241 aa  187  9e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  44.12 
 
 		 241 aa  187  9e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  44.12 
 
 		 241 aa  187  9e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  44.12 
 
 		 241 aa  187  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  44.78 
 
 		 246 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  44.64 
 
 		 241 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  44.92 
 
 		 240 aa  187  1e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  45.41 
 
 		 245 aa  187  1e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  44.78 
 
 		 246 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  43.75 
 
 		 243 aa  186  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  44.92 
 
 		 241 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  44.87 
 
 		 246 aa  186  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.22 
 
 		 248 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 		 249 aa  186  3e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46550  response regulator  45.38 
 
 		 267 aa  186  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0203573  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  45.3 
 
 		 243 aa  185  4e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 		 240 aa  185  4e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  44.07 
 
 		 241 aa  185  5e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  46.09 
 
 		 230 aa  185  6e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.09 
 
 		 259 aa  185  6e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  43.53 
 
 		 241 aa  185  6e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  43.46 
 
 		 245 aa  184  7e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16006 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  44.64 
 
 		 243 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  44.26 
 
 		 241 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  44.64 
 
 		 243 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  43.83 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0359  osmolarity response regulator  44.58 
 
 		 245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  44.49 
 
 		 240 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 240 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  43.83 
 
 		 239 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  43.35 
 
 		 239 aa  182  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  44.21 
 
 		 243 aa  182  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  43.04 
 
 		 243 aa  182  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1368  osmolarity response regulator  49.14 
 
 		 240 aa  182  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  43.35 
 
 		 239 aa  182  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  42.92 
 
 		 239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  43.86 
 
 		 241 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  43.83 
 
 		 241 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  42.92 
 
 		 239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  42.92 
 
 		 239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 241 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  42.92 
 
 		 239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1333  osmolarity response regulator  47.9 
 
 		 244 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00265076  decreased coverage  0.0000710625 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1485  osmolarity response regulator  49.52 
 
 		 241 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.021777  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3325  osmolarity response regulator  47.9 
 
 		 244 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000316731  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1962  osmolarity response regulator  49.52 
 
 		 244 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.187967  normal  0.0634815 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5249  osmolarity response regulator  49.52 
 
 		 244 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.204246  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1980  osmolarity response regulator  47.9 
 
 		 244 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0224779  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2094  osmolarity response regulator  49.52 
 
 		 241 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6141  osmolarity response regulator  49.52 
 
 		 244 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120853  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  42.92 
 
 		 240 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1926  osmolarity response regulator  47.9 
 
 		 244 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0250147  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4191  two component transcriptional regulator  42.02 
 
 		 244 aa  182  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>